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Les scientifiques décrivent la composition de microbiome dans les patients souffrant de l'IBD et du PCS

En 2012, professeur Jeroen Raes (centre de VIB-KU Louvain pour la microbiologie) a lancé le projet flamand de flores d'intestin. Ordonnançant les groupes fécaux de plus de 3.000 volontaires en bonne santé, prof. Raes et son équipe ont défini les limites d'un microbiota normal et santé-associé d'intestin. Ensuite, l'équipe s'est tournée vers les groupes patients pour recenser l'altération de microbiome liée aux maladies. Récent, elles ont décrit le soi-disant enterotype de B2, déficient en quelques bactéries anti-inflammatoires. Aujourd'hui, leurs résultats sur la forte prévalence de cet enterotype particulier en travers des diagnostics multiples sont publiés en microbiologie de nature.

Comparer des microbiomes

La maladie inflammatoire de l'intestin (IBD) groupe plusieurs conditions caractérisées par l'inflammation chronique du tube intestinal, y compris la colite ulcéreuse et la maladie de Crohn. L'angiocholite sclérotique primaire (PSC) est un état continuel de foie concernant l'inflammation et le marquage de la voie biliaire principale, souvent pour l'IBD. Dans leur étude neuve, les scientifiques de VIB-KU Louvain décrivent la composition de microbiome dans les patients souffrant de l'IBD et du PCS.

Prof. Jeroen Raes, VIB-KU Louvain

Au cours des années, beaucoup d'organismes de recherche mondiaux ont essayé de décrire l'altération de microbiota liée aux maladies. Particulièrement l'IBD est un thème d'actualité dans la recherche de microbiome. Notre étude diffère de ces précédentes tentatives sur trois fronts. D'abord, nous comparés le microbiota des patients présentant des profils des volontaires en bonne santé de nos flores flamandes d'intestin projetons le catalogue de plus de 3.000 microbiomes. En second lieu, dans nos analyses, nous avons non seulement regardé les pourcentages de différentes bactéries présentes dans les échantillons de selles, mais avions l'habitude également une technique neuve pour mesurer leurs abondances. Troisièmement, nous avons rectifié nos résultats pour des facteurs tels que les tabourets desserrés, souvent symptomatiques dans les maladies étudiées, mais affectantes les résultats des analyses de microbiome. »

Une empreinte digital microbienne de la maladie

Combinant leurs seules compétences dans le microbiome quantitatif profilant avec leur connaissance sur la variation santé-associée de microbiota, les scientifiques de Louvain ont recensé une configuration modifiée de microbiome - également connue sous le nom d'enterotype - avec la forte prévalence parmi les groupes patients. Tandis qu'on observait cet enterotype dans 13% de volontaires en bonne santé, il pourrait être recensé dans 38 à 78% de patients de PCS et d'IBD.

Prof. Séverine Vermeire, gastro-entérologue à UZ Leuven/KU Louvain, qui a participé à la recherche, explique : « Cette configuration anormale de microbiome, que nous appelons l'enterotype de B2, est caractérisée par les abondances et la biodiversité bactériennes inférieures. Elle est notamment déficiente en certaines bactéries anti-inflammatoires telles que Faecalibacterium. En fait, nous trouvons des niveaux plus élevés de l'inflammation intestinale dans les patients présentant l'enterotype de B2. Même parmi des personnes en bonne santé, les transporteurs de cet enterotype ont des niveaux légèrement plus élevés de l'inflammation de qualité inférieure générale. »

Inflammation, microbes, et dépression d'intestin

Étonnant, seulement il y a quelques mois, le laboratoire de prof. Raes a décrit un changement assimilé de microbiota à associer à de qualité inférieure de la durée et même de la dépression.

Prof. Jeroen Raes dit : « Il semble y a une grande superposition dans l'altération de microbiome observée en travers de différents groupes patients. Nous avons trouvé l'enterotype dedans environ 26% de B2 des personnes déprimées. Tandis que le microbiota d'intestin a été montré pour jouer un rôle dans le développement de la maladie dedans, par exemple, la colite ulcéreuse et la maladie de Crohn, c'est loin moins clair pour la dépression. Cependant, nous explorerons l'association entre l'enterotype de B2 et la dépression plus en détail dans de futures études. »

Tandis qu'environ 13% de personnes en bonne santé peut être classifié comme transporteurs de l'enterotype de B2, les chercheurs chargent que ceci ne devrait pas être une raison de préoccupation.

Prof. Jeroen Raes : « En ce point, nous ne pouvons effectuer aucune prévision sur la susceptibilité de la maladie ou risque basé sur l'enterotype d'une personne. D'ailleurs, les enterotypes ne sont pas fixes et peuvent être modifiés par, par exemple, changeant votre régime. Les associations observées entre les maladies et les constellations de microbiota n'impliquent pas que les bactéries d'intestin entraînent réellement la maladie. Beaucoup de personnels, de mode de vie, et de facteurs environnementaux sont liés à un enterotype de B2. Cependant, car également l'inflammation s'avère être un facteur associé par B2- dans quelques personnes, nous examinerons le plus certainement davantage la causalité potentielle. »

Source:
Journal reference:

Vieira-Silva, S. et al. (2019) Quantitative microbiome profiling disentangles inflammation- and bile duct obstruction-associated microbiota alterations across PSC/IBD diagnoses. Nature Microbiolgy. https://www.nature.com/articles/s41564-019-0483-9.