Isolazione del DNA batterico dell'agente patogeno dai campioni alimentari

insights from industryChris MorelandGlobal Product ManagerPromega

Intervista con Chris Moreland, Product Manager globale, soluzioni integrate, Promega, condotto da James Ives.

Perché gli scienziati devono ampliare il DNA batterico per l'identificazione e la classificazione secondo il sierotipo molecolari degli agenti patogeni portati dagli alimenti?

L'identificazione dei microbi è incredibilmente importante in molte industrie e spesso è veduta come assicurazione di qualità per assicurarsi che l'alimento fabbricato o gli ingredienti usati non contenga i batteri portati dagli alimenti. Molti stati e paesi egualmente richiedono la prova per le specie specifiche, per esempio, la salmonella, la listeria ed Escherichia coli.

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Tradizionalmente, i metodi per l'identificazione dei microbi hanno usato i media differenziali. Questi sono media semi conduttori che richiedono a volte durante la notte l'incubazione, a volte per fino a 48 ore.  Ciò può causare le more critiche nell'identificazione dei microbi che possono essere presenti in un campione alimentare. Facendo uso delle tecniche molecolari, particolarmente a metodi basati a amplificazione quale la PCR di punto finale o il qPCR, fornisce i risultati più veloci che permettono il processo decisionale nelle ore piuttosto che i giorni.  

Classificando secondo il sierotipo facendo uso alle delle tecniche basate a amplificazione (qPCR, gruppo di lavoro) egualmente fornisce la capacità di differenziare la sottospecie di un agente patogeno particolare. Per esempio più di 2500 sottotipi della salmonella possono essere differenziati facendo uso dei metodi molecolari, fornenti molto più informazioni che le tecniche tradizionali.

Come il kit dell'agente patogeno® di Promega Maxwell RSC è usato per depurare il DNA batterico? Come proviene questo differente da altre tecniche?

Il kit dell'agente patogeno di Maxwell il RSC PureFood è usato con i nostri strumenti di Maxwell RSC. Questi sistemi d'estrazione automatizzati dell'acido nucleico usano le particelle magnetiche della cellulosa per legare il DNA in un lysate grezzo del campione e poi, con una serie di punti del lavaggio, eliminano tutti gli inibitori o materiali che non sono necessari prima dell'eluizione del DNA depurativo pronto per l'amplificazione a valle.

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Lo strumento di Maxwell RSC è ad un sistema basato a cartuccia. Tutti i reagenti stati necessari per depurazione sono forniti in cartucce di facile impiego. Il cliente aggiunge semplicemente il campione alla cartuccia, posti nello strumento ed esegue il protocollo. Il sistema esegue automaticamente l'estrazione, che è un differenziatore importante da altre tecniche. L'automazione elimina gran parte della variabilità dovuto l'errore umano eliminando i punti del manuale-lavaggio e pipettando connesso con le colonne della rotazione ed altri metodi.

Il protocollo dell'estrazione dell'agente patogeno di Maxwell il RSC PureFood complementa alle le prove basate a amplificazione, quali qPCR o NGS, che richiedono il DNA depurativo di alta qualità.  

Che vantaggi il kit dell'agente patogeno di Maxwell il RSC Purefood dà a ricercatori? Come questo kit dell'agente patogeno funziona?

Uno dei vantaggi a questa tecnologia è che permette che i ricercatori facciano l'elettrolisi sia i batteri gram-negativi che gram-positivi ad un singolo punto. Molti altri kit usano gli enzimi per digerire le pareti cellulari e contribuire a scassinare i batteri gram-positivi. Il buffer di lisi utilizzato nel kit dell'agente patogeno di Maxwell il RSC Purefood chimicamente dissolve quelle obbligazioni per rilasciare il DNA da entrambi i tipi delle cellule facendo uso di singolo punto.

L'uso di automazione di laboratorio elimina la variabilità, eliminante la contraddizione connessa con le tecniche manuali. La consistenza è assicurata nelle estrazioni come pure in repliche.

Per di più, automatizzando la depurazione del DNA ed assicurando la consistenza fra le esecuzioni, i sistemi di Maxwell liberano gli scienziati per fare altre cose, come i campioni di preparazione o esecuzione delle analisi a valle, fornenti più risparmio di temi nei loro flussi di lavoro.

Che vantaggi il kit dell'agente patogeno di Maxwell Purefood ha sopra altri kit dell'agente patogeno disponibili?

Con un media differenziale, “un punto di arricchimento„ è fatto, dove il materiale dell'alimento del sospetto è collocato dentro una pettorina per permettere che tutti i batteri presenti si sviluppino. Il campione poi è collocato sui media differenziali in un'incubatrice. Questo trattamento richiede i due giorni per completare.

