Purification élevée d'acide nucléique de débit simplifiée

insights from industryBats Mutamba & Nans BodetField Support Automation ScientistsPromega Corporation

Une entrevue avec "bat" Mutamba et Nans Bodet, conduit par James Ives

Veuillez donner une synthèse de l'étalon-or actuel dans la purification élevée d'acide nucléique de débit. Que favorise et les limitations sont-elles ceux-ci pour ces méthodes ?

"bat" : L'étalon-or historique pour l'isolement d'acide nucléique a été technologie basée hors circuit d'un flux de travail de fléau. Dans le flux de travail régulier il y a une opération de lysis, où les cellules sont prises et ouvertes pour exposer l'acide nucléique à l'environnement externe, puis à une opération obligatoire sur une membrane sur le fléau, suivi de plusieurs opérations de lavage pour se débarasser de n'importe quelles saletés de cellules, des protéines et d'autres matériaux en dehors de des acides nucléiques. Dans l'opération finale d'élution, un tampon serait utilisé pour dissocier l'acide nucléique de la modification du fléau.

Ces flux de travail ont depuis changé de vitesse aux technologies talon talon magnétiques, qui possèdent essentiellement les mêmes opérations : le lysis, le grippement, le lavage et l'élution, mais ceci se produit sur un talon au lieu en circuit d'un fléau.

les technologies fléau Fléau ont quelques désavantages : les puits sont à encrasser enclin avec ou sans l'utilisation des conduites d'aspirateur. Ceci peut se produire pendant l'ajout des tampons ainsi que des nombreuses, encombrantes et longues opérations de centrifugation à tourner en bas des fléaux. Ce n'est pas le cas avec les technologies talon talon, qui sont autant les systèmes de nettoyage vus avec des temps de traitement plus courts.

Nans : Les laboratoires exigent la pureté et la souplesse pour la purification élevée d'acide nucléique de débit, tout en devant compléter l'analyse en aval difficile, par exemple avec le prochain ordonnancement de GEN (« NGS ").

La chimie basée magnétique est l'étalon-or parce qu'elle peut fournir beaucoup de pureté, comme vous pouvez sélecter le type approprié de résine magnétique pour adapter votre application et pour régler avec précision pour les la plupart s'approprient des applications en aval. Les talons magnétiques sont flexibles en termes d'évolutivité et volume d'entrée témoin, ainsi que nombres d'échantillons qui doivent être faits fonctionner.

C'est par rapport à d'autres techniques réputées telles que la séparation basée par aspirateur, où la pleine plaque doit être utilisée, diminuant la souplesse de la technique, et affectant le volume témoin. Un avantage de la méthode d'aspirateur est la vitesse, il peut apporter des réponses rapides, mais il ne traite pas des applications en aval exigeantes ainsi que la chimie talon talon magnétique.

Comment le système® de HT de Maxwell fonctionne-t-il pour purifier l'ADN ou l'ARN ? Avec quelle instrumentation® le système de HT de Maxwell fonctionne-t-il et à quelle écailles ?

"bat" : La chimie® de HT de Maxwell citée précédemment est principalement une technologie talon talon pour isoler les acides nucléiques, ADN, ARN ou acide nucléique total (TNA), qui comprend l'ADN et l'ARN. Si des cellules doivent être lysées dans l'opération initiale de lysis, des tampons spécifiques seront exigés, par exemple quand isolant l'ADN des globules blancs.

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Alors l'acide nucléique est lié sur les talons magnétiques (ou la résine, comme nous l'appelons), qui peuvent avoir différents types de surfaces. Nous réglons la chimie obligatoire pour fournir la saisie optimale des molécules d'intérêt. Une fois que l'acide nucléique grippe aux talons magnétiques il y a trois ou quatre lavages, qui peuvent être à base d'alcool, mais pour quelques propriétaires qui ont des analyses en aval sensibles, nous prenons les tampons alternatifs procurables.

