L'atlas en ligne produit pour recenser, classifient des signatures de protéine actuelles au diagnostic d'AML

Seulement environ un dans quatre personnes diagnostiquées avec la leucémie myelogenous aiguë (AML) survivent cinq ans après le diagnostic initial. Pour améliorer ce taux de survie, les chercheurs à l'Université du Texas à San Antonio (UTSA) et le centre de lutte contre le cancer de DM Anderson d'Université du Texas ont produit un atlas en ligne pour recenser et classifier des signatures de protéine actuelles au diagnostic d'AML.

Les catégories neuves de protéine aideront des chercheurs et des cliniciens à recommander une meilleure demande de règlement et un médicament personnalisé pour des patients souffrant de ce cancer agressif, qui se produit dans le sang et la moelle osseuse. La recherche de découverte est publiée dans plus vers la fin de question d'avril de génie biomédical de nature.

Le chercheur Amina Qutub, un professeur agrégé dans le service d'UTSA du génie biomédical (qui a joint UTSA en 2018 de Rice University), et l'oncologiste Steven M. Kornblau, un professeur et clinicien de pratique dans le service de la leucémie au centre de lutte contre le cancer de DM Anderson d'UT, ont examiné la diversité génétique, épigénétique et environnementale qui se produit en cellules cancéreuses dues à AML. Analysant les écrans proteomic de 205 biopsies patientes obtenues au centre de lutte contre le cancer de DM Anderson, le premier auteur Chenyue Wendy HU (puis un étudiant de troisième cycle au laboratoire de Qutub, maintenant aux technologies d'Uber), le Kornblau et le Qutub ont développé une méthode de calcul neuve MetaGalaxy appelé pour classer les signatures de protéine dans 154 configurations différentes basées sur leurs fonctions cellulaires et voies.

En approchant ce défi par la seule lentille de développer un plan quantitatif pour chaque patient de leucémie d'expression de la protéine en leur sang et moelle osseuse, plutôt que la lentille normale seule de la métrique qualitative et des risques génétiques, Qutub, Kornblau et leurs collaborateurs de recherches pourront à classent plus avec précision des patients dans des groupes à risque et prévoient par catégorie mieux leurs résultats de demande de règlement.

Pour comprendre mieux les cachets d'AML au niveau proteomic (de système de protéine) et partager les résultats de leur travail avec d'autres chercheurs, le professeur de génie biomédical d'UTSA et son équipe comprenant HU, et stagiaires Andrew Ligeralde (maintenant à l'Université de Californie, Berkeley) et Allie Raybon (du service d'UTSA du génie biomédical) ont établi un portail web connu sous le nom d'atlas de protéome de leucémie. Conçu par les équipes de Qutub et de Kornblau avec la contribution des collaborateurs cliniques mondiaux, le portail en ligne donne des oncologistes et des scientifiques de cancer les outils qu'ils doivent vérifier des configurations d'expression de la protéine d'AML d'un patient au prochain. Il fournit également des chercheurs autour du monde en fils pour la recherche neuve de leucémie et les outils de calcul neufs.

Puisque beaucoup de mutations génétiques ne peuvent pas être visées, le procédé proteomic d'identification de profilage et d'objectif utilisé dans cette étude de recherches accélérera l'identification des objectifs thérapeutiques. Il actionne également des chercheurs beaucoup plus près du développement des thérapies combiné personnalisées pour des patients basés sur leurs seules signatures de protéine.

« La leucémie myelogenous aiguë présente en tant que cancer si hétérogène qu'elle est souvent décrite en tant que pas un, mais une collection des maladies, » a dit Qutub. « Pour déchiffrer les indices a trouvé en protéines de sang et moelle osseuse des patients de leucémie, nous avons développé une analyse par ordinateur neuve - le MetaGalaxy - qui recense les cachets moléculaires de la leucémie. Ces cachets sont analogues à la navigation de guide de constellations de voie des étoiles : ils fournissent un plan aux modifications de protéine pour la leucémie. Nos prévisions de « cachet » sont expérimental vérifiées par des écrans de médicament et peuvent « être programmées » dans des cellules par la manipulation synthétique des protéines. Une prochaine opération pour porter ce travail aux soins aux patients de clinique et de choc vérifie si ces signatures mènent à l'accroissement ou à la résistance agressif à la chimiothérapie observée dans des patients de leucémie. En même temps, pour accélérer rapidement la recherche dans la leucémie et avancer la chasse pour des demandes de règlement, nous fournissons les cachets dans un abrégé en ligne où les chercheurs semblables et les oncologistes mondiaux peuvent établir du moyen, des outils et des découvertes, LeukemiaAtlas.org. »

Source : https://www.utsa.edu/today/2019/04/story/QutubCancerAtlas.html