La nuova struttura di calcolo rivela l'impatto delle droghe di artrite su espressione genica

Una nuova struttura di calcolo ha rivelato le differenze chiave fra quattro farmaci di artrite reumatoide ed il loro impatto sulle vie biologiche in mouse. Niki Karagianni Grecia SA, Grecia e colleghi di Biomedcode presenta il loro nuovi approccio e risultati nella biologia di calcolo di PLOS.

Il nuovo approccio analitico ha potuto servire da strumento potente valutare e confrontare i trattamenti. Credito: Pixabay, CC0

La gente con l'artrite reumatoide riceve spesso i farmaci che mirano ed inibiscono al fattore di necrosi tumorale (TNF), una proteina in questione nell'infiammazione dolorosa ed offensiva caratteristica della malattia. Mentre parecchie droghe anti--TNF sono usate ampiamente con successo clinico comparabile, i dettagli dei loro effetti molecolari differenti sui trattamenti biologici sono stati poco chiari.

Per colmare questa lacuna, Karagianni ed i colleghi hanno impiegato un modello del mouse dei poliartrite-mouse infiammatori cronici che esprimono il TNF umano e sviluppano i sintomi e le impronte che rispecchiano molto attentamente il modulo umano della malattia. I mouse malati hanno ricevuto il trattamento con uno di quattro droghe anti--TNF (Remicade, Cimzia, Humira, o Enbrel), o per il confronto, nessuno delle droghe. I ricercatori poi li hanno confrontati ai mouse sani.

Dopo il trattamento, i ricercatori hanno raccolto il tessuto unito da tutti i mouse ed hanno analizzato il loro insieme completo del transcriptomes-the delle molecole del RNA messaggero nei tessuti, che indica quali geni sono girati inserita/disinserita. Poi, hanno applicato una serie di punti di calcolo ai dati del transcriptome per confrontare gli effetti delle quattro droghe differenti.

L'analisi ha rivelato le differenze precedentemente sconosciute nel modo l'espressione genica di influenza di quattro droghe in mouse malati. Alcune di queste differenze sono state trovate per i geni direttamente in questione nell'artrite, ma molti sono stati trovati in geni in relazione con non, quali i geni in questione nella malattia cardiovascolare ed in altre circostanze che possono accadere accanto all'artrite.

Forse il risultato più importante per uscire dal nostro studio è il grande numero di geni giù-regolamentati negli animali malati, che sono associati con le funzioni e le vie che fino ad oggi in gran parte sono state trascurate. Questi hanno potuto fornire la comprensione supplementare nei meccanismi di patologia di artrite.„

Co-author Christoforos Nikolaou di studio

La nuova struttura di calcolo sviluppata per questo studio ha potuto essere repurposed per i confronti dettagliati di altre droghe in altre malattie. Per contribuire a facilitare questo, i ricercatori stanno lavorando per organizzare il sistema in un pacchetto automatizzato e autonomo.

Sorgente: https://www.plos.org