L'opération finale est l'opération d'élution, concernant le détachement de l'acide nucléique du talon d'un tampon d'élution, type la nucléase arrosent librement ou une solution tampon de tris-EDTA (tampon de TE). Si les analyses en aval de notre propriétaire sont sensibles à l'EDTA, que nous connaissons est un chélateur, alors nous pouvons employer le tampon de 25 millimètres Tris.

Les systèmes nous avons monté type le procédé des centaines sur des milliers d'échantillons. Nous sommes plate-forme agnostique, ainsi il signifie que nous intégrons des chimies de réactif sur n'importe quelle plate-forme robotisée que le propriétaire désire. Ceci nous donne plus de souplesse sans forcer nos propriétaires à décider des systèmes qui peuvent ne pas être idéaux pour eux. Nous n'offrons des recommandations et aucune condition dure.

Nous avons de l'instrumentation de Promega que nous employons pour les démos ou la validation de principe des études, et nous avons travaillé avec des compagnies d'instrumentation de tous les grands lecteurs comprenant Hamilton, Tecan, Beckman, ThermoFisher, Eppendorf et beaucoup d'autres. Il y a une grande sélection de plates-formes qui peuvent être utilisées pour les chimies et notre équipe a le divers script de la connaissance ou programmer ces plates-formes.

Nans : La beauté du système® de HT de Maxwell est la chimie bien-prouvée, qui peut facilement être expliquée dans le petit instrument® de catégorie soutien du renforcement de Maxwell. Nous avons le beaucoup d'expérience avec notre système et nous pouvons écailler la même chimie à n'importe quel genre de débit.

Promega offre une solution personnalisée à la purification d'acide nucléique, décrivent s'il vous plaît ce que vous offrez à vos usagers.

Nans : Le propriétaire ou le laboratoire peut avoir un échantillon très normal et nous avons les solutions déterminées pour lui. Cependant, le plus souvent, les échantillons étant vérifiés seront nécessaires pour une application spécifique, par exemple les bactéries des fèces, ou les analyses en aval pourraient être très particulières pour cette application, ou le volume exigé est très différent.

Car nous avons une pleine prise de la chimie priée, nous pouvons aider le laboratoire avec une solution personnalisée, en demandant que le laboratoire nous envoie certains des échantillons pour le bilan. Nous travaillons alors dans nos laboratoires d'application dedans dans le monde entier pour vérifier différentes solutions de chimie sur les échantillons et pour définir tous les volumes priés pour le meilleur rendement de l'application en aval.

Basé sur cela, nous pouvons régler avec précision notre offre finale, nous pouvons fournir à un nécessaire normal pour cette application les réactifs supplémentaires s'il y a lieu ou effectuer un nécessaire entièrement personnalisé, avec le même numéro de lot pendant toute l'année pour le laboratoire.

"bat" : Comme Nans a mentionné il n'y a pas aucun un propriétaire qui va vouloir l'exact le même flux de travail avec l'exact le même débit, ainsi Promega a deux groupes complémentaires qui sont responsables de la personnalisation. Notre équipe de système de prodiffusion (« scientifiques de support d'inducteur ") collabore avec les coutumes et le groupe de solution d'OEM ainsi qu'un service de commande à façon (COD), qui traitent l'évaluation en vrac, la commande et les configurations faites sur commande de nécessaire.

Par exemple, si vous êtes un propriétaire voulant poursuivre une chimie spécifique, et vous ne voulez pas entrer dans vos temps multiples de flacons à réactifs selon le passage, nous peut empaqueter les réactifs d'une voie personnalisée pour votre laboratoire. Nous travaillons avec nos propriétaires et nos équipes de support technique pour travailler sur les différentes configurations de nécessaire qui sont optimales pour votre flux de travail. Si ce n'est pas une configuration normale de nécessaire, nous avons la capacité tailleur-d'effectuer des réactifs ou l'emballage pour aider nos propriétaires, aucune question le niveau de débit.

Comment est-ce que l'équipe® faite sur commande de support de purification d'acide nucléique de HT de Maxwell épargne le temps et réduit la tension ?

