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Bruker lança o cabo flexível do timsTOF com capacidade de ESI/MALDI para SpatialOMx em ASMS 2019

Na 67th sociedade americana para a conferência da espectrometria em massa (ASMS) que está sendo guardarada os 2-6 de junho em Atlanta, Bruker está anunciando produtos novos altamente inovativos e trabalhos da espectrometria em massa:

Ciências da vida de A. SpatialOMx™ e imagem lactente Translational da espectrometria em massa

cabo flexível do timsTOF

Bruker introduz o espectrómetro em massa do fleX™ novo do timsTOF, que inclui uma fonte software-switchable de MALDI adaptada à plataforma de Pro™ do timsTOF de ESI.  Esta capacidade nova, combinada de ESI/MALDI permite o omics espacial-resolved, SpatialOMx™, em um único instrumento.

O cabo flexível do timsTOF vem com o laser proprietário do 10kHz SmartBeam™ 3D de Bruker com fidelidade verdadeira do pixel para a imagem lactente rápida, etiqueta-livre de MALDI na definição alto-espacial, ao inteiramente preservar a sensibilidade incomparável do proteomics 4D e do phenomics do timsTOF pro no modo de ESI.

Com esta aproximação original de SpatialOMx, os pesquisadores ganham introspecções em distribuições moleculars espaciais nos tecidos da imagem lactente de MALDI, para guiar o omics que 4D a expressão molecular estuda, por exemplo em proteínas, em peptides de baixo nível do antígeno do cancro, em lipidos, em glycans, em metabolitos, ou em xenobiotics, que não pode ser observado por técnicas de mancha ou de rotulagem tradicionais.

SpatialOMx MALDI-guiado permite a escolha de objectivos específica de subpopulações da pilha para o dda subseqüente de ESI-TIMS/PASEF-based ou o proteomics do diâmetro 4D ou 4D lipidomics/metabolomics. Ambos podem agora ser executados em um único instrumento robusto, o cabo flexível do timsTOF, com a sensibilidade ultra-alta necessário para avançar a pesquisa da biologia da único-pilha, como um complemento perfeito ao transcriptomics da único-pilha por RNA-segs.

Professor Richard Drake, director do centro de Proteomics na universidade de South Carolina médica, indicada:  “Os dados de nossas amostras que usam o sistema novo do cabo flexível do timsTOF eram inauditos em termos da definição espacial e da profundidade da cobertura glycan. Porque os glycans estão emergindo como marcadores clínicos potenciais no tecido e no soro para monitorar o estado imune total, e o envelhecimento saudável ou insalubre, as capacidades originais do cabo flexível do timsTOF acelerarão extremamente estes esforços. O cabo flexível do timsTOF permite nossas aproximações cumulativas que nós nos tornamos para a análise do tecido e do biofluid dos cancros e das imunoterapias para convirgir em uma plataforma. Eu posso ver aplicações ilimitadas de tal instrumento em muitas áreas de pesquisa para a imagem lactente do tecido e a análise glycan rápidas do omics do biofluid 4D.”

Dr. Rohan Thakur, vice-presidente executivo em Bruker Daltonics, adicionado: “A maioria de estudos do proteomics do tecido misturam pilhas das subpopulações diversas, com um efeito de cálculo da média indesejável que obscureça muitos biologia e pathobiology importantes. o spatialOMx MALDI-guiado no cabo flexível do timsTOF permite o perfilamento de regiões espacial-definidas do tecido, permitindo desse modo o proteomics 4D subseqüente a selectivamente visa o pilha-tipo subpopulações.

O cabo flexível robusto, ultra-alto do timsTOF da sensibilidade constrói uma ponte sobre a partilha entre a imagem lactente do tecido e a análise moleculars dos líquidos de corpo oferecendo nanoLC-TIMS-MS/MS no mesmo instrumento. Esta combinação original fará o timsTOF dobrar uma ferramenta inestimável da pesquisa para o proteomics 4D e phenomics espacial-resolved, assim como para a biologia de avanço da único-pilha, o pharmaco-proteomics, e trabalhos translational da cruz-omics 4D em grandes números da pilha ou em coortes pacientes.”

Bruker igualmente está lançando IntelliSlides™ projetado especificamente automatizar trabalhos do cabo flexível do timsTOF.  O IntelliSlidescome pre-inscrito com software-legível “ensina marcas” na superfície condutora para indicar onde colocar a amostra de tecido, um código de barras, e o número de seguimento.