Con i sistemi di Maxwell, l'operazione di notte di arricchimento in incubazione ancora è eseguita, ma l'estrazione successiva del DNA è automatizzata e le esecuzioni multiple possono essere completate in uno spostamento di otto ore. Lo strumento di Maxwell RSC può elaborare 16 campioni e Maxwell il RSC 48 può elaborare 48 campioni, circa in un'ora.

L'analisi a valle del qPCR può richiedere mezz'ora a 45 minuti. Questa automazione permette che i ricercatori elaborino 16 - 48 campioni, comprendenti il qPCR a valle, in due o tre ore invece dei due giorni richiesti per i metodi manuali.

È chiave che i laboratori si muovono verso i metodi più rapidi di rilevazione che forniscono informazioni perseguibili in un calendario più veloce. Se ci sono preoccupazioni circa un pezzo contaminato di materia prima o di alimento che sono prodotti, il risultato può ottenere rapidamente indietro al produttore o al laboratorio in moda da potere prendere le decisioni con la mora minima.

Può il kit® dell'agente patogeno di Maxwell il RSC Purefood essere usato con degli altri prodotti per automatizzare il trattamento dell'estrazione e dell'identificazione dell'agente patogeno?

Egualmente offriamo un sistema chiamato il MaxPrep, che può essere usato con il sistema di Maxwell RSC per il preparato del campione, la normalizzazione e l'impostazione automatizzati del qPCR. MaxPrep è un gestore liquido che ha protocolli specifici per permettere che il ricercatore faccia la loro impostazione del qPCR.

MaxPrep è fornito dei protocolli prestabiliti, in modo dai punti differenti non devono essere programmati dentro dall'utente. Dal lato verso l'alto dell'estrazione del DNA, MaxPrep può fare il preparato e l'impostazione del campione. Il cassetto della piattaforma di Maxwell il RSC o il RSC 48 è collocato dentro il MaxPrep, permettendo l'integrazione dei punti dell'post-estrazione e pre-, compreso l'erogazione del buffer e dei campioni dell'eluizione nelle cartucce di RSC.

Facendo uso del MaxPrep prima e dopo l'estrazione elimina i molti punti di dolore del manuale - trattamento ed è destinata ad automatizzare l'intero flusso di lavoro.

Tutti gli eluiti del DNA che sono stati estratti sono pronti per l'uso a valle nella PCR di punto finale o del qPCR. Il ricercatore può anche individuare o quantificare gli analiti facendo uso di qPCR o di capacità di assorbimento, se avuto bisogno di.

Oltre a competenza, i protocolli dell'estrazione e la strumentazione, Promega egualmente fornisce molti dei buffer e degli enzimi stati necessari per qPCR.

Che assicurazioni può Promega fornire quando per mezzo di questi kit e strumento dell'agente patogeno?

Tutti i nostri reagenti sono provati agli standard rigorosi di QA. Tutti i prodotti sono forniti con un certificato dell'analisi che contiene i dettagli di tutte le prove di qualità.

Come un product manager io vive per feedback, buon e cattivo, non solo migliorare e sviluppare i nostri prodotti attuali, ma anche colmare le lacune di prodotti che corrente non assicuriamo.

Nel caso del kit dell'agente patogeno, abbiamo lavorato molto attentamente con i leader d'opinione chiave nell'industria nella fase iniziale, impegnato con loro per capire le sfide cui lottano con. Ci hanno dato un certo feedback molto diretto che potevamo incorporare nei nostri requisiti del prodotto durante lo sviluppo. Il prodotto finito è un punto di quella collaborazione con l'industria.

Potete fare una breve generalità di Promega, il lavoro che fate e le industrie servite?

I prodotti di Promega sono usati dagli scienziati di vita che stanno chiedendo alle domande fondamentali riguardo ai trattamenti biologici come pure dagli scienziati che stanno applicando la conoscenza scientifica per diagnosticare e trattare le malattie, individuare la contaminazione microbica nei processi di fabbricazione dell'alimento e di industriale, per scoprire la nuova terapeutica e la genetica di uso e la prova del DNA per l'identificazione umana.

Originalmente, fondato nel 1978 a Madison, Wisconsin, U.S.A., Promega ha rami in 16 paesi e più di 50 distributori commerciali globali che serviscono 100 paesi.

Dove possono i lettori trovare più informazioni?

Circa Chris Moreland

Chris ha ricevuto il suo MBA dal Texas State University e la sua laurea scientifica in microbiologia dalla Texas A&M University. Nell'aprile 2013 ha unito Promega come Product Manager globale per depurazione dell'acido nucleico ed è responsabile della gestione della serie di prodotti® di depurazione di Maxwell.

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    Promega Corporation. (2019, March 05). Isolazione del DNA batterico dell'agente patogeno dai campioni alimentari. News-Medical. Retrieved on November 21, 2019 from https://www.news-medical.net/news/20190305/Isolating-Bacterial-Pathogen-DNA-from-Food-Samples.aspx.

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