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Bruker lancia la flessione del timsTOF con la capacità di ESI/MALDI per SpatialOMx a ASMS 2019

Alla sessantasettesima società americana per la conferenza di spettrometria di massa (ASMS) che è tenuta 2-6 giugno a Atlanta, Bruker sta annunciando i nuovi prodotti e flussi di lavoro altamente innovatori di spettrometria di massa:

Scienze biologiche di A. SpatialOMx™ e rappresentazione di traduzione di spettrometria di massa

flessione del timsTOF

Bruker presenta lo spettrometro di massa del fleX™ novello del timsTOF, che comprende una sorgente software-scambiabile di MALDI adattata alla piattaforma di Pro™ del timsTOF di ESI.  Questa nuova, capacità combinata di ESI/MALDI permette al omics spaziale-risolto, SpatialOMx™, su un singolo strumento.

La flessione del timsTOF viene con il laser brevettato del 10kHz SmartBeam™ 3D di Bruker con la vera fedeltà per rapida, la rappresentazione contrassegna contrassegno del pixel di MALDI a risoluzione alto-spaziale, mentre completamente conserva la sensibilità ineguagliabile di proteomics 4D e di phenomics del timsTOF pro nel modo di ESI.

Con questo approccio unico di SpatialOMx, i ricercatori guadagnano le comprensioni nelle distribuzioni molecolari spaziali di tessuti dalla rappresentazione di MALDI, per guidare il omics che 4D l'espressione molecolare studia, per esempio sulle proteine, sui peptidi a basso livello dell'antigene del cancro, sui lipidi, sui glycans, sui metaboliti, o sul xenobiotics, che non può essere osservato mediante tecniche di macchiatura o di contrassegno tradizionali.

SpatialOMx MALDI-guida tiene conto l'ottimizzazione specifica delle sottopopolazioni delle cellule per il dda successivo di ESI-TIMS/PASEF-based o il proteomics del diametro 4D o 4D lipidomics/metabolomics. Entrambi possono ora essere eseguiti su un singolo strumento robusto, la flessione del timsTOF, con la sensibilità ultraelevata stata necessaria per avanzare la ricerca unicellulare di biologia, come complemento perfetto al transcriptomics unicellulare da RNA-seguente.

Il professor Richard Drake, Direttore del centro di Proteomics all'università di Carolina del Sud medica, indicata:  “I dati dai nostri campioni facendo uso di nuovo sistema della flessione del timsTOF erano senza precedenti in termini di risoluzione spaziale e profondità di copertura glycan. Poichè i glycans stanno emergendo come indicatori clinici potenziali in tessuto e siero per riflettere lo stato immune globale e l'invecchiamento sano o non sano, le capacità uniche della flessione del timsTOF notevolmente accelereranno questi sforzi. La flessione del timsTOF permette i nostri approcci cumulativi che ci siamo sviluppati per l'analisi del biofluid e del tessuto dei cancri e delle immunoterapie per convergere su una piattaforma. Posso vedere le utilizzazioni illimitate di un tal strumento in molte aree di ricerca per la rappresentazione del tessuto e l'analisi glycan rapide di omics del biofluid 4D.„

Dott. Rohan Thakur, vice presidente esecutivo a Bruker Daltonics, aggiunto: “La maggior parte dei studi di proteomics del tessuto mescolano le celle dalle diverse sottopopolazioni, con un effetto facente la media indesiderabile che oscura molti biologia e pathobiology importanti. lo spatialOMx MALDI-guida sulla flessione del timsTOF permette al delineamento delle regioni spaziale-definite del tessuto, quindi permettente il proteomics successivo 4D a selettivamente mira alle sottopopolazioni cella tipe.