A automatização de IntelliSlides remove as fontes de incapacidade da carga da amostra, porque estão etiquetadas inerente correctamente, orientado correctamente, e registo da imagem de MALDI ocorre no toque de um botão.  Com software especializado, IntelliSlides facilita agora a imagem lactente de MALDI mesmo para todos.

IntelliSlides

Além disso, Bruker introduz o software da imagem lactente do laboratório 2020 MALDI de SCiLS, integrado agora com o MetaboScape5.0 para fornecer anotações automatizadas dos lipidos e dos metabolitos em imagens moleculars do tecido no spatialOMx.  Esta combinação original combina automaticamente os íons medidos no tecido à informação molecular nos trabalhos do metabolomics e do lipidomics, destacando a informação biològica relevante do caminho usando a imagem lactente de MALDI.

Nós usamos a espectrometria em massa nos campos da pesquisa farmacêutica e do metabolomics espacial. Isto inclui, em particular, a análise de metabolomes secundários myxobacterial para produtos naturais novos. Nosso laboratório tem usado a instrumentação e o software de Bruker por anos, em particular, laboratório de SCiLS e MetaboScape.

Os trabalhos moleculars novos da imagem lactente que integram both of these soluções de software extremamente simplificam e aceleram o encanamento inteiro da imagem lactente de MALDI. Traduzem imagens do íon em imagens moleculars com confiança nas moléculas anotadas.”

Dr. Daniel Krug, instituto de Helmholtz para a pesquisa farmacêutica Saarland (QUADRIS)

Os trabalhos integrados novos da imagem lactente e do metabolomics igualmente apoiam dados da plataforma do scimaX™ MRMS de Bruker, assim como do cabo flexível novo do timsTOF. Algoritmo original do T-ReX de MetaboScape o 2D executa a extracção de característica, o de-isotoping, e a desconvolução do íon em conjunto de dados da imagem lactente de MALDI.

Dentro de MetaboScape, as características moleculars são anotadas basearam na massa exacta e na fidelidade isótopa usando SmartFormula™ e a informação molecular, por exemplo das bases de dados públicas tais como HMDB e LipidMaps. MetaboScape agora igualmente oferece a capacidade original para aumentar a identificação que marca a confiança integrando secções transversais exactos da colisão de TIMS (CCS) das análises do timsTOF.

As identificações fluem de volta ao laboratório de SCiLS para imagens moleculars inteiramente anotadas. O laboratório de SCiLS é o software líder de mercado para a imagem lactente do MS, quando MetaboScape for a solução de software de escolha para a identificação de marcadores do metabolito e do traço do caminho.

MetaboScape

Inovações do B. 4D Proteomics e do 4D Phenomics      

Avanços de DiaPASEF e de MBR-ddaPASEF em 4D Proteomics

O timsTOF™ revolucionário de Bruker pro para o proteomics da próxima geração nLC-TIMS-MS/MS 4D foi aumentado mais combinando PASEF com a aquisição (DIA) sem dados, no diaPASEF para o proteomics de baixo para cima da sensibilidade ultra-alta.

Quando o tempo de utilização ímpar da aquisição dados-dependente (DDA) PASEF melhorou dramàtica a sensibilidade e a profundidade da cobertura usando tempos de execução curtos do nanoLC, a natureza estocástica de DDA conduz aos valores faltantes, uma edição melhorada significativamente por worflows do diaPASEF, ou por fósforo-entre-corridas (MBR) para o ddaPASEF.

Os trabalhos da novela diaPASEF1, mostrados em ASMS 2019 como o desenvolvimento disponível aos clientes da revelação dos métodos, usam indicadores de sobreposição no domínio da mobilidade do íon para provocar MS/MS, usando eficientemente o quadrupole para transmitir os íons do precursor na sensibilidade alta.

Usando a vantagem inerente do tempo de utilização de PASEF, os trabalhos novos do diaPASEF conduzem tipicamente a uma melhoria de 30%, agora com sobre as 7.000 proteínas identificadas experiências minutos em 120 de um único-tiro com os 200 ng do resumo HeLa injetados.  A análise de dados, incluindo o alinhamento da característica 4D na massa, tempo de retenção, mobilidade do íon e intensidade, é executada usando o software novo de Mobi-DIK, que é baseado no software de OpenMS desenvolvido no grupo do professor Hannes Roest na universidade de toronto.

Dr. Gary Kruppa, o vice-presidente de Bruker de Proteomics, explicado: “Adicionar os trabalhos do diaPASEF consiste uma etapa principal para a frente em endereçar o problema dos valores faltantes no proteomics de baixo para cima, e em melhorar a quantificação da etiqueta livre (LFQ). O timsTOF pro é rápido ganhando uma reputação de entregar a profundidade aumentada da cobertura usando inclinações curtos, e para fornecer o vigor líder de mercado devido a seus fonte ortogonal e projecto duplo-TIMS do funil.”