"bat" : L'équipe de système de prodiffusion fonctionne d'abord avec le propriétaire et le préposé du service local pour développer une compréhension des conditions pour des flux de travail de laboratoire et des besoins d'automatisation. L'équipe emploie nos compétences dans les systèmes robotisés et les chimies de Promega pour offrir des recommandations pour le propriétaire de considérer et puis aidera le propriétaire dans le laboratoire pour programmer l'instrument, pour former le laboratoire sur employer l'instrument et la chimie et pour offrir le support actuel.

Nans : Nous avons un procédé très bien-déterminé, d'abord en termes de documentation de flux de travail, nous rassemblons des conditions alors que nous avons un rapport de travail où nous définissons les attentes du laboratoire comme nous les voyons et comprenons. Nous partageons ceci avec le laboratoire avant que nous allions chercher la mise en place sur place pour vérifier une deuxième fois que les deux attentes s'assortissent. Avec ceci nous sauvegardons beaucoup de temps.

Nous sauvegardons également grâce de temps à notre connaissance très grande d'automatisation dans l'équipe, tous les collègues d'équipe avaient travaillé pendant longtemps dans le domaine d'automatisation, ainsi nous pouvons supporter le laboratoire en définissant la meilleure solution d'automatisation s'ils planification sur acheter un instrument ou s'ils ont déjà des robots dans leur laboratoire, en donnant les meilleurs conseils sur lesquels des paramètres devraient être employés et lesquels des modules.

Grâce à nos compétences nous pouvons également aider vraiment le laboratoire pour mettre en application la chimie parce que nous ne vendons pas simplement un cadre de chimie et se reposer derrière le propriétaire pour les faire faire leur chose. Nous prenons le contrôle de l'ordinateur et définissons tous les protocoles manuellement sans davantage d'aide.

Nous sommes ici pour fournir le rendement biologique, c'est habituellement quelque chose que les propriétaires et le laboratoire ne s'attendent pas à cause des mauvaises expériences antérieures avec d'autres compagnies. Cependant, dans notre cas nous sommes réellement ici pour fournir le rendement biologique, et ceci aide la diminution le niveau de stress du laboratoire.

Quels genres de problèmes de purification de HT l'équipe a-t-elle aidé des propriétaires à résoudre ?

"bat" : Nous recevons souvent des instructions des laboratoires qui sont l'un ou l'autre d'automatisation de laboratoire existante de essai de re-tâche à un procédé neuf ou choisissent de commencer à investir dans l'automatisation de laboratoire.  Ces propriétaires peuvent ne pas avoir des compétences d'automatisation et ils apprécient la capacité de consulter automaticien pendant qu'ils considèrent des options variées.

Jusque des problèmes spécifiques d'extraction, nous sommes plus qu'heureux d'aider à les résoudre. Dans nos équipes, nous pouvons toujours aller sur place et fonctionner avec un propriétaire sur leurs types difficiles témoin ou l'autre alternative est le propriétaire a l'option pour nous envoyer des échantillons où notre équipe scientifique d'applications travaillera à une solution pour ces types particuliers témoin.

Nous enverrons alors ces échantillons de nouveau au propriétaire, et ils peuvent alors vérifier les isolats utilisant leurs analyses en aval. Nous nous glorifions comme spécialistes en automatisation en ayant la capacité d'aider un propriétaire sur place avec le script ou la programmation.

Nans : Dans un cas avec une société de biotechnologie en France, ils ont voulu faire la purification de plasmide, normalement facile, mais puisque leur procédé en aval était de travailler à la transfection et à la prolifération d'anticorps, ils ont eu besoin de beaucoup de puissance réellement énorme de plasmides-un !

Ils ont dû automatiser des midipreps à partir de 20-30 ml de cultures, quelque chose que nous n'avions pas faite avant. Cependant, puisque nous avons eu un bon nombre de réussite dans le format de miniprep dans 96 puits, nous avons essayé cela dans notre laboratoire d'abord avec des cultures et des échantillons de Promega. Avec les échantillons intérieurement développés nous avons essayé de pousser manuellement les limites de notre chimie pour voir s'il pourrait traiter la variation de midiprep.