La flessione robusta e ultraelevata del timsTOF della sensibilità getta un ponte sul disaccordo fra la rappresentazione del tessuto e l'analisi molecolari dei liquidi organici offrendo nanoLC-TIMS-MS/MS sullo stesso strumento. Questa combinazione unica farà il timsTOF flettere uno strumento inestimabile della ricerca per il proteomics spaziale-risolto 4D e il phenomics come pure per l'avanzamento la biologia unicellulare, il pharmaco-proteomics e dei flussi di lavoro inter--omics di traduzione 4D sui grandi numeri delle cellule o sui gruppi pazienti.„

Bruker egualmente sta lanciando IntelliSlides™ specificamente destinato per automatizzare i flussi di lavoro della flessione del timsTOF.  Il IntelliSlidescome pre-inscribed con software-leggibile “insegna ai segni„ sulla superficie conduttiva per indicare dove collocare il campione di tessuto, un codice a barre ed il numero tenente la carreggiata.

L'automazione di IntelliSlides elimina le sorgenti di inefficienza da caricamento del campione, poichè sono contrassegnate inerentemente correttamente, orientato correttamente e registrazione di immagine di MALDI si presenta al tocco di bottone.  Con software specializzato, IntelliSlides ora rende la rappresentazione di MALDI ancora più facile per ognuno.

IntelliSlides

Inoltre, Bruker introduce il software della rappresentazione del laboratorio 2020 MALDI di SCiLS, ora integrato con MetaboScape5.0 per la fornitura delle annotazioni automatizzate dei lipidi e dei metaboliti nelle immagini molecolari del tessuto nello spatialOMx.  Questa combinazione unica abbina automaticamente gli ioni misurati sul tessuto ad informazioni molecolari in flussi di lavoro di lipidomics e di metabolomics, evidenzianti le informazioni biologicamente pertinenti di via facendo uso della rappresentazione di MALDI.

Utilizziamo la spettrometria di massa nei campi della ricerca farmaceutica e del metabolomics spaziale. Ciò comprende, in particolare, l'analisi dei metabolomes secondari myxobacterial per i prodotti naturali novelli. Il nostro laboratorio sta usando la strumentazione ed il software di Bruker per anni, in particolare, laboratorio di SCiLS e MetaboScape.

Il nuovo flusso di lavoro molecolare della rappresentazione che integra entrambe soluzioni di software notevolmente semplifica ed accelera l'intera conduttura della rappresentazione di MALDI. Traduce le immagini dello ione in immagini molecolari con fiducia nelle molecole annotate.„

Dott. Daniel Krug, istituto di Helmholtz per ricerca farmaceutica Saarland (CINORRODI)

Il nuovo flusso di lavoro integrato di metabolomics e della rappresentazione egualmente supporta i dati dalla piattaforma dello scimaX™ MRMS di Bruker come pure dalla nuova flessione del timsTOF. Algoritmo unico del T-ReX di MetaboScape il 2D realizza il deconvolution de--isotoping e e dello ione dell'estrazione di funzionalità, sui gruppi di dati della rappresentazione di MALDI.

All'interno di MetaboScape, le funzionalità molecolari sono annotate hanno basato sulla massa accurata e sulla fedeltà isotopica facendo uso di SmartFormula™ e di informazioni molecolari, per esempio dai database pubblici quali HMDB e LipidMaps. MetaboScape ora egualmente offre la capacità unica di aumentare la fiducia di segnatura di identificazione integrando le sezioni trasversali accurate di collisione di TIMS (CCS) dalle analisi del timsTOF.

Le identificazioni scorrono di nuovo al laboratorio di SCiLS per le immagini molecolari completamente annotate. Il laboratorio di SCiLS è il software leader di mercato per la rappresentazione del ms, mentre MetaboScape è la soluzione di software di scelta per l'identificazione degli indicatori del metabolita e di mappatura di via.

