Alta depurazione dell'acido nucleico di capacità di lavorazione semplificata

insights from industryBats Mutamba & Nans BodetField Support Automation ScientistsPromega Corporation

Un'intervista con i pipistrelli Mutamba e Nans Bodet, condotto da James Ives

Faccia prego una generalità del sistema monetario aureo corrente nell'alta depurazione dell'acido nucleico di capacità di lavorazione. Che cosa favorisce e le limitazioni sono queste per questi metodi?

Pipistrelli: Il sistema monetario aureo storico per isolamento dell'acido nucleico è stato la tecnologia basata fuori di un flusso di lavoro della colonna. Nel flusso di lavoro regolare c'è un punto di lisi, dove le celle sono catturate ed aperte per esporre l'acido nucleico all'ambiente esterno, quindi ad un punto obbligatorio su una membrana sulla colonna, seguita da parecchi punti del lavaggio per liberarsi di tutti i detriti delle cellule, delle proteine e di altri materiali fuori degli acidi nucleici. Al punto definitivo dell'eluizione, un buffer sarebbe impiegato per dissociare l'acido nucleico dalla matrice della colonna.

Questi flussi di lavoro da allora si sono spostati alle tecnologie basate a perla magnetiche, che essenzialmente possiedono gli stessi punti: la lisi, l'associazione, il lavaggio e l'eluizione, ma questa accade su una perla invece sopra di una colonna.

alle le tecnologie basate a colonna presentano alcuni svantaggi: i pozzi sono ad ostruzione incline con o senza l'uso dei collettori ad aspirazione. Ciò può accadere durante l'aggiunta dei buffer come pure di numerosi, punti ingombranti e che richiede tempo di centrifugazione da filare giù le colonne. Ciò non è il caso con alle le tecnologie basate a perla, che sono tanto sistemi di pulizia veduti con i più brevi tempi di lavorazione.

Nans: I laboratori stanno richiedendo la purezza e la flessibilità per alta depurazione dell'acido nucleico di capacità di lavorazione, mentre avevano bisogno di di completare l'analisi a valle difficile, per esempio con l'ordinamento seguente di GEN (“NGS ").

La chimica basata magnetica è il sistema monetario aureo perché può fornire molta purezza, come potete selezionare il tipo appropriato di resina magnetica per misura la vostra applicazione e per regolarti per la maggior parte si appropriano le applicazioni a valle. Le perle magnetiche sono flessibili in termini di scalabilità e volume dell'input del campione come pure numeri dei campioni che devono essere funzionati.

Ciò è rispetto ad altre tecniche ben note quale la separazione basata vuoto, dove la lastra grossa piena deve essere utilizzata, diminuente la flessibilità della tecnica e pregiudicante il volume di campione. Un vantaggio del metodo di vuoto è la velocità, può fornire le risposte rapide, ma non tratta le applicazioni a valle richiedenti come pure alla la chimica basata a perla magnetica.

Come il sistema® del GH di Maxwell funziona per depurare il DNA o il RNA? Che strumentazione il sistema® del GH di Maxwell funziona con ed a che disgaggi?

Pipistrelli: La chimica® del GH di Maxwell citata più presto è principalmente ad una tecnologia basata a perla per isolare gli acidi nucleici, DNA, RNA o acido nucleico totale (TNA), che include sia il DNA che il RNA. Se le celle devono essere fatte l'elettrolisi al punto iniziale di lisi, i buffer specifici saranno richiesti, per esempio quando isola il DNA dai globuli bianchi.

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Poi l'acido nucleico è limitato sulle perle magnetiche (o sulla resina, come la chiamiamo), che possono avere tipi differenti di superfici. Adattiamo la chimica obbligatoria per fornire il bloccaggio ottimale delle molecole di interesse. Una volta che l'acido nucleico lega alle perle magnetiche ci sono tre o quattro lavaggi, che possono essere a base di alcool, ma per alcuni clienti che hanno analisi a valle sensibili, abbiamo buffer alternativi disponibili.