Une fois que nous avions cela fonctionner, nous avons demandé au propriétaire si elles pourraient nous fournir une partie de leur culture aux différences de test entre les échantillons internes et les externes. Nous avons vérifié si cela a fonctionné manuellement avec ces échantillons et puis, puisque nous avons eu de la confiance dans notre chimie et nous avons l'automatisation dans nos laboratoires, nous a mis la chimie sur l'instrument robotisé dans des 24 formats de puits profond pour traiter l'écaille du volume assimilée au midiprep.

Après quelques semaines de développement, nous pouvions développer un protocole réglé avec précision pour traiter les midipreps et sommes puis allés au site de laboratoire à Marseille le mettre en application et régler avec précision davantage pour les besoins du laboratoire. C'a été une installation très couronnée de succès parce que le laboratoire est très heureux et nous pouvions écrire une affiche combinée ensemble.

Comment l'équipe peut-elle aider des laboratoires avec une plate-forme d'instrumentation ?

Nans : Une fois que vous automatisez une chimie sur une plate-forme qu'elle est assez droite pour déménager cela plus d'à d'autres plates-formes parce que les questions clés définissent fondamentalement le liquide correcte traitant des paramètres, par exemple : Cet échantillon est-il visqueux ou pas ? Queest-ce que la température d'incubation et vitesse de secousse devrait être ?

Une fois que vous avez cela et vous avez des connaissances de base d'automatisation qu'il est facile de traduire dans n'importe quelle autre langue d'automatisation. Dans la notre équipe nous tous avons l'expérience d'entreprise précédente. J'ai travaillé pendant 10 années chez Tecan avant la jointure de Promega et vous trouverez une expérience assimilée en tout de mes collègues sur l'équipe de système de prodiffusion. Depuis que l'équipe a été produite il y a 8 ans, nous avons produit tant de matrices que nous pouvons utiliser-et puis personnaliser à n'importe quelle plate-forme.

"bat" : Notre équipe est si diverse en termes de connaissance combinée que nous avons recueillie au cours des années sur différentes plates-formes. Le logiciel introduisant à la pipette peut être très différent en termes de programmation mais, généralement, si vous avez un bon traitement sur la chimie et si vous pouvez programmer sur une du liquide plus grand traitant des plates-formes, alors le liquide traitant dans son ensemble n'est pas aussi encombrant que vous pourriez penser.

En tant que groupe ayant ces divers mouvement propre et connaissance dans l'automatisation crue, nous n'allons pas dicter quelle plate-forme un propriétaire choisit pour notre chimie. Nous avons des recommandations pour lesquelles les plates-formes robotisées fonctionnent mieux que d'autres, certains avons plus de souplesse d'utilisation ou de souplesse, mais le message à emporter ici est que nous sommes plate-forme agnostique. Nous ne nous inquiétons pas que la plate-forme le propriétaire emploie avec notre chimie.

Quel échantillon est-ce que provocant l'équipe produite et tape a pu supporter ?

Nans : Il y avait en retard une orientation sur le microbiome. Il y a beaucoup d'intérêt en amplifiant les acides nucléiques des fèces, non seulement fèces humaines mais également les souris et toute autre substance, il est en général difficile traiter qu'à cause de la saleté de l'échantillon, et lui est habituellement très difficile de gagner un éluat propre.

Nous avons également un bon nombre de demandes des échantillons de plante. Grâce à une de nos chimies spécifiques, de la catégorie soutien du renforcement® PureFood OGM de Maxwell et du nécessaire d'authentification, il est facile d'épurer ces échantillons difficiles. Nous toujours devons soigneusement manager le stockage, l'entrée et traiter d'échantillon, mais d'autre part nous sommes tout à fait couronnés de succès dans ce domaine.

"bat" : Nous avons également eu les propriétaires qui ont ont voulu extraire l'ADN des fruits de mer et des crustacés variés, dans le secteur marin et biotechnologique. Nous également avons eu des demandes d'extraire l'acide nucléique des ongles et des clous enfoncé de biais ! Les gens oublient souvent qu'il y a beaucoup d'ADN et ARN dans les clous, ainsi que des follicules pileux. Nous avons traité tous ces types d'échantillons.

