Aislamiento de la DNA bacteriana el patógeno de muestras de alimentos

insights from industryChris MorelandGlobal Product ManagerPromega

Entrevista con Chris Moreland, Director de producto global, soluciones integradas, Promega, conducto por James Ives.

¿Por qué los científicos necesitan amplificar la DNA bacteriana para la identificación y suerotipar moleculares de patógeno producidos por los alimentos?

Determinar microbios es increíblemente importante en muchas industrias y se ve a menudo como garantía de calidad para asegurarse de que la comida manufacturada o los ingredientes usados no contiene bacterias producidas por los alimentos. Muchos estados y países también requieren la prueba para la especie específica, por ejemplo, salmonela, listeriosis, y Escherichia Coli.

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Tradicionalmente, los métodos para determinar microbios han utilizado ambientes diferenciados. Éstos son los ambientes de estado sólido que requieren la incubación, a veces durante la noche, a veces por hasta 48 horas.  Esto puede causar retrasos críticos en determinar los microbios que pueden estar presentes en una muestra de alimentos. Usando técnicas moleculares, especialmente los métodos amplificación-basados tales como polimerización en cadena de la punto final o el qPCR, ofrece resultados más rápidos que permitan la toma de decisión dentro de horas bastante que días.  

El suerotipar usando las técnicas amplificación-basadas (qPCR, WGS) también ofrece la capacidad de distinguir subespecie de un patógeno determinado. Por ejemplo más de 2500 subtipos de salmonelas se pueden distinguir usando los métodos moleculares, ofreciendo mucho más información que técnicas tradicionales.

® ¿Cómo el estuche el patógeno del RSC del maxwell de Promega se utiliza para purificar la DNA bacteriana? ¿Cómo es esto diferente de otras técnicas?

El estuche el patógeno del RSC PureFood del maxwell se utiliza con nuestros instrumentos del RSC del maxwell. Estos sistemas automatizados de la extracción del ácido nucléico utilizan partículas magnéticas de la celulosa para atar la DNA en un lysate crudo de la muestra, y entonces, con una serie de pasos de la estela turbulenta, quitan cualesquiera inhibidores o material que no sean necesarios antes de enjuagar la DNA purificada lista para la amplificación rio abajo.

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El instrumento del RSC del maxwell es un sistema cartucho-basado. Todos los reactivos necesarios para la purificación se suministran en cartuchos fáciles de usar. El cliente agrega simple la muestra al cartucho, lugares él en el instrumento, y funciona con el protocolo. El sistema realiza automáticamente la extracción, que es un diferenciador importante de otras técnicas. La automatización elimina mucha de la variabilidad debido al desvío humano quitando pasos de la manual-estela turbulenta y midiéndolos con una pipeta asociados a las olumnas de la barrena y a otros métodos.

El protocolo de la extracción el patógeno del RSC PureFood del maxwell complementa las pruebas amplificación-basadas, tales como qPCR o NGS, que requieren la DNA purificada de alta calidad.  

¿Qué ventajas el estuche el patógeno del RSC Purefood del maxwell da a investigadores? ¿Cómo este estuche el patógeno trabaja?

Una de las ventajas a esta tecnología es que permite que los investigadores lyse bacterias gramnegativas y grampositivas en un único paso. Muchos otros estuches hacen uso de las enzimas para digerir membranas celulares y bacterias grampositivas abiertas del interruptor de la ayuda. El almacenador intermedio de la lisis usado en el estuche el patógeno del RSC Purefood del maxwell químicamente disuelve esas ligazones para liberar la DNA de ambos tipos de la célula usando un único paso.

El uso de la automatización de laboratorio quita la variabilidad, eliminando la inconsistencia asociada a técnicas manuales. El estado coherente se asegura en las extracciones, así como en réplicas.

Más importante, automatizando la purificación de la DNA y asegurando estado coherente entre las corridas, los sistemas del maxwell liberan hacia arriba a científicos para hacer otras cosas, tales como muestras que preparan o ejecución de los análisis rio abajo, ofreciendo más eficiencia en sus flujos de trabajo.

¿Qué ventajas el estuche el patógeno de Purefood del maxwell tiene sobre otros estuches el patógeno disponibles?

Con un ambiente diferenciado, se hace un “paso del enriquecimiento”, donde el material de la comida del sospechoso se pone dentro de un peto para permitir que cualquier bacteria presente crezca. La muestra entonces se coloca en ambientes diferenciados en una incubadora. Este proceso tarda dos días para terminar.

