A ferramenta nova da bioinformática melhora a identificação do gene

Como encontrar uma agulha em um monte de feno, identificar os genes que são em particular doenças envolvidas pode ser um processo laborioso e demorado. Olhando para melhorar este processo, uma equipe conduzida por pesquisadores na faculdade de Baylor da medicina desenvolveu uma ferramenta nova da bioinformática que analisasse dados associados CRISPR da tela e identificasse candidatos para genes potencial relevantes com maiores sensibilidade e precisão do que outros métodos existentes. A ferramenta com suporte na internet analítica nova igualmente é mais rápida e mais de fácil utilização porque não exige o treinamento da bioinformática o usar. O estudo aparece na pesquisa do genoma do jornal.

“Este projecto elevarou de uma colaboração com o laboratório do Dr. Huda Zoghbi, que estuda doenças neurológicas. Um dos objetivos do laboratório é identificar os genes do modificador que podem ser visados com drogas,” disse o Dr. correspondente Zhandong Liu do autor, professor adjunto da pediatria e da neurologia em Baylor e em director do núcleo da bioinformática no janeiro e do instituto de investigação neurológico de Dan Duncan no hospital de crianças de Texas.

Os genes do modificador são os genes que afectam a expressão de um outro gene. A ideia atrás de identificar genes do modificador é tentar tratar uma doença, não directamente afetando o gene que a causa realmente, mas através dos genes específicos do modificador que podem reduzir os efeitos negativos do gene que causa a doença.

Para identificar candidatos de genes do modificador, o laboratório de Zoghbi usa a tecnologia de CRISPR para seleccionar o genoma inteiro.

De “as telas CRISPR geram séries de dados de muitos milhares de genes, os pesquisadores necessários uma ferramenta para reduzir assim a lista a um número de candidatos que seriam práticos testar no laboratório,” Liu disseram. “Embora há diversos métodos computacionais disponíveis, para analisar dados da tela de CRISPR exactamente é importante usar as ferramentas analíticas que modelam as características naturais dos dados tão precisamente como possível. Nós embora que as ferramentas computacionais disponíveis não cumpriram estes critérios.”

De “os dados CRISPR vêm geralmente com muita variabilidade que pode fazer a interpretação dos dados difícil,” disseram o primeiro Dr. Hyun-Hwan Jeong do autor, um associado pos-doctoral no laboratório de Liu. “Nós desenvolvemos um método novo que tomasse na consideração a variabilidade de dados da tela de CRISPR; pode melhorar grandes e variações pequenas da captação nos dados. Quando comparada com os oito métodos os mais de uso geral, nossa ferramenta da Web é mais sensível e exacta, mais rapidamente e mais de fácil utilização.”

A ferramenta computacional nova, que usa a modelagem beta-binária, permite cientistas do laboratório de melhorar a avaliação o significado estatístico de cada gene que medem. Igualmente podem gerar uma lista de genes que são alvos prováveis do candidato para a terapia que inclui tantos como genes do candidato como possíveis, mas de falsos positivos de minimização.

“O que é realmente emocionante sobre esta ferramenta computacional é que os pesquisadores não estão restringidos a ter uma bioinformática ou o biólogo computacional os ajuda a analisar seus “dados grandes, “” disse Zoghbi, que é professor da genética molecular e humana e da pediatria e da neurociência em Baylor e em director do janeiro e no instituto de investigação neurológico de Dan Duncan no hospital de crianças de Texas. Igualmente é um investigador no Howard Hughes Medical Institute. “Esta ferramenta autoriza o cientista molhado do laboratório que não é treinado na bioinformática para analisar dados para identificar os melhores candidatos do gene.”

Source: https://www.bcm.edu/news/genetics/new-tool-improves-gene-identification