La ligne inférieure est même si nous n'avons pas l'expérience avec un type spécifique témoin, les propriétaires ont l'option de nous envoyer ces échantillons à Madison où nous travaillons de pair avec des scientifiques pour obtenir leur extrait pour fonctionner.

Quelles affirmations sont fournies aux propriétaires au sujet de la qualité des systèmes® de HT de Maxwell ?

Nans : Promega en tant que compagnie a une expérience professionnelle grande dans ce domaine, ainsi je dirais que c'est le premier niveau de l'affirmation. Puis, naturellement, nous aimons toujours doubler et la vérification triple tout et nous aiment essayer l'échantillon de laboratoire avec notre système® de catégorie soutien du renforcement de Maxwell, il est très facile traiter et expliquer que sur place.

Dans le notre ou laboratoire de l'usager, nous pouvons vérifier l'échantillon dans une heure permettant à notre propriétaire de voir pour eux-mêmes si la chimie fonctionne comme prévu.

Quand un laboratoire expédie un échantillon à Madison ou à Lyon, où nous pouvons régler avec précision les paramètres d'automatisation de l'expérience, nous rédigeons un état et envoyons l'éluat de nouveau au laboratoire du propriétaire ainsi ils peuvent également aller voir clair l'ADN et l'ARN et voir pour eux-mêmes que cela fonctionne. Si le laboratoire est heureux, nous viendrions alors sur place et répéterions ce travail avec leurs scientifiques et leur plate-forme, qui donne beaucoup d'affirmation.

"bat" : Nous pouvons expliquer que nos éluats sont à la norme que le laboratoire s'attend en vérifiant l'échantillon donnant droit. Notre cautionnement de réussite pour nos propriétaires est que la chimie ne se trouve pas.

Par exemple, avec une chimie de purification d'acide nucléique, il y a des rapports de pureté pour le contrôle qualité des échantillons. Il y a deux rapports que nous regardons le moment où nous isolons l'ADN et/ou l'ARN, le premier est le rapport A260-280 qui mesure fondamentalement n'importe quelle contamination de protéine dans votre échantillon d'acide nucléique. Quand vous vérifiez vos échantillons, vous pouvez s'attendre à ce que le rapport soit environ 1,8 à 1,9. S'il y a des protéines ou toute autre contamination dans l'échantillon, le rapport sera c.-à-d. 0,7 à 1,3 sensiblement inférieurs. Ceci t'indique ce qu'un peu un échantillon vous ont et combien couronné de succès l'isolement a disparu.

Le deuxième rapport est le rapport A230-260, qu'essentiellement les mesures lavent des tampons ou des rebuts transportés dans tout le flux de travail. De l'opération de lysis, opération obligatoire, opération de lavage à l'opération d'élution, si un quelconque de ces composantes indésirables est réalisé le flux de travail que le rapport lui montrera. Nous recherchons type des rapports de 1.7-2.1, et s'il relâche à 0.7-1.0 vous savez qu'il y a des hauts niveaux du tampon ou des déchets réalisés le flux de travail.

En plus de cela nous travaillerons alors avec le propriétaire sur les procédés en aval. Type, si le système fonctionne et les extractions étaient couronnés de succès que devraient être expliquées sur ceux des analyses en aval.

Que le contrat à terme retient-il pour Promega et l'équipe® de HT de Maxwell ?

Nans : D'un point de vue d'équipe nous avons été tout à fait couronnés de succès, il y a 5 ans l'équipe était juste 2 personnes aux USA et maintenant nous sommes 9 personnes et actuel examen pour engager une personne neuve en Europe. Nous augmentons et nous essayons également d'instruire des gens au sujet d'automatisation dans tout notre organisme pour les mettre au courant des défis typiques de l'automatisation dans le laboratoire, ainsi nous pouvons être bien plus couronnés de succès dans ce domaine.

