Isolando o ADN bacteriano do micróbio patogénico das amostras de alimento

insights from industryChris MorelandGlobal Product ManagerPromega

Entrevista com Chris Moreland, Director de produto global, soluções integradas, Promega, conduzido por James Ives.

Por que os cientistas precisam de amplificar o ADN bacteriano para a identificação e serotyping moleculars dos micróbios patogénicos foodborne?

Identificar micróbios é incredibly importante em muitas indústrias e é vista frequentemente como a segurança de qualidade para certificar-se de que o alimento manufacturado ou os ingredientes usados não contêm as bactérias foodborne. Muitos estados e países igualmente exigem o teste para a espécie específica, por exemplo, a salmonela, o Listeria, e o Escherichia Coli.

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Tradicional, os métodos para identificar micróbios usaram media diferenciais. Estes são os media de circuito integrado que exigem a incubação, às vezes durante a noite, às vezes por até 48 horas.  Isto pode causar atrasos críticos em identificar os micróbios que podem estam presente em uma amostra de alimento. Usando técnicas moleculars, os métodos especialmente amplificação-baseados tais como o PCR do valor-limite ou o qPCR, fornecem uns resultados mais rápidos que permitam a tomada de decisão dentro das horas um pouco do que dias.  

Serotyping usando técnicas amplificação-baseadas (qPCR, WGS) igualmente fornece a capacidade para diferenciar a subespécie de um micróbio patogénico particular. Por exemplo mais de 2500 subtipos das salmonelas podem ser diferenciados usando os métodos moleculars, fornecendo muito mais informação do que técnicas tradicionais.

Como o jogo do micróbio patogénico® de Promega Maxwell RSC é usado para refinar o ADN bacteriano? Como é isto diferente de outras técnicas?

O jogo do micróbio patogénico de Maxwell RSC PureFood é usado com nossos instrumentos de Maxwell RSC. Estes sistemas automatizados da extracção do ácido nucleico usam partículas magnéticas da celulose para ligar o ADN em um lysate bruto da amostra, e então, com uma série de etapas da lavagem, removem todos os inibidores ou materiais que não forem necessários antes de eluting o ADN refinado pronto para a amplificação a jusante.

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O instrumento de Maxwell RSC é um sistema cartucho-baseado. Todos os reagentes necessários para a purificação são fornecidos em cartuchos fáceis de usar. O cliente adiciona simplesmente a amostra ao cartucho, lugares ele no instrumento, e executa o protocolo. O sistema executa automaticamente a extracção, que é um diferenciador principal de outras técnicas. A automatização elimina muita da variabilidade devido à falha humana removendo as etapas da manual-lavagem e introduzindo com pipeta associado com as colunas da rotação e os outros métodos.

O protocolo da extracção do micróbio patogénico de Maxwell RSC PureFood complementa os testes amplificação-baseados, tais como o qPCR ou os NGS, que exigem o ADN refinado de alta qualidade.  

Que vantagens o jogo do micróbio patogénico de Maxwell RSC Purefood dá a pesquisadores? Como este jogo do micróbio patogénico trabalha?

Uma das vantagens a esta tecnologia é que permite que os pesquisadores lyse as bactérias Relvado-negativas e Relvado-positivas em uma única etapa. Muitos outros jogos utilizam enzimas para digerir divisões celulares e as bactérias Relvado-positivas abertas da ruptura da ajuda. O amortecedor do lysis usado no jogo do micróbio patogénico de Maxwell RSC Purefood dissolve quimicamente aquelas ligações para liberar o ADN de ambos os tipos da pilha usando uma única etapa.

O uso da automatização de laboratório remove a variabilidade, eliminando a inconsistência associada com as técnicas manuais. A consistência é assegurada nas extracções, assim como nos replicates.

Mais importante ainda, automatizando a purificação do ADN e assegurando a consistência entre corridas, os sistemas de Maxwell livram acima cientistas para fazer outras coisas, tais como amostras preparando ou execução das análises a jusante, fornecendo mais eficiência em seus trabalhos.

Que benefícios o jogo do micróbio patogénico de Maxwell Purefood tem sobre outros jogos do micróbio patogénico disponíveis?

Com um media diferencial, do “uma etapa enriquecimento” é executada, onde o material do alimento do suspeito é colocado dentro de um Stomacher para permitir que todas as bactérias actuais cresçam. A amostra é colocada então em media diferenciais em uma incubadora. Este processo toma dois dias para terminar.