La tappa finale è il punto dell'eluizione, comprendente la separazione dell'acido nucleico dalla perla con un buffer dell'eluizione, la nucleasi innaffia tipicamente liberamente o una soluzione tampone degli tris-ED (buffer di TE). Se le analisi a valle del nostro cliente sono sensibili agli ED, che conosciamo siamo un agente chelante, quindi possiamo utilizzare un buffer da 25 millimetri Tris.

I sistemi abbiamo installato tipicamente il trattamento dalle centinaia a migliaia di campioni. Siamo piattaforma agnostica, in modo da significa che integriamo le chimiche del reagente su tutta la piattaforma che automatizzata il cliente desidera. Ciò ci dà la più flessibilità senza forzare i nostri clienti decidere dei sistemi che non possono essere ideali per loro. Non offriamo le raccomandazioni e requisiti duri.

Abbiamo certa strumentazione di Promega che usiamo per le dimostrazioni o gli studi del proof of concept ed abbiamo lavorato con le società di strumentazione da tutti i grandi giocatori compreso Hamilton, Tecan, Beckman, ThermoFisher, Eppendorf e molti altri. C'è una grande selezione delle piattaforme che possono essere utilizzate per le chimiche ed il nostro gruppo ha il diverso scripting di conoscenza o programmazione delle queste piattaforme.

Nans: La bellezza del sistema® del GH di Maxwell è la chimica ben-provata, che può essere dimostrata facilmente nel piccolo strumento® di Maxwell RSC. Abbiamo abbondanza di esperienza del nostro sistema e possiamo sottoporre a operazioni di disgaggio la stessa chimica a qualunque genere di capacità di lavorazione.

Promega offre una soluzione su misura a depurazione dell'acido nucleico, prego descrive che cosa offrite ai vostri clienti.

Nans: Il cliente o il laboratorio può avere un campione molto standard ed abbiamo le soluzioni stabilite per. Tuttavia, per lo più, i campioni che sono provati saranno necessari per un'applicazione specifica, per esempio i batteri dalle feci, o le analisi a valle potrebbero essere molto particolari per questa applicazione, o il volume richiesto è molto differente.

Poichè abbiamo una stretta completa della chimica richiesta, possiamo aiutare il laboratorio con una soluzione su misura, richiedendo che il laboratorio ci invii alcuni dei campioni per la valutazione. Poi lavoriamo nei nostri laboratori dell'applicazione dentro intorno al globo per verificare le soluzioni differenti di chimica sui campioni e per definire tutti i volumi richiesti per la migliore prestazione dell'applicazione a valle.

Sulla base di quello, possiamo regolare la nostra offerta definitiva, noi possiamo fornire ad un kit standard per questa applicazione i reagenti extra a richiesta o fare un kit completamente su misura, con lo stesso numero di lotto per l'intero anno per il laboratorio.

Pipistrelli: Nans ha citato non c' è alcun un cliente che stia andando volere l'esatto lo stesso flusso di lavoro con l'esatto la stessa capacità di lavorazione, in modo da Promega ha due gruppi supplementari che sono responsabili di personalizzazione. Il nostro gruppo del FSS (“scienziati di sostegno del campo ") collabora con le dogane ed il gruppo della soluzione dell'OEM come pure un dipartimento di ordine della dogana (COD), che trattano la fissazione dei prezzi in serie, l'ordinazione e le configurazioni su ordinazione del kit.

Per esempio, se siete un cliente che vuole perseguire una chimica specifica e voi non voglia entrare in vostri tempi multipli dei recipienti di reazione per esecuzione, noi può imballare i reagenti in un modo su misura per il vostro laboratorio. Lavoriamo con i nostri clienti ed i nostri gruppi di servizio clienti per lavorare alle configurazioni differenti del kit che sono ottimali per il vostro flusso di lavoro. Se non è una configurazione standard del kit, abbiamo la capacità sarto-di fare i reagenti o l'imballaggio per aiutare i nostri clienti, nessuna materia il livello di capacità di lavorazione.