MetaboScape

Innovazioni del B. 4D Proteomics e di 4D Phenomics      

Avanzamenti di MBR-ddaPASEF e di DiaPASEF in 4D Proteomics

Il timsTOF™ rivoluzionario di Bruker pro per il proteomics di prossima generazione di nLC-TIMS-MS/MS 4D più ulteriormente è stato migliorato combinando PASEF con l'acquisizione (DIA) dell'dato-indipendente, nel diaPASEF per il proteomics dal basso della sensibilità ultraelevata.

Mentre il tempo di utilizzazione ineguagliato di acquisizione dato-dipendente (DDA) PASEF ha migliorato drammaticamente la sensibilità e la profondità di copertura facendo uso di brevi tempi di esecuzione del nanoLC, la natura stocastica di DDA provoca i valori mancanti, un'emissione migliore significativamente dai worflows del diaPASEF, o dalle corrispondenza-fra-esecuzioni (MBR) per ddaPASEF.

Il flusso di lavoro del romanzo diaPASEF1, indicato a ASMS 2019 come lavoro in corso disponibile ai clienti dello sviluppo di metodi, utilizza le finestri nel dominio di mobilità dello ione per avviare MS/MS, facendo uso del quadruplo per trasmettere efficientemente gli ioni del precursore all'alta sensibilità.

Usando il vantaggio inerente di tempo di utilizzazione di PASEF, il nuovo flusso di lavoro del diaPASEF provoca tipicamente un miglioramento di 30%, ora con oltre 7.000 proteine identificate in 120 esperimenti monostabili minuti con 200 NG della raccolta HeLa iniettate.  L'analisi di dati, compreso l'allineamento della funzionalità 4D nella massa, tempo di conservazione, mobilità dello ione e l'intensità, è eseguita facendo uso di nuovo software di Mobi-DIK, che è basato sul software di OpenMS sviluppato nel gruppo di professor Hannes Roest all'università di Toronto.

Dott. Gary Kruppa, il vicepresidente di Bruker di Proteomics, spiegato: “Aggiungere il flusso di lavoro del diaPASEF è un passo avanti importante nell'affrontare il problema dei valori mancanti in proteomics dal basso e nel miglioramento della quantificazione del contrassegno liberamente (LFQ). Il timsTOF pro è veloce guadagnando una reputazione di consegna della profondità aumentata di copertura facendo uso di brevi gradienti e per la fornitura della robustezza leader del settore dovuto la sue sorgente ortogonale e progettazione doppia-TIMS dell'imbuto.„

“Ancora, gli indici del peptide CCS ottenuti sul timsTOF pro stanno provando il fondamento ai numeri di identificazione aumentanti della proteina in flussi di lavoro del diaPASEF ed anche nel utilizzare CCS per le corrispondenza-fra-esecuzioni (MBR) nel ddaPASEF, per più ulteriormente migliorare la totalità di dati e la prestazione di LFQ all'abbondanza povera in proteine. Vorremmo ringraziare i nostri partner scientifici DRS. Matthias MANN, Ruedi Aebersold, Ben Collins e Hannes Roest per la collaborazione del diaPASEF più fruttuosa e Dott. Juergen Cox per ulteriore progresso eccellente con MBR-ddaPASEF.„

Dott. Juergen Cox, guida del gruppo di biochimica di calcolo dei sistemi al Max Planck Institute di biochimica in Martinsried, specificato:

Abbiamo sviluppato un algoritmo altamente parallelizable di rilevazione della funzionalità 4D per i pro gruppi di dati del timsTOF che estrae i picchi che sono montati ai reticoli dell'isotopo, seguiti da ricalibratura di massa facendo uso di installazione non lineare di m/z ed anche all'allineamento nel tempo di conservazione, nella mobilità dello ione e nell'intensità del segnale.

Il problema del valore mancante nella quantificazione contrassegna contrassegno della proteina sopra molti campioni può ora notevolmente essere diminuito da MS1-level match-between-runs2 (MBR) CCS-informato, con conseguente precisione ed accuratezza significativamente migliori di analisi facendo uso di un benchmark.„

Nuovi materiali di consumo e software per 4D Proteomics

Bruker e PreOmics Gmbh hanno annunciato un accordo di co-introduzione sul mercato e dello co-sviluppo, che metterà a fuoco sulla tecnologia del preparato del campione di IST di PreOmics sul timsTOF pro.