“Além disso, os valores do peptide CCS obtidos no timsTOF pro estão provando o fundamento aos números de identificação crescentes da proteína em trabalhos do diaPASEF, e igualmente em usar CCS para fósforo-entre-corridas (MBR) no ddaPASEF, a fim melhorar mais a integralidade dos dados e o desempenho de LFQ na baixa abundância da proteína. Nós gostaríamos de agradecer a nossos sócios científicos afastamento cilindro/rolo. Matthias Mann, Ruedi Aebersold, Ben Collins e Hannes Roest para a colaboração a mais frutuosa do diaPASEF, e o Dr. Juergen Cox para o progresso mais adicional excelente com MBR-ddaPASEF.”

Dr. Juergen Cox, líder do grupo de bioquímica computacional dos sistemas no Max Planck Institute da bioquímica em Martinsried, indicado:

Nós desenvolvemos um algoritmo altamente parallelizable da detecção da característica 4D para pro conjunto de dados do timsTOF que extraísse os picos que são montados aos testes padrões do isótopo, seguidos pela nova aferição em massa usando o encaixe não-linear de m/z, e igualmente ao alinhamento no tempo de retenção, na mobilidade do íon e na intensidade do sinal.

O problema do valor faltante na quantificação etiqueta-livre da proteína sobre muitas amostras pode agora extremamente ser reduzido por MS1-level match-between-runs2 (MBR) CCS-ciente, tendo por resultado a precisão e a precisão significativamente melhoradas do ensaio usando uma marca de nível.”

Materiais de consumo e software novos para 4D Proteomics

Bruker e PreOmics GmbH anunciaram um acordo do co-desenvolvimento e do co-mercado, que se centrasse sobre a tecnologia da preparação da amostra das ISTs de PreOmics no timsTOF pro.

A tecnologia (iST) do inStageTip remove os detergentes, os polímeros, os sais, os lipidos e os outros contaminadores, e tem a recuperação excepcional do peptide.  Os protocolos novos das ISTs permitem a preparação robusta e reprodutível da amostra com uma vantagem significativa do tempo (sobre 40 horas salvar) comparada aos protocolos comuns, e as ISTs são apropriadas para a integração no semi-automatizado, preparação da amostra da alto-produção.

Nós somos muito entusiasmado trabalhar com o Bruker nos trabalhos fim-a-fim que fazem a análise da proteína simplesmente melhor, e compartilhar destas melhorias com nossos clientes em todo o mundo altamente avaliados académicos e do biopharma. Nós somos convencidos que a potência do timsTOF pro para o proteomics 4D é um fósforo perfeito para nossa tecnologia de processamento da amostra das ISTs.”

Afastamento cilindro/rolo. Nils Kulak e Garwin Pichler, directores administrativos em PreOmics

Para o software do proteomics, Bruker e Genedata anunciaram uma parceria para a plataforma de software do expressionista de Genedata, que apoia agora formato do omics 4D do timsTOF o pro. O apoio nativo formato de ficheiro dos dados do timsTOF o mais atrasado do pro abre oportunidades novas para aerodinamizar e automatizando o proteomics o mais complexo, a caracterização do metabolomics e do biotherapeutics estuda.

A potência da selecção inteligente do precursor para a cobertura profunda do proteome com inclinações rápidos do timsTOF pro em combinação com a escalabilidade e a velocidade do expressionista de Genedata permite a aplicação de uma plataforma da análise da proteína da pilha (HCP) de anfitrião da próxima geração.

Dr. Peter Hufnagel, gerente do software das ciências da vida em Bruker, expandido: “Nossa filosofia aberta API-conduzida do formato de ficheiro dos dados está ajudando a acelerar a adopção de dados do timsTOF em muitas soluções de software importantes do terceiro.  A incorporação no expressionista de Genedata é uma etapa mais adicional importante pedida por clientes mútuos do biopharma para a análise de HCP, e esta foi realizada ràpida por Genedata devido a nossa arquitetura aberta do formato de ficheiro.”

O Dr. Markus Brosch, cabeça de unidade de negócios para o expressionista de Genedata, disse: De “construções Genedata Expressionist® em suas capacidades provadas do proteomics para identificar e determinar proteínas da pilha de anfitrião (HCPs) até ao limite de detecção. Apoia excepcionalmente uma vasta gama de busca de HCP e de estratégias de análise que leveraging uma arquitetura de capacidade elevada da empresa, uma velocidade inaudita de oferecimento e uma escalabilidade exigidas para processar grandes volumes de dados complexos do proteomics. Nossos clientes comum não podem agora somente automatizar e acelerar a análise de HCP, mas utilizam uma plataforma de software para todas suas necessidades através da caracterização do proteomics, do metabolomics e do biotherapeutics.”