Come il gruppo® su ordinazione di sostegno di depurazione dell'acido nucleico del GH di Maxwell salva il tempo e diminuisce lo sforzo?

Pipistrelli: Il gruppo del FSS in primo luogo funziona con il rappresentante del locale e del cliente per sviluppare una comprensione dei requisiti dei flussi di lavoro del laboratorio e dei bisogni di automazione. Il gruppo utilizza la nostra competenza nei sistemi e nelle chimiche automatizzati di Promega per offrire le raccomandazioni affinchè il cliente consideri e poi assisterà il cliente in laboratorio per programmare lo strumento, per preparare il laboratorio sul usando lo strumento e la chimica e per offrire il supporto in corso.

Nans: Abbiamo un trattamento molto bene-stabilito, in primo luogo in termini di documentazione di flusso di lavoro, noi raccogliamo i requisiti poi che abbiamo un'istruzione di lavoro in cui definiamo le aspettative del laboratorio come le vediamo e capiamo. Dividiamo questo con il laboratorio prima che andiamo per l'entrata in vigore in loco ricontrollare che entrambe le aspettative abbinano. Con questo risparmiamo molto tempo.

Egualmente salviamo grazie di tempo alla nostra molto grande conoscenza di automazione all'interno del gruppo, tutti i colleghi del gruppo stanno lavorando a lungo nel campo di automazione, in modo da possiamo supportare il laboratorio nella definizione della soluzione di automazione migliore se pianificazione sull'approvvigionamento dello strumento o se già hanno robot nel loro laboratorio, dando il migliore consiglio su cui i parametri dovrebbero essere usati e su cui moduli.

Grazie alla nostra competenza possiamo egualmente vero aiutare il laboratorio per applicare la chimica perché non stiamo vendendo appena una casella di chimica e la seduta dietro il cliente per farle fare la loro cosa. Catturiamo il controllo del computer e definiamo tutti i protocolli manualmente senza ulteriore guida.

Siamo qui consegnare la prestazione biologica, questo è solitamente qualcosa che i clienti ed il laboratorio non prevedano a causa di cattive esperienze di esperienza con altre società. Tuttavia, nel nostro caso siamo realmente qui consegnare la prestazione biologica e questa aiuta la diminuzione il livello di sforzo del laboratorio.

Che generi di problemi di depurazione del GH il gruppo ha aiutato i clienti a risolvere?

Pipistrelli: Riceviamo spesso le indagini dai laboratori che sono qualsiasi automazione di laboratorio attuale di prova di ri-compito ad un nuovo processo o stanno scegliendo di cominciare ad investire nell'automazione di laboratorio.  Quei clienti non possono avere competenza di automazione ed apprezzano la capacità di consultare gli esperti in automazione mentre stanno considerando le varie opzioni.

Fino ai problemi specifici dell'estrazione, siamo più felici di contribuire a risolverli. Nei nostri gruppi, possiamo andare sempre sul posto e lavorare con un cliente sui loro tipi difficili del campione o sull'altra alternativa è il cliente ha l'opzione per inviare i campioni noi dove il nostro gruppo scientifico delle applicazioni lavorerà ad una soluzione per quei tipi particolari del campione.

Poi invieremo quei campioni di nuovo al cliente e possono poi provare gli isolati facendo uso delle loro analisi a valle. Ci vantiamo come specialisti di automazione nell'avere la capacità di aiutare un cliente sul posto con lo scripting o nella programmazione.

Nans: In un caso con una società di biotecnologia in Francia, hanno voluto fare la depurazione del plasmide, normalmente facile, ma poiché il loro trattamento a valle era di lavorare alla transfezione ed alla proliferazione dell'anticorpo, hanno avuto bisogno di molto rendimento realmente enorme dei plasmidi-un!