La tecnologia (iST) del inStageTip elimina i detersivi, i polimeri, i sali, i lipidi ed altri agenti inquinanti ed ha ripristino eccezionale del peptide.  I nuovi protocolli di IST permettono al preparato robusto e riproducibile del campione con un vantaggio significativo di tempo (oltre 40 ore salvate) confrontato ai protocolli comuni e gli IST è adatti ad integrazione in semiautomatico, preparazione del campione di alto-capacità di lavorazione.

Siamo molto emozionanti lavorare con Bruker sui flussi di lavoro faccia a faccia che rendono l'analisi della proteina semplicemente migliore e dividere questi miglioramenti con i nostri clienti altamente stimati di biopharma e accademici intorno al mondo. Siamo convinti che la potenza del timsTOF pro per il proteomics 4D sia una corrispondenza perfetta per la nostra tecnologia della trasformazione del campione di IST.„

DRS. Nils Kulak e Garwin Pichler, amministratori delegati a PreOmics

Per il software di proteomics, Bruker e Genedata hanno annunciato un'associazione per la piattaforma software dell'espressionista di Genedata, che ora supporta il pro formato di omics 4D del timsTOF. Il supporto indigeno di pro formato di file di dati dell'ultimo timsTOF apre le nuove opportunità per il miglioramento e automatizzando il proteomics più complesso, la caratterizzazione di biotherapeutics e di metabolomics studia.

La potenza della selezione intelligente del precursore per copertura profonda del proteome con i gradienti veloci del timsTOF pro congiuntamente alla scalabilità ed alla velocità dell'espressionista di Genedata permette all'entrata in vigore di una piattaforma di prossima generazione dell'analisi della proteina (HCP) della cellula ospite.

Dott. Peter Hufnagel, gestore del software di scienze biologiche a Bruker, in espansione: “La nostra dalla filosofia aperta guidata da api di formato di file di dati sta contribuendo ad accelerare l'approvazione dei dati del timsTOF in molte soluzioni di software importanti dei terzi.  L'incorporazione nell'espressionista di Genedata è un punto ulteriore importante richiesto dai clienti reciproci di biopharma per l'analisi di HCP e questa è stata compiuta rapido da Genedata dovuto la nostra architettura aperta di formato di file.„

Il Dott. Markus Brosch, divisione di affari si dirige verso l'espressionista di Genedata, ha detto: “Configurazioni di Genedata Expressionist® sulle sue capacità provate di proteomics per identificare e quantificare le proteine della cellula ospite (HCPs) fino al limite di segnalazione. Supporta unicamente una vasta gamma di ricerca di HCP e di strategie di analisi che fanno leva un'architettura ad alto rendimento di impresa, una velocità senza precedenti d'offerta e una scalabilità richieste per elaborare i grandi volumi di dati complessi di proteomics. I nostri clienti uniti possono ora non solo automatizzare ed accelerare l'analisi di HCP, ma utilizzano una piattaforma software per tutti i loro bisogni attraverso la caratterizzazione di proteomics, di metabolomics e di biotherapeutics.„

Flusso di lavoro ultraelevato novello di sensibilità 4D Lipidomics

Edilizia sul successo di MetaboScape® e di CCSPredict™, Bruker annuncia gli avanzamenti ai flussi di lavoro ultraelevati di lipidomics della sensibilità 4D sul timsTOF pro e sulle piattaforme della flessione del timsTOF, dimostranti alto-capacità di lavorazione e le misure di alto-sensibilità facendo uso di LC-TIMS-MS/MS.