Trabalhos Ultra-altos novos da sensibilidade 4D Lipidomics

Construção no sucesso de MetaboScape® e de CCSPredict™, Bruker anuncia avanços aos trabalhos ultra-altos do lipidomics da sensibilidade 4D no timsTOF pro e em plataformas do cabo flexível do timsTOF, demonstrando a alto-produção e as medidas da alto-sensibilidade usando LC-TIMS-MS/MS.

A optimização de métodos do lipidomics da novela PASEF 4D permite agora o número de lipidos identificados na análise do único-tiro de ser dobrada quase, enquanto obtendo a sensibilidade do attomole.  Estes trabalhos inovativos usam o nanoLC-TIMS-PASEF para determinar aproximadamente 500 lipidos com precisão e reprodutibilidade quantitativas muito altas apenas de algumas mil pilhas, além do que a construção de uma biblioteca de mais de 1.000 valores exactos de CCS do plasma humano, do fígado do rato e das células cancerosas humanas.

Dr. Florian Meier, companheiro pos-doctoral no Max Planck Institute da bioquímica e no autor superior do study3, adicionado: “Nosso estudo estabelece o lipidomics 4D e pavimenta a maneira para um lipidomics mais sensível usando PASEF. A precisão e a precisão obtidas usando TIMS podem ser leveraged para facilitar a atribuição do lipido, além do que a informação detalhada de MS/MS gerada por PASEF. Adicionalmente, os valores da elevada precisão CCS fornecem uma base para que as técnicas de aprendizagem da máquina prever valores de CCS mais exactamente e para uma escala mais larga de classes do lipido.”

Junte-se por favor nos domingo 2 de junho, do 7:30 am ao 12:30 pm para o nosso excedem o simpósio no marquês Atlanta de Marriott para escutar o prof. Vicki Wysocki falam sobre os resultados obtidos em seu laboratório com o timsTOF pro. Além disso, o prof. Jeff Spraggins e o prof. Nathalie Ágar compartilharão de seus experiência e resultados iniciais no cabo flexível novo do timsTOF.  Duas sessões paralelas seguem em 4D Proteomics/Biopharma e em imagem lactente do MS/SpatialOMx.

Bruker hospedará uma conferência de imprensa científica segunda-feira 3 de junho de 2019, no 9:30 am EDT no hotel de Omni, no salão de baile grande D, torre norte M4, incluindo a gestão de Bruker e o prof. Vicki Wysocki do orador convidado.

Os clientes são convidados a visitar a cabine #515 do ASMS do Bruker durante todo a conferência.

Referências:

  1. A fragmentação de série da acumulação paralela combinou com a aquisição sem dados (diaPASEF): Assente acima do proteomics com uso óptimo próximo do íon, por Florian Meier, por Andreas-David Brunner, Frank máximo, Annie Ha, Eugenia Voytik, Stephanie Kaspar-Schoenefeld, Markus Lubeque, Oliver Raether, Ruedi Aebersold, Ben C Collins, Hannes L Rost, e Matthias Mann. biorxiv.org/content/10.1101/656207v1
  2. O software de MaxQuant para a mobilidade do íon aumentou o proteomics da espingarda, por Nikita Prianichnikov, Heiner Koch, escarlate de Koch, Markus Lubeque, Raphael Heilig, Sven Brehmer, Fischer romano, Jürgen Cox. biorxiv.org/content/10.1101/651760v1
  3. Espectrometria prendida da mobilidade do íon (TIMS) e acumulação paralela - a fragmentação de série (PASEF) permite o lipidomics detalhado das quantidades mínimas da amostra, por Catherine G Vasilopoulou, Karolina Sulek, Andreas-David Brunner, Ningombam Sanjib Meitei, Ulrike Schweiger-Hufnagel, Sven W. Meyer, Aiko Barsch, Matthias Mann, e Florian Meier. biorxiv.org/content/10.1101/654491v1

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    Bruker Daltonics. (2019, June 18). Bruker lança o cabo flexível do timsTOF com capacidade de ESI/MALDI para SpatialOMx em ASMS 2019. News-Medical. Retrieved on July 24, 2021 from https://www.news-medical.net/news/20190610/Bruker-launches-timsTOF-fleX-with-ESIMALDI-capability-for-SpatialOMx-at-ASMS-2019.aspx.

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