As ajudas grandes dos dados determinam melhores modelos da pesquisa lutar a propagação do cancro da mama

Os cientistas estão usando muitos dados genomic para identificar edições médicas mais logo nos pacientes, mas igualmente estão usando-a para ajudar a suas contrapartes científicas em pesquisar doenças melhor.

Em um estudo novo, os pesquisadores da universidade de estado do Michigan estão analisando os grandes volumes de dados, referidos frequentemente como dados grandes, para determinar melhores modelos da pesquisa lutar a propagação de drogas do potencial do cancro da mama e do teste. Os modelos actuais usados no laboratório envolvem freqüentemente pilhas de cultivo em pratos lisos, ou linha celular, para modelar o crescimento do tumor nos pacientes.

O estudo é publicado em comunicações da natureza.

Este espalhamento, ou a metástase, são a causa a mais comum de morte cancro-relacionada, com os ao redor 90% dos pacientes que não sobrevivem. Até agora, poucas drogas podem tratar a metástase do cancro e saber que etapa poderia ir mal no processo de descoberta da droga pode ser um tiro na obscuridade.

As diferenças entre linha celular e amostras do tumor levantaram a pergunta crítica para que linha celular da extensão podem capturar a composição dos tumores”

Escaninho Chen, autor superior e professor adjunto na faculdade da medicina humana

Para responder a esta pergunta, Chen e o KE Liu, primeiro autor do estudo e um erudito pos-doctoral, executaram uma análise integrative dos dados tomados das bases de dados genomic que incluem o atlas do genoma do cancro, a enciclopédia da linha celular do cancro, a coletânea da expressão genética e a base de dados dos genótipo e dos fenótipos.

“Os dados genomic abertos Leveraging para descobrir terapias novas do cancro são nosso objectivo último,” disse Chen, que é parte da iniciativa global do impacto de MSU. “Mas antes que nós comecemos a derramar uma quantidade significativa de dinheiro em experiências caras, nós precisamos de avaliar modelos adiantados da pesquisa e de escolher apropriado para o teste da droga baseado em características genomic.”

Usando estes dados, os pesquisadores encontraram diferenças substanciais entre linha celular laboratório-criadas do cancro da mama e avançado, ou metastático real, amostras do tumor do cancro da mama. Surpreendentemente, MDA-MB-231, uma linha celular do cancro usada em quase toda a pesquisa de cancro da mama metastática, mostrada similaridades genomic pequenas às amostras pacientes do tumor.

“Eu não poderia acreditar o resultado,” Chen disse. “Todos evidenciam aguçado às grandes diferenças entre os dois. Mas, em outros lado, nós podíamos identificar outras linha celular que se assemelharam pròxima aos tumores e se puderam ser consideradas, junto com outros critérios, como melhores opções para esta pesquisa.”

O modelo organoid foi encontrado para espelhar muito provavelmente amostras pacientes. As culturas recentemente desenvolvidos deste tecido dos usos 3D da tecnologia e podem capturar mais das complexidades de como os tumores formam e crescem.

Os “estudos mostraram que os organoids podem preservar a composição estrutural e genética do tumor original,” Chen disseram. “Nós encontramos a nível da expressão genética, ele podíamos fazer isto, mais assim do que linha celular do cancro.”

Contudo, Chen e Liu adicionaram que os organoids e as linha celular não poderiam adequadamente modelar a paisagem molecular imediata que cerca um tumor encontrado em locais diferentes no corpo.

Disseram sabendo que todos estes factores ajudarão cientistas a interpretar resultados, os especialmente inesperados, e incitam a comunidade científica desenvolver uns modelos mais sofisticados da pesquisa.

Nosso estudo demonstra a potência de dados abertos do leveraging às introspecções do ganho no cancro. Todos os avanços que nós pudermos fazer na pesquisa adiantada ajudar-nos-ão a facilitar a descoberta de melhores terapias para povos com cancro da mama abaixo da estrada.”

Escaninho Chen

Source:

Universidade de estado do Michigan

Referência do jornal:

Chen, 2019) linha celular de avaliação do B. e outros (como modelos para o cancro da mama metastático com a análise integrative de dados genomic. Comunicações da natureza.  doi.org/10.1038/s41467-019-10148-6