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Bruker lance le point d'inflexion de timsTOF avec la capacité d'ESI/MALDI pour SpatialOMx à ASMS 2019

À la soixante-septième société américaine pour la conférence de spectrométrie de masse (ASMS) étant retenue les 2-6 juin à Atlanta, Bruker annonce les produits neufs hautement novateurs et les flux de travail de spectrométrie de masse :

Les sciences de la vie d'A. SpatialOMx™ et représentation de translation de spectrométrie de masse

point d

Bruker introduit le spectromètre de masse de fleX™ nouveau de timsTOF, qui comprend une source logiciel-permutable de MALDI adaptée à la plate-forme de Pro™ de timsTOF d'ESI.  Cette capacité nouvelle et combinée d'ESI/MALDI active l'omics spatial-resolved, SpatialOMx™, sur un instrument unique.

Le point d'inflexion de timsTOF vient avec le laser de propriété industrielle du 10kHz SmartBeam™ 3D de Bruker avec la véritable fidélité de pixel pour la représentation rapide et marque marque de MALDI à la définition haut-spatiale, tout en entièrement préservant l'unique sensibilité de la protéomique 4D et du phenomics du timsTOF pro en mode d'ESI.

Avec cette seule approche de SpatialOMx, les chercheurs gagnent des analyses dans des distributions moléculaires spatiales en tissus de la représentation de MALDI, pour guider l'omics 4D l'expression que moléculaire étudie, par exemple sur des protéines, des peptides à basse altitude d'antigène de cancer, des lipides, des glycans, des métabolites, ou le xenobiotics, qui ne peut pas être observé par des techniques de souillure ou de marquage traditionnelles.

SpatialOMx MALDI-guidé tient compte de la désignation d'objectifs spécifique des sous-populations de cellules pour le dda suivant d'ESI-TIMS/PASEF-based ou les protéomiques du diamètre 4D ou 4D lipidomics/metabolomics. Les deux peuvent maintenant être exécutés sur un instrument robuste unique, le point d'inflexion de timsTOF, avec la sensibilité ultra-haute requise pour avancer la recherche unicellulaire de biologie, comme complément parfait au transcriptomics unicellulaire par ARN-seq.

Professeur Richard Drake, directeur de la protéomique centrent à l'université de la Caroline du Sud médicale, indiquée :  « La caractéristique de nos échantillons utilisant le système neuf de point d'inflexion de timsTOF était sans précédent en termes de résolution spatiale et profondeur de couverture glycan. Car les glycans apparaissent en tant que bornes cliniques potentielles en tissu et sérum pour surveiller le statut immunitaire général, et le vieillissement sain ou malsain, les seules capacités du point d'inflexion de timsTOF accéléreront grand ces efforts. Le point d'inflexion de timsTOF permet nos approches cumulatives que nous nous sommes développés pour l'analyse de tissu et de biofluid des cancers et des immunothérapies pour converger sur une plate-forme. Je peux voir des utilisations illimitées d'un tel instrument dans beaucoup de champs de recherche pour la représentation de tissu et l'analyse glycan rapides d'omics du biofluid 4D. »

M. Rohan Thakur, vice président exécutif chez Bruker Daltonics, ajouté : « La plupart des études de protéomique de tissu mélangent des cellules de diverses sous-populations, avec un effet de établissement d'une moyenne indésirable qui gêne beaucoup de biologie et pathobiology importants. le spatialOMx MALDI-guidé sur le point d'inflexion de timsTOF active le profilage des régions spatial-définies de tissu, permettant de ce fait la protéomique 4D suivante à sélecteur visent des sous-populations de cellule-type.