Con los sistemas del maxwell, el paso de noche del enriquecimiento de la incubación todavía se realiza, pero se automatiza la extracción subsiguiente de la DNA y las corridas múltiples se pueden terminar en un movimiento de ocho horas. El instrumento del RSC del maxwell puede tramitar 16 muestras, y el maxwell RSC 48 puede tramitar 48 muestras, sobre alrededor de una hora.

El análisis rio abajo del qPCR puede llevar media hora 45 minutos. Esta automatización permite que los investigadores tramiten 16 a 48 muestras, incluyendo el qPCR rio abajo, en dos o tres horas en vez de los dos días requeridos para los métodos manuales.

Es dominante que los laboratorios se mueven a métodos más rápidos de detección que ofrezcan la información procesable en un marco de tiempo más rápido. Si hay preocupaciones por un pedazo contaminado de materia prima o de comida se produzcan que, el resultado puede llegar detrás al fabricante o al laboratorio rápidamente para poder tomar decisiones con retraso mínimo.

® ¿Se puede el estuche el patógeno del RSC Purefood del maxwell utilizar con otros productos para automatizar el proceso de la extracción y de la identificación el patógeno?

También ofrecemos un sistema llamado el MaxPrep, que se puede utilizar con el sistema del RSC del maxwell para la preparación de la muestra, la normalización y el montaje automatizados del qPCR. MaxPrep es un programa piloto líquido que tiene protocolos específicos para permitir que el investigador haga su montaje del qPCR.

MaxPrep se equipa de protocolos preajustados, así que los diversos pasos no necesitan ser programados hacia adentro por el utilizador. En el lado por aguas arriba de la extracción de la DNA, MaxPrep puede hacer la preparación y el montaje de la muestra. La bandeja de la cubierta del maxwell RSC o RSC 48 se coloca dentro del MaxPrep, permitiendo la integración de los pasos pre- y de la poste-extracción, incluyendo la dispensación del almacenador intermedio y de las muestras de la elución en los cartuchos del RSC.

Usando el MaxPrep antes y después de que la extracción elimina muchos los puntos del dolor del manual - tramitando y se diseña automatizar el flujo de trabajo entero.

Cualquier eluído de la DNA se haya extraído que es listo para utilizar río abajo en la polimerización en cadena del qPCR o de la punto final. El investigador puede también descubrir o cuantificar los analitos usando qPCR o la absorción, si es necesario.

Además de experiencia, los protocolos y la instrumentación, Promega de la extracción también ofrece muchas de los almacenadores intermedios y de las enzimas necesarios para el qPCR.

¿Qué garantías puede Promega ofrecer al usar este estuche e instrumento el patógeno?

Todos nuestros reactivos se prueban a los patrones rigurosos del QA. Todos los productos se suministran un certificado de análisis que contiene los detalles de todas las pruebas de la calidad.

Como un Director de producto yo vive para la reacción, bueno y malo, no sólo perfeccionar y desarrollar nuestros productos existentes, pero también llenar entrehierros de los productos que no ofrecemos actualmente.

En el caso del estuche el patógeno, trabajamos de cerca con los líderes de opinión dominantes en la industria a principios de, empeñado con ellos para entender los retos con los cuales luchan. Nos dieron una cierta reacción muy directa que podíamos incorporar en nuestros requisitos del producto durante el revelado. El producto final es una culminación de esa colaboración con la industria.

¿Puede usted dar una reseña abreviada de Promega, el trabajo que usted hace y las industrias usted sirve?

Los productos de Promega son utilizados por los científicos de vida que están haciendo preguntas fundamentales acerca de procesos biológicos así como por los científicos que están aplicando conocimiento científico para diagnosticar y para tratar enfermedades, descubrir la contaminación microbiana en procesos industriales y de la comida de fabricación, para descubrir la nueva terapéutica, y la genética del uso y la prueba de la DNA para la identificación humana.

Originalmente, fundado en 1978 en Madison, Wisconsin, los E.E.U.U., Promega tiene brazos en 16 países y más de 50 distribuidores globales que sirven 100 países.

¿Dónde pueden los programas de lectura encontrar más información?

Sobre Chris Moreland

Chris recibió su MBA de universidad de estado de Tejas y de su licenciatura de ciencias en microbiología de la universidad de Tejas A&M. En abril de 2013 él ensambló Promega como Director de producto global para la purificación del ácido nucléico y es responsable de manejar la línea de productos® de la purificación del maxwell.

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