"bat" : En termes de contrat à terme, nous sommes excités au sujet des technologies neuves que les scientifiques travaillent en circuit dans le milieu universitaire, l'hôpital et les laboratoires cliniques, et le pharma et la biotechnologie. Par exemple, isolements de plasmide pour CRISPR, production synthétique d'ADN et opérations bancaires de sang, où des montants considérables de sang sont isolés pour fournir des produits d'acide nucléique aux propriétaires. Nous avons vu un bon nombre de demande dans ces endroits.

Comme Nans a mentionné, notre équipe est en suspens. Je pense pendant que la technologie fonctionne en avant, nous suis proactif et vois où nos chimies et notre automatisation peuvent mieux être employées.

Où peuvent les lecteurs trouver plus d'informations ?

https://www.promega.com/products/dna-purification-quantitation/high-throughput-nucleic-acid-purification/maxwell-ht-nucleic-acid-purification/

Au sujet de Nans Bodet

Nans Bodet, est un scientifique d'automatisation de support d'inducteur à Promega Corporation basée en France et en couvrant l'EMEA pendant les cinq dernières années. Il a acquis un maître de biologie cellulaire, de physiologie et d'immunologie à l'université de Marseille Luminy.

Avant de joindre Promega, il a travaillé chez Tecan France en tant que spécialiste en application et a puis joint des sièges sociaux de Tecan dans Maennedorf (ch) pour être gestionnaire de comptes global de support et de clavette de ligne du front. Chez Promega, Nans se concentre sur combiner des solutions de Promega avec tout le genre d'automatisation pour soulager des défis de laboratoires.

Au sujet de "bat" Mutamba

"bat" Mutamba, un scientifique d'automatisation de support d'inducteur avec Promega Corporation pendant trois années, étaient nées et augmentées au Zimbabwe avec un mouvement propre en microbiologie, biochimies et biotechnologie d'université de Rhodes, Afrique du Sud.

Il a déménagé aux USA où il a complété des maîtres en nutrition cellulaire et moléculaire d'UNC Greensboro. À Duke University, il a travaillé en tant qu'analyste de recherches avant d'être embauchée par Tecan comme spécialiste en produit pour les systèmes cellulaires.

Un moment plus tard, "bat" ont continué pour fonctionner pour une compagnie de nanotechnologie en tant que scientifique de recherches à l'étude le développement de produits, utilisant les nanoparticles argentés pour différentes applications antimicrobiennes. Il plus tard a travaillé pour le développement de produits pharmaceutique d'HÔTE (PPD) à Richmond, VA en tant que scientifique supérieur responsable du développement et de la validation des analyses variées utilisant traiter liquide robotisé.

Il a alors replacé avec sa famille à Phoenix, Arizona où il a travaillé pour les sciences de la vie de Caris, une compagnie moléculaire de diagnose se spécialisant dans le cancer et a personnalisé le médicament. Dans son rôle comme scientifique de recherches il purposed avec se développer et le laboratoire automatisant a développé des tests (LDTs) pour le dépistage précoce et le diagnostic du sein et du cancer de la prostate.

Citations

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    Promega Corporation. (2019, April 09). Purification élevée d'acide nucléique de débit simplifiée. News-Medical. Retrieved on July 18, 2019 from https://www.news-medical.net/news/20190409/High-Throughput-Nucleic-Acid-Purification-Simplified.aspx.

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    Promega Corporation. "Purification élevée d'acide nucléique de débit simplifiée". News-Medical. 18 July 2019. <https://www.news-medical.net/news/20190409/High-Throughput-Nucleic-Acid-Purification-Simplified.aspx>.

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    Promega Corporation. "Purification élevée d'acide nucléique de débit simplifiée". News-Medical. https://www.news-medical.net/news/20190409/High-Throughput-Nucleic-Acid-Purification-Simplified.aspx. (accessed July 18, 2019).

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    Promega Corporation. 2019. Purification élevée d'acide nucléique de débit simplifiée. News-Medical, viewed 18 July 2019, https://www.news-medical.net/news/20190409/High-Throughput-Nucleic-Acid-Purification-Simplified.aspx.