La herramienta nueva de la bioinformática perfecciona la identificación del gen

Como encontrar una aguja en un pajar, determinar los genes que son particularmente enfermedades implicadas puede ser un proceso arduo y que toma tiempo. Observando para perfeccionar este proceso, las personas llevadas por los investigadores en la universidad de Baylor del remedio han desarrollado una nueva herramienta de la bioinformática que analiza datos reunidos CRISPR de la pantalla y determina a los candidatos a genes potencialmente relevantes con mayores sensibilidad y exactitud que otros métodos existentes. La nueva herramienta en Internet analítica también es más rápida y más convivial pues no requiere el entrenamiento de la bioinformática utilizarlo. El estudio aparece en la investigación del genoma del gorrón.

“Este proyecto se presentó de una colaboración con el laboratorio del Dr. Huda Zoghbi, que estudia enfermedades neurológicas. Una de las metas del laboratorio es determinar los genes del modificante que se pueden apuntar con las drogas,” dijo al Dr. correspondiente Zhandong Liu, profesor adjunto del autor de la pediatría y de la neurología en Baylor y el director de la base de la bioinformática en el enero y del instituto de investigación neurológico de Dan Duncan en el hospital de niños de Tejas.

Los genes del modificante son los genes que afectan a la expresión de otro gen. La idea detrás de determinar genes del modificante es tentativa tratar una enfermedad, no directamente afectando al gen que la causa real, pero a través de los genes específicos del modificante que pueden reducir los efectos negativos del gen que causa la enfermedad.

Para determinar a candidatos de los genes del modificante, el laboratorio de Zoghbi utiliza tecnología de CRISPR para revisar el genoma entero.

Las “pantallas de CRISPR generan los conjuntos de datos de muchos millares de genes, los investigadores necesitaron tan una herramienta estrechar el filete a varios candidatos que serían prácticos probar en el laboratorio,” Liu dijeron. “Aunque hay varios métodos de cómputo disponibles, para analizar datos de la pantalla de CRISPR es exacto importante utilizar las herramientas analíticas que modelan las características naturales de los datos tan exacto como sea posible. Nosotros sin embargo que las herramientas de cómputo disponibles no satisficieron estas consideraciones.”

Los “datos de CRISPR vienen generalmente con mucha variabilidad que pueda hacer la interpretación de los datos difícil,” dijeron al primer Dr. Hyun-Hwan Jeong, socio postdoctoral del autor en el laboratorio de Liu. “Desarrollamos un nuevo método que toma en la consideración la variabilidad de los datos de la pantalla de CRISPR; puede mejorar variaciones grandes y pequeñas de la captura en los datos. En comparación con los ocho métodos más de uso general, nuestra herramienta de la membrana es más sensible y exacta, más aprisa y más convivial.”

La nueva herramienta de cómputo, que utiliza el modelado beta-binomio, permite a científicos del laboratorio mejorar presupuesto la significación estadística de cada gen que miden. También pueden generar un filete de los genes que son objetivos probables del candidato para la terapia incluyendo tantos genes del candidato como sea posible, solamente de los positivos falsos que disminuyen.

“Cuál es realmente emocionante sobre esta herramienta de cómputo es que no restringen a los investigadores a tener una bioinformática o el biólogo de cómputo les ayuda para analizar sus “datos grandes, “” dijo a Zoghbi, que es profesor de la genética molecular y humana y de la pediatría y de la neurología en Baylor y el director del enero y el instituto de investigación neurológico de Dan Duncan en el hospital de niños de Tejas. Ella también es investigador en el Howard Hughes Medical Institute. “Esta herramienta autoriza al científico mojado del laboratorio que no se entrena en bioinformática para analizar datos para determinar a los mejores candidatos del gen.”

Fuente: https://www.bcm.edu/news/genetics/new-tool-improves-gene-identification