Le point d'inflexion robuste et ultra-haut de timsTOF de sensibilité jette un pont sur la ligne de partage entre la représentation moléculaire de tissu et l'analyse de liquide organiques en offrant à nanoLC-TIMS-MS/MS sur la même chose l'instrument. Cette combinaison unique effectuera le timsTOF fléchir un outil de recherches inestimable pour la protéomique 4D et le phenomics spatial-resolved, ainsi que pour avancer la biologie unicellulaire, les pharmaco-protéomiques, et les flux de travail de translation de la croix-omics 4D sur de grands nombres de cellules ou cohortes patientes. »

Bruker lance également IntelliSlides™ particulièrement conçu pour automatiser des flux de travail de point d'inflexion de timsTOF.  L'IntelliSlidescome pré-inscrit avec logiciel-accessible en lecture « enseignent des repères » sur la surface conductrice pour indiquer où mettre le prélèvement de tissu, un code à barres, et le numéro de suivi.

L'automatisation d'IntelliSlides retire des sources d'inefficacité de la charge d'échantillon, car elles sont par nature correctement marquées, installé correctement, et inscription d'image de MALDI se produit au contact d'un bouton.  Avec le logiciel spécialisé, IntelliSlides facilitent maintenant la représentation de MALDI encore pour chacun.

IntelliSlides

D'ailleurs, Bruker introduit le logiciel de représentation du laboratoire 2020 MALDI de SCiLS, maintenant intégré avec MetaboScape5.0 pour fournir des annotations robotisées des lipides et des métabolites dans des images moléculaires de tissu dans le spatialOMx.  Cette combinaison unique apparie automatiquement des ions mesurés sur le tissu à l'information moléculaire dans des flux de travail de metabolomics et de lipidomics, mettant en valeur l'information biologiquement appropriée de voie utilisant la représentation de MALDI.

Nous employons la spectrométrie de masse dans les domaines de la recherche pharmaceutique et du metabolomics spatial. Ceci comprend, en particulier, l'analyse des metabolomes secondaires myxobacterial pour les produits naturels nouveaux. Notre laboratoire avait employé l'instrumentation et le logiciel de Bruker pendant des années, en particulier, laboratoire de SCiLS et MetaboScape.

Le flux de travail moléculaire neuf de représentation qui intègre chacun des deux solutions logicielles grand simplifie et accélère le pipeline entier de représentation de MALDI. Il traduit des images d'ion en images moléculaires avec confiance dans les molécules annotées. »

M. Daniel Krug, institut de Helmholtz pour la recherche pharmaceutique Sarre (HANCHES)

Le flux de travail intégré neuf de représentation et de metabolomics supporte également des caractéristiques de la plate-forme du scimaX™ MRMS de Bruker, ainsi que du point d'inflexion neuf de timsTOF. Le seul algorithme de T-ReX de MetaboScape 2D exécute l'extraction de caractéristique, le De-isotoping, et la déconvolution d'ion sur des ensembles de données de représentation de MALDI.

Dans MetaboScape, des caractéristiques moléculaires sont annotées ont basé sur la masse précise et la fidélité isotopique utilisant SmartFormula™ et information moléculaire, par exemple des bases de données publiques telles que HMDB et LipidMaps. MetaboScape offre maintenant également la seule capacité d'augmenter la confiance de rayure d'identification en intégrant les coupes transversales précises de collision de TIMS (CCS) des analyses de timsTOF.

Les identifications circulent de nouveau au laboratoire de SCiLS pour des images moléculaires entièrement annotées. Le laboratoire de SCiLS est le marché-principal logiciel pour la représentation de milliseconde, alors que MetaboScape est la solution logicielle de choix pour l'identification des bornes de métabolite et du mappage de voie.

MetaboScape

Protéomique de B. 4D et innovations de 4D Phenomics      

Avances de DiaPASEF et de MBR-ddaPASEF dans les protéomiques 4D

Le timsTOF™ révolutionnaire de Bruker pro pour la protéomique de la deuxième génération de nLC-TIMS-MS/MS 4D a été encore amélioré en combinant PASEF avec l'acquisition (DIA) sans données, dans le diaPASEF pour la protéomique ascendante de sensibilité ultra-haute.