Hanno dovuto automatizzare i midipreps a partire da 20-30 ml di culture, qualcosa che non avessimo fatto prima. Tuttavia, poiché abbiamo avuti lotti di successo nel formato del miniprep in 96 pozzi, abbiamo provato quello nel nostro laboratorio in primo luogo con le culture ed i campioni di Promega. Con i campioni internamente sviluppati abbiamo provato a spingere manualmente i limiti della nostra chimica per vedere se potesse trattare la variazione del midiprep.

Una volta che avessimo quello lavorare, abbiamo chiesto al cliente se potessero fornirci alcuna della loro cultura alle differenze della prova fra i campioni interni e l'esterno un. Abbiamo provato se ha funzionato manualmente con questi campioni e poi, poiché abbiamo avuti certa fiducia in nostra chimica ed abbiamo automazione nei nostri laboratori, noi ha messo la chimica sullo strumento automatizzato nei 24 formati del pozzo profondo per trattare il disgaggio di volume simile al midiprep.

Dopo determinate settimane dello sviluppo, potevamo sviluppare un protocollo regolato per trattare i midipreps e poi siamo andato al sito del laboratorio a Marsiglia applicarlo e regolare ulteriormente per i bisogni del laboratorio. Ciò è stata un impianto molto riuscito perché il laboratorio è molto felice e potevamo scrivere insieme un manifesto combinato.

Come può il gruppo assistere i laboratori con della piattaforma di strumentazione?

Nans: Una volta che automatizzate una chimica su una piattaforma che è abbastanza diretta muovere quella più verso altre piattaforme perché i punti chiave stanno definendo basicamente il liquido adeguato che tratta i parametri, per esempio: È questo campione viscoso oppure no? Che cosa dovrebbe la temperatura di incubazione e la velocità dell'agitazione essere?

Una volta che avete quello ed avete una conoscenza di base di automazione che è facile da tradurre in qualunque altro linguaggio di automazione. All'interno del nostro gruppo tutti abbiamo esperienza precedente dell'industria. Ho lavorato per 10 anni a Tecan prima dell'aggiunta del Promega e troverete la simile esperienza in tutto dei miei colleghi sul gruppo del FSS. Da quando il gruppo è stato creato 8 anni fa, abbiamo prodotto tanti modelli che possiamo usare e poi personalizzare a tutta la piattaforma.

Pipistrelli: Il nostro gruppo è così diverso in termini di conoscenza che combinata ci siamo riuniti nel corso degli anni sulle piattaforme differenti. Il software di prelevamento può essere molto differente in termini di programmazione ma, generalmente, se avete una buona manopola sulla chimica e se potete programmare su una di più grande liquido che tratta le piattaforme, quindi il liquido che tratta complessivamente non è ingombrante come potreste pensare.

Come gruppo che ha quegli diversi sfondo e conoscenza nell'automazione cruda, non stiamo andando dettare che piattaforma un cliente sceglie per la nostra chimica. Abbiamo raccomandazioni per cui ha automatizzato il lavoro delle piattaforme meglio di altri, alcuni abbiamo più versatilità o flessibilità, ma il messaggio netto qui è che siamo piattaforma agnostica. Non ci preoccupiamo che la piattaforma il cliente usa con la nostra chimica.

Che campione provocatorio digita il gruppo incontrato ed ha potuto supportare?

Nans: Ultimamente c'era un fuoco sul microbiome. C'è molto interesse nell'ampliare gli acidi nucleici dalle feci, non solo feci umane ma anche i mouse ed altre specie, che è in genere difficile da trattare a causa della sordidezza del campione e è solitamente molto difficili da guadagnare un eluito pulito.

Egualmente abbiamo lotti delle richieste per i campioni di pianta. Grazie ad uno delle nostre chimiche specifiche, dell'OMG® di Maxwell il RSC PureFood e del kit dell'autenticazione, è facile da depurare questi campioni difficili. Dobbiamo gestire sempre con attenzione lo stoccaggio, l'input e la manipolazione del campione, ma d'altra parte riusciamo abbastanza in questo campo.