Com sistemas de Maxwell, a etapa durante a noite do enriquecimento da incubação é executada ainda, mas a extracção subseqüente do ADN é automatizada e as corridas múltiplas podem ser terminadas em uma SHIFT de oito-hora. O instrumento de Maxwell RSC pode processar 16 amostras, e Maxwell RSC 48 pode processar 48 amostras, aproximadamente em uma hora.

A análise a jusante do qPCR pode tomar meias horas a 45 minutos. Esta automatização permite que os pesquisadores processem 16 a 48 amostras, incluindo o qPCR a jusante, em duas ou três horas em vez dos dois dias exigidos para métodos manuais.

É chave que os laboratórios se movem para uns métodos mais rápidos da detecção que forneçam a informação accionável em um prazo mais rápido. Se há uns interesses sobre uma parte contaminada de matéria prima ou de alimento que estão produzidos, o resultado pode receber de volta ao fabricante ou ao laboratório rapidamente de modo que as decisões possam ser feitas com atraso mínimo.

Pode o jogo® do micróbio patogénico de Maxwell RSC Purefood ser usado com algum outro produto para automatizar o processo de extracção e de identificação do micróbio patogénico?

Nós igualmente oferecemos um sistema chamado o MaxPrep, que pode ser usado com o sistema de Maxwell RSC para a preparação da amostra, a normalização e a instalação automatizadas do qPCR. MaxPrep é um alimentador líquido que tenha os protocolos específicos para permitir que o pesquisador faça sua instalação do qPCR.

MaxPrep é equipado com os protocolos pré-ajustados, assim que as etapas diferentes não precisam de ser programadas dentro pelo usuário. No lado ascendente da extracção do ADN, MaxPrep pode fazer a preparação e a instalação da amostra. A bandeja da plataforma de Maxwell RSC ou RSC 48 é colocada dentro do MaxPrep, permitindo a integração de etapas pre- e da cargo-extracção, incluindo dispensar do amortecedor e das amostras da eluição nos cartuchos do RSC.

Usando o MaxPrep antes e depois de que a extracção elimina muitos pontos da dor do manual - processando e é projectada automatizar os trabalhos inteiros.

Todos os eluído do ADN que forem extraídos são prontos para uso rio abaixo no PCR do qPCR ou do valor-limite. O pesquisador pode igualmente detectar ou determinar os analytes usando o qPCR ou a absorvência, se necessário.

Além do que a experiência, os protocolos da extracção e a instrumentação, Promega igualmente fornecem muitas dos amortecedores e das enzimas necessários para o qPCR.

Que garantias pode Promega oferecer ao usar estes jogo e instrumento do micróbio patogénico?

Todos nossos reagentes são testados aos padrões rigorosos do QA. Todos os produtos são fornecidos com um certificado de análise que contem os detalhes de todos os testes da qualidade.

Como um Director de produto mim vive para o feedback, bom e ruim, para melhorar e desenvolver nossos produtos existentes, mas para encher não somente igualmente diferenças com os produtos que nós não fornecemos actualmente.

No caso do jogo do micróbio patogénico, nós trabalhamos pròxima com os líderes de opinião chaves na indústria cedo sobre, contratado com eles para compreender os desafios que se esforçam com. Deram-nos algum feedback muito directo que nós podíamos incorporar em nossas exigências do produto durante a revelação. O produto final é um ponto culminante dessa colaboração com a indústria.

Pode você dar uma breve vista geral de Promega, o trabalho que você faz e as indústrias você serve?

Os produtos de Promega são usados pelos cientistas de vida que estão fazendo perguntas fundamentais sobre processos biológicos assim como pelos cientistas que estão aplicando o conhecimento científico para diagnosticar e tratar doenças, para detectar a contaminação microbiana em processos de manufactura industriais e do alimento, descobrir a terapêutica nova, e a genética do uso e o teste do ADN para a identificação humana.

Originalmente, fundado em 1978 em Madison, Wisconsin, EUA, Promega tem ramos em 16 países e em mais de 50 distribuidores globais que servem 100 países.

Onde podem os leitores encontrar mais informação?

Sobre Chris Moreland

Chris recebeu seu MBA da universidade estadual de Texas e do seu bacharel em ciências na microbiologia da universidade de Texas A&M. Em abril de 2013 juntou-se a Promega como um Director de produto global para a purificação do ácido nucleico e é responsável para controlar a linha de produtos® da purificação de Maxwell.

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    Promega Corporation. (2019, March 05). Isolando o ADN bacteriano do micróbio patogénico das amostras de alimento. News-Medical. Retrieved on November 14, 2019 from https://www.news-medical.net/news/20190305/Isolating-Bacterial-Pathogen-DNA-from-Food-Samples.aspx.

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