Tandis que le temps d'utilisation inégalé de l'acquisition caractéristique-dépendante (DDA) PASEF améliorait spectaculairement la sensibilité et la profondeur de la couverture utilisant des temps d'exécution courts de nanoLC, la nature stochastique de DDA a comme conséquence des valeurs manquantes, une édition sensiblement améliorée par des worflows de diaPASEF, ou par des correspondance-entre-passages (MBR) pour le ddaPASEF.

Le flux de travail du roman diaPASEF1, montré à ASMS 2019 comme travaux en cours procurables aux propriétaires de développement de méthodes, emploie les hublots superposants dans le domaine de mobilité d'ion pour déclencher MS/MS, efficacement utilisant le quadrupôle pour transmettre les ions de précurseur à la sensibilité élevée.

À l'aide de l'avantage inhérent de temps d'utilisation de PASEF, le flux de travail neuf de diaPASEF a type comme conséquence une amélioration de 30%, maintenant avec plus de 7.000 protéines recensées dans 120 expériences à un seul coup mn avec 200 NG de résumé hela injectés.  L'analyse de caractéristiques, y compris le cadrage de la caractéristique 4D dans la masse, temps d'assemblage, mobilité d'ion et intensité, est exécutée utilisant le logiciel neuf de Mobi-DIK, qui est basé sur le logiciel d'OpenMS développé dans le groupe de professeur Hannes Roest à l'université de Toronto.

M. Gary Kruppa, le vice-président de Bruker de protéomique, expliqué : « Ajouter le flux de travail de diaPASEF est un pas en avant important en traitant le problème de valeurs manquantes dans la protéomique ascendante, et en améliorant la quantification de marque librement (LFQ). Le timsTOF pro est rapide gagnant une réputation de fournir la plus grande profondeur de la couverture utilisant des gradients courts, et pour fournir la robustesse de leader due à sa source orthogonale et double-TIMS modèle d'entonnoir. »

« En outre, les teneurs en peptide CCS obtenus sur le timsTOF pro prouvent la connaissance de base aux numéros ID croissants de protéine dans des flux de travail de diaPASEF, et également en employant CCS pour des correspondance-entre-passages (MBR) dans le ddaPASEF, afin d'améliorer davantage la complétude de caractéristiques et le rendement de LFQ à l'abondance pauvre en protéine. Nous voudrions remercier notre jeu rouleau-tambour scientifique d'associés. Matthias Mann, Ruedi Aebersold, Ben Collins et Hannes Roest pour la collaboration de diaPASEF la plus fructueuse, et M. Juergen Cox pour l'excellent progrès supplémentaire avec MBR-ddaPASEF. »

M. Juergen Cox, chef de groupe de biochimies de calcul de systèmes au Max Planck Institute des biochimies dans Martinsried, indiqué :

Nous avons développé un algorithme hautement parallélisable de dépistage de la caractéristique 4D pour de pro ensembles de données de timsTOF qui extrait les crêtes qui sont assemblées aux configurations d'isotope, suivies de recalibrage de masse utilisant le montage non linéaire de m/z, et également au cadrage dans le temps d'assemblage, la mobilité d'ion et l'intensité de signe.

Le problème de valeur manquante dans la quantification marque marque de protéine au-dessus de beaucoup d'échantillons peut maintenant être grand réduit par MS1-level match-between-runs2 (MBR) CCS-averti, ayant pour résultat la précision et l'exactitude sensiblement améliorées d'analyse utilisant un benchmark. »

Consommables et logiciel neufs pour la protéomique 4D

Bruker et PreOmics Gmbh ont annoncé une convention de codéveloppement et de Co-mercatique, qui se concentrera sur la technologie de préparation des échantillons d'IST de PreOmics sur le timsTOF pro.