Pipistrelli: Egualmente abbiamo avuti clienti che hanno hanno voluto estrarre il DNA dai crostacei e dai vari crostacei, nel marinaio e nel settore di Biotech. Egualmente abbiamo avuti richieste di estrarre l'acido nucleico dalle unghie e dalle unghie del piede! La gente dimentica spesso che c'è molti DNA e RNA nelle unghie come pure follicoli piliferi. Ci siamo occupati di tutti quei tipi di campioni.

La riga inferiore è anche se non abbiamo esperienza di un tipo specifico del campione, i clienti ha l'opzione di invio dei quei campioni da parte a parte noi a Madison in cui lavoriamo congiuntamente con gli scienziati per convincere il loro estratto per lavorare.

Che assicurazioni sono fornite ai clienti circa la qualità dei sistemi® del GH di Maxwell?

Nans: Promega come società ha un grande registro in materia, in modo da direi che questo è il primo livello di assicurazione. Poi, naturalmente, gradiamo sempre raddoppiarci e l'assegno triplo tutto e noi gradisce provare il campione del laboratorio con il nostro sistema® di Maxwell RSC, che è molto facile da gestire e dimostra sul posto.

Nel nostro o laboratorio del cliente, possiamo provare il campione in un'ora permettendo che il nostro cliente vedi per se stessi se la chimica sta funzionando come previsto.

Quando un laboratorio spedisce un campione a Madison o a Lione, in cui possiamo regolare i parametri di automazione dell'esperimento, scriviamo un rapporto ed inviamo l'eluito di nuovo al laboratorio del cliente in modo da possono inoltre avere un chiaro sguardo al DNA ed al RNA e vedere per se stessi che sta funzionando. Se il laboratorio è felice, poi verremmo sul posto e ripeteremmo questo lavoro con i loro scienziati e la loro piattaforma, che dà una quantità elevata di assicurazione.

Pipistrelli: Possiamo dimostrare che i nostri eluiti sono allo standard che il laboratorio prevede provando il campione risultante. La nostra garanzia di successo per i nostri clienti è che la chimica non si trova.

Per esempio, con una chimica di depurazione dell'acido nucleico, ci sono rapporti della purezza per controllo di qualità dei campioni. Ci sono due rapporti che esaminiamo quando isoliamo il DNA e/o il RNA, quello primo siamo il rapporto A260-280 che misura basicamente tutta la contaminazione della proteina nel vostro campione dell'acido nucleico. Quando provate i vostri campioni, potete invitare il rapporto per essere circa 1,8 - 1,9. Se c'è proteine o l'altra contaminazione nel campione, il rapporto sarà cioè 0,7 - 1,3 significativamente più bassi. Ciò vi dice che genere di campione avete e quanto riuscito l'isolamento è andato.

Il secondo rapporto è il rapporto A230-260, che essenzialmente le misure lavano i buffer o lo spreco portati in tutto il flusso di lavoro. Dal punto di lisi, punto obbligatorio, punto di lavaggio al punto di eluizione, se c'è ne di quelle componenti indesiderabili sono portate con il flusso di lavoro che il rapporto gli mostrerà. Cerchiamo tipicamente i rapporti di 1.7-2.1 e se cade a 0.7-1.0 sapere che ci sono alti livelli del buffer o dei materiali riciclati portati con il flusso di lavoro.

Oltre a quello poi lavoreremo con il cliente sui trattamenti a valle. Tipicamente, se il sistema funziona e le estrazioni riuscivano che dovrebbero essere dimostrate su quelli le analisi a valle.

Che cosa il futuro tiene per Promega ed il gruppo® del GH di Maxwell?

