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I ricercatori mettono a punto il nuovo metodo per identificare esattamente i micobatteri nontuberculous

Il genere batterico micobatterio ha l'onore dubbio dell'inclusione delle specie responsabili di due delle malattie infettive umane croniche più note: tubercolosi e lebbra. Ma a differenza dei loro cugini più famosi, per cui le efficaci strategie del trattamento lungamente sono state disponibili, è i 200 le specie circa poco-note del micobatterio che corrente stanno causando una rinascita nelle malattie polmonari recentemente.

Riferito a collettivamente come micobatteri nontuberculous (NTM), queste specie ampiamente sono trovate in suolo ed acqua. Tuttavia, se dato la probabilità, NTM può causare le infezioni serie del polmone e dell'interfaccia in pazienti suscettibili. Uno di più grandi impedimenti al trattamento delle infezioni di NTM è la difficoltà nel dire i batteri a parte, specialmente alla sottospecie a livello. L'identificazione accurata è cruciale comunque, poichè le specie differenti mostrano i livelli di variazione di risposta alle terapie antibiotiche differenti.

Per indirizzare la mancanza di metodo accurato e sensibile dell'identificazione per NTM, un gruppo di ricerca dall'università di Osaka e l'università del Ryukyus nel Giappone hanno sviluppato il software che identifica attendibilmente NTM basato sui dati di sequenza dai geni batterici. In un documento pubblicato questo mese in microbi emergenti e nelle infezioni, i ricercatori spiegano come hanno sviluppato il software e che cosa significa per il trattamento delle infezioni di NTM.

“Fra i metodi correnti dell'identificazione di NTM, il più sensibili e l'accurati sono basati su informazioni genomiche,„ dice Shota Nakamura autore. “Tuttavia, malgrado l'esigenza riconosciuta dei dati genomica di alta qualità che permettono l'identificazione di NTM alla sottospecie livellata, i database correnti contengono soltanto le installazioni per 148 specie. Di conseguenza, in questo studio, abbiamo ordinato i genoma delle 27 specie più ancora e resequenced i genoma di 36 specie.„

Facendo uso delle loro sequenze recentemente acquistate insieme con 7.484 installazioni precedentemente pubblicate del genoma, i ricercatori hanno elaborato un database completo di 175 specie di NTM identificate basate sulle sequenze di 184 geni separati. Conosciuto come digitare di sequenza di multilocus, ogni le specie possono essere differenziate tramite la sua combinazione specifica di differenze di sequenza all'interno dei 184 geni. Il database egualmente ha incluso altre specie del micobatterio per il confronto.

Una volta che avessimo montato il nostro database, abbiamo sviluppato il software, chiamato mlstverse, che compara le sequenze sconosciute al database, con conseguente identificazione accurata di NTM. Quando abbiamo paragonato il nostro metodo ad altri approcci per l'identificazione di 29 isolati clinici di NTM, il mlstverse era il solo metodo che ha identificato tutti e 29 gli isolati alla sottospecie a livello.„

Yuki Matsumoto, autore principale dello studio

Le applicazioni possibili stanno promettendo--Takeshi Kinjo, un medico nell'università di ospedale di Ryukyus, dice che “questo metodo può potenzialmente essere usato per identificare NTM dagli esemplari clinici, permettendo l'entrata in vigore delle terapie mirate a e migliorando le tariffe della maturazione delle infezioni NTM-associate.„

Source:
Journal reference:

Matsumoto, Y. et al. (2019) Comprehensive subspecies identification of 175 nontuberculous mycobacteria species based on 7547 genomic profiles. Emerging Microbes & Infections. doi.org/10.1080/22221751.2019.1637702.