Le grandi guide di dati determinano i migliori modelli della ricerca per combattere la diffusione di cancro al seno

Gli scienziati stanno usando molti dati genomica per identificare le emissioni mediche più presto in pazienti, ma egualmente stanno usandola per assistere le loro controparti scientifiche nella ricerca delle malattie meglio.

In un nuovo studio, i ricercatori di Michigan State University stanno analizzando i grandi volumi di dati, citati spesso come grandi dati, per determinare i migliori modelli della ricerca per combattere la diffusione delle droghe di potenziale della prova e del cancro al seno. I modelli correnti utilizzati nel laboratorio comprendono frequentemente le cellule di cultura sui piatti piani, o le linee cellulari, per modellare la crescita del tumore in pazienti.

Lo studio è pubblicato nelle comunicazioni della natura.

Questa diffusione, o la metastasi, è la maggior parte della causa comune della morte in relazione con il Cancro, con intorno 90% dei pazienti che non sopravvivono. Fin qui, poche droghe possono trattare la metastasi del cancro e conoscere quale punto potrebbe andare male nel trattamento di scoperta della droga può essere uno scatto nello scuro.

Le differenze fra le linee cellulari ed i campioni del tumore hanno sollevato il problema critico fino a che punto le linee cellulari possono catturare il trucco dei tumori„

Recipiente Chen, autore senior e assistente universitario nell'istituto universitario di medicina umana

Per rispondere a questo problema, Chen ed il KE Liu, primo autore dello studio e uno studioso postdottorale, hanno eseguito un'analisi integrante dei dati catturati dai database genomica compreso l'atlante del genoma del Cancro, l'enciclopedia della linea cellulare del Cancro, l'autobus di espressione genica ed il database dei genotipi e dei fenotipi.

“Fare leva i dati genomica aperti per scoprire le nuove terapie del cancro è il nostro scopo finale,„ ha detto Chen, che fa parte di iniziativa globale dell'impatto di MSU. “Ma prima che cominciamo a versare una quantità significativa di moneta negli esperimenti costosi, dobbiamo valutare i modelli in anticipo della ricerca e scegliere quello appropriato per la prova della droga basata sulle funzionalità genomiche.„

Usando questi dati, i ricercatori hanno trovato le differenze sostanziali fra le linee cellulari laboratorio-create del cancro al seno ed avanzato, o metastatico reale, campioni del tumore del cancro al seno. Sorprendente, MDA-MB-231, una linea cellulare del cancro utilizzata in quasi tutta la ricerca metastatica del cancro al seno, indicata le piccole similarità genomiche ai campioni pazienti del tumore.

“Non potrei credere il risultato,„ Chen ha detto. “Tutti provano aguzzo alle grandi differenze fra i due. Ma, dal retro, potevamo identificare altre linee cellulari che hanno somigliato molto attentamente ai tumori e potrebbero essere considerate, con altri criteri, come migliori opzioni per questa ricerca.„

Il modello organoid è stato trovato molto probabilmente per rispecchiare i campioni pazienti. Le culture di recente sviluppato di questo della tecnologia tessuto di usi 3D e possono catturare più delle complessità di come i tumori si formano e si sviluppano.

“Gli studi hanno indicato che i organoids possono conservare il trucco strutturale e genetico del tumore originale,„ Chen hanno detto. “Abbiamo trovato al livello di espressione genica, potevamo fare questo, più così delle linee cellulari del cancro.„

Tuttavia, Chen e Liu hanno aggiunto che sia i organoids che le linee cellulari non potrebbero modellare adeguatamente il paesaggio molecolare immediato che circonda un tumore trovato ai siti differenti nell'organismo.

Hanno detto sapendo che tutti questi fattori aiuteranno gli scienziati ad interpretare i risultati, particolarmente quei inattesi ed invitano la comunità scientifica a sviluppare i modelli più specializzati della ricerca.

Il nostro studio dimostra la potenza di fare leva i dati aperti alle comprensioni di guadagno su cancro. Tutti gli avanzamenti che possiamo fare nella ricerca iniziale ci aiuteranno a facilitare la scoperta di migliori terapie per la gente con cancro al seno giù la strada.„

Recipiente Chen

Sorgente:

Michigan State University

Riferimento del giornale:

Chen, 2019) linee cellulari di valutazione del B. et al. (come modelli per cancro al seno metastatico con analisi integrante dei dati genomica. Comunicazioni della natura.  doi.org/10.1038/s41467-019-10148-6