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Les chercheurs développent la méthode neuve pour recenser exactement les mycobactéries nontuberculous

Le genre bactérien mycobactérie a l'honneur douteux de comprendre la substance responsable de deux des maladies infectieuses humaines continuelles les plus connues : tuberculose et lèpre. Mais à la différence de leurs cousins plus célèbres, pour lesquels les stratégies de traitement efficace ont longtemps été procurables, c'est les 200 la substance environ peu de-sue de mycobactérie qui entraînent actuel une réapparition dans les maladies pulmonaires ces derniers temps.

Désigné collectivement sous le nom des mycobactéries nontuberculous (NTM), ces substances sont largement trouvées dans la saleté et l'eau. Cependant, si donné l'occasion, NTM peut entraîner des infections sérieuses de peau et de poumon dans les patients susceptibles. Une des plus grandes entraves à la demande de règlement des infections de NTM est la difficulté en disant les bactéries à part, en particulier à la sous-espèce à niveau. L'identification précise est essentielle cependant, car les espèces différentes montrent des niveaux de variation de la réactivité à différentes antibiothérapies.

Pour adresser le manque d'une méthode précise et sensible d'identification pour NTM, une équipe de recherche d'université d'Osaka et l'université du Ryukyus au Japon ont développé le logiciel qui recense sûrement NTM basé sur des caractéristiques de séquence des gènes bactériens. Dans ce mois publié de papier dans les microbes apparaissants et les infections, les chercheurs expliquent comment ils ont développé le logiciel et ce que signifie il pour la demande de règlement des infections de NTM.

« Parmi les méthodes d'identification du courant NTM, le plus sensible et le précis sont basés sur l'information génomique, » dit Shota Nakamura auteur. « Cependant, en dépit du besoin identifié de caractéristique génomique de haute qualité qui permet l'identification de NTM à la sous-espèce à niveau, les bases de données actuelles contiennent seulement des ensembles pour 148 substances. Par conséquent, dans cette étude, nous avons ordonnancé les génomes des 27 substances plus encore et resequenced les génomes de 36 substances. »

Utilisant leurs séquences neuf acquises conjointement avec 7.484 ensembles précédemment publiés de génome, les chercheurs ont élaboré une base de données complète de 175 substances de NTM recensées basées sur les séquences de 184 gènes indépendants. Connu comme séquence de multilocus tapant, chaque substance peut être différenciée par sa combinaison spécifique des différences de séquence dans les 184 gènes. La base de données a également compris l'autre substance de mycobactérie pour la comparaison.

Une fois que nous avions compilé notre base de données, nous avons développé le logiciel, le mlstverse appelé, qui compare des séquences inconnues contre la base de données, ayant pour résultat l'identification précise de NTM. Quand nous comparés notre méthode avec autre s'approche pour l'identification de 29 isolats cliniques de NTM, le mlstverse était la seule méthode qui a recensé chacun des 29 isolats à la sous-espèce à niveau. »

Yuki Matsumoto, auteur important de l'étude

Les applications possibles sont prometteuses--Takeshi Kinjo, un médecin à l'université de l'hôpital de Ryukyus, dit que « cette méthode peut potentiellement être employée pour recenser NTM des spécimens cliniques, permettant la mise en place des traitements visés et améliorant les régimes de remède des infections NTM-associées. »

Source:
Journal reference:

Matsumoto, Y. et al. (2019) Comprehensive subspecies identification of 175 nontuberculous mycobacteria species based on 7547 genomic profiles. Emerging Microbes & Infections. doi.org/10.1080/22221751.2019.1637702.