L'ottimizzazione dei metodi di lipidomics del romanzo PASEF 4D ora permette al numero dei lipidi identificati nell'analisi monostabile quasi di essere raddoppiata, mentre ottenendo la sensibilità del attomole.  Questo flusso di lavoro innovatore usa il nanoLC-TIMS-PASEF per quantificare circa 500 lipidi con accuratezza e la riproducibilità quantitative molto alte appena da alcune mille celle, oltre a costruire una libreria dei più di 1.000 valori accurati di CCS da plasma umano, dal fegato del mouse e dalle cellule tumorali umane.

Dott. Florian Meier, collega postdottorale al Max Planck Institute di biochimica ed all'autore senior dello study3, aggiunto: “Il nostro studio stabilisce il lipidomics 4D ed apre la strada per il lipidomics più sensibile facendo uso di PASEF. La precisione e l'accuratezza ottenute facendo uso di TIMS possono essere fatte leva per facilitare l'assegnazione del lipido, oltre alle informazioni complete di MS/MS generate da PASEF. Ulteriormente, i valori di alta precisione di CCS forniscono una base affinchè le tecniche di apprendimento automatico predicano più esattamente i valori di CCS e per una più vasta gamma di classi del lipido.„

Uniscaci prego domenica 2 giugno, a partire dal 7:30 al 12:30 pm per il nostro superano il simposio al marchese Atlanta di Marriott per ascoltare prof. Vicki Wysocki parlano dei risultati ottenuti in suo laboratorio con il timsTOF pro. Inoltre, prof. Jeff Spraggins e prof. Nathalie Agar divideranno la loro esperienza e risultati iniziali sulla nuova flessione del timsTOF.  Due sessioni parallele seguono su 4D Proteomics/Biopharma e sulla rappresentazione del ms/SpatialOMx.

Bruker ospiterà una conferenza stampa scientifica lunedì 3 giugno 2019, al 9:30 EDT all'hotel di Omni, alla grande sala da ballo D, pilone del nord M4, compreso la gestione di Bruker e prof. Vicki Wysocki dell'altoparlante di ospite.

I clienti sono invitati a visualizzare la cabina #515 del ASMS del Bruker in tutto la conferenza.

Riferimenti:

  1. La frammentazione seriale di capitalizzazione parallela si è combinata con acquisizione indipendente di dati (diaPASEF): Basi sul proteomics con uso ottimale vicino dello ione, da Florian Meier, da Andreas-David Brunner, Frank massimo, Annie l'ha, l'eugenia Voytik, Stephanie Kaspar-Schoenefeld, Markus Lubeck, Oliver Raether, Ruedi Aebersold, Ben la C Collins, Hannes la L Rost e Matthias MANN. biorxiv.org/content/10.1101/656207v1
  2. Il software di MaxQuant per mobilità dello ione ha migliorato il proteomics del fucile da caccia, da Nikita Prianichnikov, Heiner Koch, color scarlatto di Koch, Markus Lubeck, Raphael Heilig, Sven Brehmer, Fischer romano, Jürgen Cox. biorxiv.org/content/10.1101/651760v1
  3. Spettrometria bloccata di mobilità dello ione (TIMS) e capitalizzazione parallela - la frammentazione seriale (PASEF) permette al lipidomics approfondito dagli importi minimi del campione, da Catherine il G Vasilopoulou, Karolina Sulek, Andreas-David Brunner, Ningombam Sanjib Meitei, Ulrike Schweiger-Hufnagel, Sven W. Meyer, Aiko Barsch, Matthias MANN e Florian Meier. biorxiv.org/content/10.1101/654491v1

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    Bruker Daltonics. (2019, June 18). Bruker lancia la flessione del timsTOF con la capacità di ESI/MALDI per SpatialOMx a ASMS 2019. News-Medical. Retrieved on July 24, 2021 from https://www.news-medical.net/news/20190610/Bruker-launches-timsTOF-fleX-with-ESIMALDI-capability-for-SpatialOMx-at-ASMS-2019.aspx.

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