La technologie (iST) d'inStageTip retire des détergents, des polymères, des sels, des lipides et d'autres contaminants, et a la guérison exceptionnelle de peptide.  Les protocoles neufs d'IST activent la préparation des échantillons robuste et reproductible avec un avantage significatif de temps (plus de 40 heures enrégistrées) comparé aux protocoles courants, et IST convient pour l'intégration dans semi-automatisé, préparation témoin de haut-débit.

Nous sommes très enthousiastes pour travailler avec Bruker sur les flux de travail de bout en bout qui rendent l'analyse de protéine simplement meilleure, et pour partager ces améliorations avec nos propriétaires fortement évalués d'universitaire et de biopharma autour du monde. Nous sommes convaincus que le pouvoir du timsTOF pro pour la protéomique 4D est une correspondance parfaite pour notre technologie de la transformation d'échantillon d'IST. »

Jeu rouleau-tambour. Nils Kulak et Garwin Pichler, directeurs généraux chez PreOmics

Pour le logiciel de protéomique, Bruker et Genedata ont annoncé un partenariat pour la plate-forme logiciel d'expressioniste de Genedata, qui supporte maintenant le pro format de l'omics 4D de timsTOF. Le support natif du pro format de fichier de caractéristiques du dernier timsTOF ouvre des opportunités neuves pour profiler et automatisant la protéomique la plus complexe, la caractérisation de metabolomics et de biotherapeutics étudie.

Le pouvoir du choix intelligent de précurseur pour la couverture profonde de protéome avec des gradients rapides du timsTOF pro en combination avec l'évolutivité et la vitesse de l'expressioniste de Genedata active la mise en place d'une plate-forme de la deuxième génération d'analyse (HCP) de protéine de cellule hôte.

M. Peter Hufnagel, gestionnaire de logiciel des sciences de la vie chez Bruker, augmenté : « Notre philosophie ouverte motivée par l'api de format de fichier de caractéristiques aide à accélérer l'adoption des caractéristiques de timsTOF dans beaucoup de solutions logicielles importantes de tiers.  La constitution dans l'expressioniste de Genedata est une autre opération importante demandée par les propriétaires mutuels de biopharma pour l'analyse de HCP, et ceci a été rapidement accompli par Genedata dû à notre architecture de format de fichier ouvert. »

M. Markus Brosch, chef d'unité commerciale pour l'expressioniste de Genedata, a dit : « Constructions de Genedata Expressionist® sur ses capacités prouvées de protéomique pour recenser et mesurer des protéines de cellule hôte (HCPs) jusqu'à la limite de détection. Elle supporte seulement un large éventail de recherche de HCP et de stratégies d'analyse accroissant une architecture performante d'entreprise, une vitesse sans précédent de offre et une évolutivité exigées pour traiter de grands volumes de caractéristiques complexes de protéomique. Nos propriétaires communs peuvent maintenant non seulement automatiser et accélérer l'analyse de HCP, mais utilisent une plate-forme logiciel pour tous leurs besoins en travers de la caractérisation de protéomique, de metabolomics et de biotherapeutics. »

Flux de travail ultra-haut nouveau de la sensibilité 4D Lipidomics

Construction sur la réussite de MetaboScape® et de CCSPredict™, Bruker annonce des avances aux flux de travail ultra-hauts de lipidomics de la sensibilité 4D sur le timsTOF pro et des plates-formes de point d'inflexion de timsTOF, expliquant le haut-débit et les mesures de haut-sensibilité utilisant LC-TIMS-MS/MS.

L'optimisation des méthodes de lipidomics du roman PASEF 4D permet maintenant au nombre de lipides recensés dans l'analyse à un seul coup d'être presque doublé, tout en obtenant la sensibilité d'attomole.  Ce flux de travail novateur emploie le nanoLC-TIMS-PASEF pour mesurer approximativement 500 lipides avec l'exactitude et la reproductibilité quantitatives très élevées juste de quelques mille cellules, en plus d'établir une bibliothèque de plus de 1.000 valeurs précises de CCS de plasma humain, de foie de souris et de cellules cancéreuses humaines.

