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Les scientifiques se développent test neuf et rapide pour diagnostiquer des infections des voies respiratoires inférieures bactériennes

Les scientifiques à l'institut de Quadram et à l'université d'East Anglia (UEA) ont développé une voie neuve et rapide de diagnostiquer des infections des voies respiratoires inférieures bactériennes en quelques heures plutôt que les jours, qui pourraient améliorer des soins aux patients et ralentir l'écart de la résistance antimicrobienne. La méthode est aujourd'hui publié en biotechnologie de nature de tourillon.

Abaissez les infections respiratoires, telles que la pneumonie, représentez environ 3 millions de morts mondiales tous les ans. Les méthodes diagnostiques actuelles se fondent sur les bactéries grandissantes des échantillons patients, mais ceci prend deux à trois jours et peut ne pas recenser néanmoins la cause. Pendant ce temps, les patients sont des antibiotiques à large spectre donnés, qui peuvent ne pas fonctionner si l'infection est provoquée par un agent pathogène résistant et pourraient déclencher des effets secondaires. Au-dessus de l'utilisation des antibiotiques à large spectre est également un gestionnaire connu pour le développement de la résistance antimicrobienne.

M. Justin O'Grady et son équipe ont avec succès développé un test clinique de metagenomics (analyse génomique des organismes multiples obtenus à partir d'un échantillon unique) pour recenser avec précision les origines bactériennes des infections respiratoires inférieures dans un délai de 6 heures. Il peut également déterminer si les agents pathogènes sont résistants aux antibiotiques l'uns des employés pour traiter ces infections.

Ceci permet la demande de règlement rapide avec des antibiotiques visés, ayant pour résultat des résultats patients améliorés tout en réduisant l'utilisation des antibiotiques à large spectre et aidant dans le combat contre la résistance antimicrobienne.

Le metagenomics clinique a la promesse de révolutionner le diagnostic des maladies infectieuses, et notre étude décrit le premier test metagenomic clinique abordable et précis rapide qui pourrait promptement être employé sur une base courante dans un réglage clinique. »

M.O'Grady, un chef de groupe à l'institut de Quadram et professeur agrégé à UEA

L'étude surmonte certaines des barrières qui, jusqu'à présent, ont retenu de retour le déploiement répandu du metagenomics clinique. La méthode neuve comporte une opération qu'enlève rapidement et efficacement le matériel génétique humain de l'échantillon donné par le patient, laisser de ce fait principalement l'agent pathogène ADN pour l'ordonnancement.

« Il est difficile fonctionner les échantillons respiratoires avec parce qu'ils sont principalement composés du matériel génétique humain. Retirer ceci facilite trouvant les agents pathogènes et réduit le coût et le temps de ordonnancement. » ledit Themoula Charalampous, un chercheur sur l'étude.

La méthode neuve a été développée avec des collègues sur le parc de recherche de Norwich, au centre hospitalier universitaire de la Norfolk et de Norwich et à l'institut d'Earlham. Le financement pour l'étude est venu du Conseil " Recherche " de biotechnologie et des sciences biologiques, du Conseil " Recherche " médical et de l'institut national pour la recherche de santé.

Les chercheurs ont employé le subordonné portatif d'Oxford Nanopore ordonnançant le dispositif pour faciliter l'ordonnancement en temps réel, le rétablissement de caractéristiques et l'analyse. Ceci aidé pour ramener le temps-à-résultat des jours aux heures. La portabilité de ce dispositif de ordonnancement signifie qu'elle pourrait être employée plus près du patient, réduisant le temps passé envoyant des échantillons à un laboratoire central.

La méthode pilote a été vérifiée sur 40 échantillons provenant des patients présentant des infections respiratoires inférieures soupçonnées. L'équipe a alors raffiné le test pour améliorer sa sensibilité et pour réduire l'heure de l'échantillon de donner droit à six heures et a vérifié sur des 41 échantillons respiratoires plus encore.

« Le pipeline que nous avons développé dans cette étude produit les caractéristiques qui peuvent être employées non seulement pour la diagnose clinique mais pour des applications de santé publique telles que le contrôle de dépistage de manifestation et d'infection d'hôpital » a dit M. Gemma Kay.

Le protocole maintenant est évalué dans un plus grand test clinique multisite pour évaluer son rendement pour le diagnostic de la pneumonie hôpital-acquise.

Source:
Journal reference:

O'Grady, J. et al. (2019) Nanopore metagenomics enables rapid clinical diagnosis of bacterial lower respiratory infection. Nature Biotechnology. doi.org/10.1038/s41587-019-0156-5.