O atlas em linha criado para identificar, classifica as assinaturas da proteína actuais no diagnóstico de AML

Somente aproximadamente um em quatro povos diagnosticados com leucemia myelogenous aguda (AML) sobrevive a cinco anos após o diagnóstico inicial. Para melhorar essa taxa de sobrevivência, os pesquisadores na Universidade do Texas em San Antonio (UTSA) e o centro do cancro da DM Anderson da Universidade do Texas criaram um atlas em linha para identificar e classificar as assinaturas da proteína actuais no diagnóstico de AML.

As classificações novas da proteína ajudarão pesquisadores e clínicos a recomendar o melhor tratamento e a medicina personalizada para os pacientes que sofrem deste cancro agressivo, que ocorre no sangue e na medula. A pesquisa da descoberta é publicada na introdução a mais atrasada de abril da engenharia biomedicável da natureza.

O pesquisador Amina Qutub, um professor adjunto no departamento de UTSA da engenharia biomedicável (quem se juntou a UTSA em 2018 de Rice University), e o oncologista Steven M. Kornblau, um professor e clínico praticando no departamento da leucemia no centro do cancro da DM Anderson de UT, examinaram a diversidade genética, epigenética e ambiental que ocorre nas pilhas cancerígenos devido a AML. Analisando telas proteomic de 205 biópsias pacientes obtidas no centro do cancro da DM Anderson, primeiro autor Chenyue Wendy Hu (então um aluno diplomado no laboratório de Qutub, agora em tecnologias de Uber), Kornblau e Qutub desenvolveram um método computacional novo chamado MetaGalaxy para categorizar as assinaturas da proteína em 154 testes padrões diferentes baseados em seus funções e caminhos celulares.

Aproximando este desafio através da lente original de desenvolver um mapa quantitativo para cada paciente da leucemia da expressão da proteína em seus sangue e medula, um pouco do que a lente padrão do medidor qualitativo e de riscos genéticos apenas, Qutub, Kornblau e seus colaboradores da pesquisa poderão a categorizam mais precisamente pacientes em grupos de risco e prevêem melhor seus resultados do tratamento.

Para compreender melhor as indicações de AML a (nível proteomic do sistema da proteína) e compartilhar dos resultados de seu trabalho com outros pesquisadores, o professor da engenharia biomedicável de UTSA e sua equipe que incluem Hu, e os estudantes Andrew Ligeralde (agora no University of California, Berkeley) e Allie Raybon (do departamento de UTSA da engenharia biomedicável) construíram um portal da web conhecido como o atlas de Proteome da leucemia. Projetado pelas equipes de Qutub e de Kornblau com entrada dos colaboradores clínicos no mundo inteiro, o portal em linha dá oncologistas e cientistas do cancro as ferramentas que precisam de investigar testes padrões da expressão da proteína de AML de um paciente ao seguinte. Igualmente fornece investigador em todo o mundo os chumbos para a pesquisa nova da leucemia e ferramentas computacionais novas.

Desde que muitas mutações genéticas não podem ser visadas, o processo proteomic da identificação do perfilamento e do alvo usado neste estudo da pesquisa acelerará a identificação de alvos terapêuticos. Igualmente propele pesquisadores muito mais perto da revelação de terapias personalizadas da combinação para os pacientes baseados em suas assinaturas originais da proteína.

“A leucemia myelogenous aguda apresenta como um cancro tão heterogêneo que está descrita frequentemente como não um, mas uma coleção das doenças,” disse Qutub. “Para decifrar os indícios encontrou nas proteínas do sangue e medula de pacientes da leucemia, nós desenvolvemos uma análise de computador nova - o MetaGalaxy - que identifica indicações moleculars da leucemia. Estas indicações são análogas à navegação do guia das constelações da maneira das estrelas: fornecem um mapa às mudanças da proteína para a leucemia. Nossas previsões da “indicação” estão sendo testadas experimental através das telas da droga e podem “ser programadas” em pilhas com a manipulação sintética das proteínas. Um passo seguinte para trazer este trabalho ao assistência ao paciente da clínica e do impacto está testando se estas assinaturas conduzem ao crescimento ou à resistência agressiva à quimioterapia observada em pacientes da leucemia. Ao mesmo tempo, para acelerar ràpida a pesquisa na leucemia e para avançar a caça para tratamentos, nós fornecemos as indicações em um compêndio em linha onde os pesquisadores e os oncologistas companheiros no mundo inteiro possam construir do recurso, das ferramentas e dos resultados, LeukemiaAtlas.org.”

Source: https://www.utsa.edu/today/2019/04/story/QutubCancerAtlas.html