M. Florian Meier, boursier post-doctoral au Max Planck Institute des biochimies et à l'auteur supérieur du study3, ajouté : « Notre étude détermine le lipidomics 4D et prépare le terrain pour un lipidomics plus sensible utilisant PASEF. La précision et l'exactitude obtenues utilisant TIMS peuvent être accrues pour faciliter le bureau d'attribution de lipide, en plus de l'information complète de MS/MS produite par PASEF. Supplémentaire, les valeurs à haute précision de CCS constituent une base pour que les techniques d'apprentissage automatique prévoient des valeurs de CCS plus exactement et pour un choix plus large de classes de lipide. »

Veuillez nous joindre dimanche 2 juin, de 7h30 du matin à 12h30 pour le notre dépassent le colloque au marquis Atlanta de Marriott pour écouter prof. Vicki Wysocki parlent au sujet des résultats obtenus en son laboratoire avec le timsTOF pro. D'ailleurs, prof. Jeff Spraggins et prof. Nathalie Agar partageront leur expérience et premiers résultats sur le point d'inflexion neuf de timsTOF.  Deux séances parallèles suivent sur la protéomique 4D/Biopharma et la représentation de milliseconde/SpatialOMx.

Bruker hébergera une conférence de presse scientifique lundi 3 juin 2019, à 9h30 du matin EDT à l'hôtel d'Omni, à la salle de bal grande D, la tour du nord M4, y compris le management et le prof. Vicki Wysocki de Bruker de conférencier invité.

Des propriétaires sont invités à visiter la cabine #515 de l'ASMS du Bruker dans toute la conférence.

Références :

  1. La fragmentation séquentielle d'accumulation parallèle a combiné avec l'acquisition sans données (diaPASEF) : Basez vers le haut de la protéomique avec l'usage optimal proche d'ion, par Florian Meier, Andreas-David Brunner, Frank maximum, Annie ha, Eugenia Voytik, Stephanie Kaspar-Schoenefeld, Markus Lübeck, Oliver Raether, Ruedi Aebersold, Ben C Collins, Hannes L Rost, et Matthias Mann. biorxiv.org/content/10.1101/656207v1
  2. Logiciel de MaxQuant pour la protéomique améliorée de fusil de chasse de mobilité d'ion, par Nikita Prianichnikov, Heiner Koch, écarlate Koch, Markus Lübeck, Raphael Heilig, Sven Brehmer, Fischer romain, Jürgen Cox. biorxiv.org/content/10.1101/651760v1
  3. Spectrométrie enfermée de mobilité d'ion (TIMS) et accumulation parallèle - la fragmentation séquentielle (PASEF) activent le lipidomics en profondeur des montants minimaux d'échantillon, par Catherine G Vasilopoulou, Karolina Sulek, Andreas-David Brunner, Ningombam Sanjib Meitei, Ulrike Schweiger-Hufnagel, Sven W. Meyer, Aiko Barsch, Matthias Mann, et Florian Meier. biorxiv.org/content/10.1101/654491v1

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    Bruker Daltonics. (2019, June 18). Bruker lance le point d'inflexion de timsTOF avec la capacité d'ESI/MALDI pour SpatialOMx à ASMS 2019. News-Medical. Retrieved on July 24, 2021 from https://www.news-medical.net/news/20190610/Bruker-launches-timsTOF-fleX-with-ESIMALDI-capability-for-SpatialOMx-at-ASMS-2019.aspx.

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    Bruker Daltonics. 2019. Bruker lance le point d'inflexion de timsTOF avec la capacité d'ESI/MALDI pour SpatialOMx à ASMS 2019. News-Medical, viewed 24 July 2021, https://www.news-medical.net/news/20190610/Bruker-launches-timsTOF-fleX-with-ESIMALDI-capability-for-SpatialOMx-at-ASMS-2019.aspx.