Nans: Da una prospettiva del gruppo siamo riusciti abbastanza, 5 anni fa il gruppo era appena 2 persone negli Stati Uniti ed ora siamo 9 persone e corrente guardare per impiegare una nuova persona in Europa. Stiamo espandendo ed egualmente stiamo provando ad istruire la gente circa automazione in tutto la nostra organizzazione per informarle delle sfide tipiche di automazione in laboratorio, in modo da possiamo riuscire ancor più in questo campo.

Pipistrelli: In termini di futuro, siamo eccitati circa le nuove tecnologie che gli scienziati stanno lavorando sopra nell'accademia, ospedale e laboratori clinici e pharma e Biotech. Per esempio, isolamenti del plasmide per CRISPR, produzione sintetica del DNA ed attività bancarie di sangue, dove i gran quantità di sangue sono isolati per fornire i prodotti dell'acido nucleico ai clienti. Abbiamo veduto i lotti della domanda in queste aree.

Nans ha citato, il nostro gruppo è eccezionale. Penso mentre la tecnologia sta funzionando avanti, noi sono dinamico e vedo dove le nostre chimiche e la nostra automazione possono essere usate il più bene.

Dove possono i lettori trovare più informazioni?

https://www.promega.com/products/dna-purification-quantitation/high-throughput-nucleic-acid-purification/maxwell-ht-nucleic-acid-purification/

Circa Nans Bodet

Nans Bodet, è uno scienziato di automazione di sostegno del campo a Promega Corporation basata in Francia e la copertura dell'EMEA per i cinque anni ultimi. Ha acquistato una lastra di biologia, della fisiologia e dell'immunologia cellulari all'università di Marsiglia Luminy.

Prima dell'aggiunta del Promega, ha lavorato a Tecan Francia come specialista dell'applicazione e poi ha unito le sedi di Tecan in Maennedorf (CH) per essere gestore globale di sostegno e di responsabile clienti importanti di linea di battaglia. A Promega, Nans sta mettendo a fuoco sulla combinazione delle soluzioni di Promega con tutto il genere di automazione per facilitare le sfide dei laboratori.

Circa i pipistrelli Mutamba

I pipistrelli Mutamba, uno scienziato di automazione di sostegno del campo con Promega Corporation per tre anni, erano nati e sollevati nello Zimbabwe con uno sfondo in microbiologia, biochimica e biotecnologia dall'università di Rodi, Sudafrica.

Si è mosso negli Stati Uniti in cui ha completato le lastre in nutrizione cellulare e molecolare da UNC Greensboro. Alla Duke University, ha lavorato come analista della ricerca prima del noleggio da Tecan come specialista del prodotto per ai i sistemi Basati a cella.

Un attimo più successivamente, i pipistrelli hanno continuato a lavorare per una società di nanotecnologia come ricercatore in via di sviluppo lo sviluppo di prodotto, utilizzando le nanoparticelle d'argento per varie applicazioni antimicrobiche. Più successivamente ha lavorato per lo sviluppo di prodotto farmaceutico a (PPD) Richmond, VA dell'ASS.COMM. come scienziato senior responsabile dello sviluppo e della convalida di varie analisi facendo uso della manipolazione liquida automatizzata.

Poi ha riassegnato con la sua famiglia a Phoenix, Arizona in cui ha lavorato per le scienze biologiche di Caris, una società molecolare di sistemi diagnostici che si specializza nel cancro ed ha personalizzato la medicina. Nel suo ruolo come ricercatore purposed con lo sviluppo ed il laboratorio automatizzante ha sviluppato le prove (LDTs) per l'individuazione tempestiva e la diagnosi del petto e del carcinoma della prostata.

Citations

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    Promega Corporation. (2019, April 09). Alta depurazione dell'acido nucleico di capacità di lavorazione semplificata. News-Medical. Retrieved on August 17, 2019 from https://www.news-medical.net/news/20190409/High-Throughput-Nucleic-Acid-Purification-Simplified.aspx.

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