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Os pesquisadores desenvolvem o método novo para identificar exactamente mycobacteria nontuberculous

O género bacteriano Mycobacterium tem a honra duvidoso de incluir a espécie responsável para duas das doenças infecciosas humanas crônicas as mais conhecidas: tuberculose e lepra. Mas ao contrário de seus primos mais famosos, para que as estratégias eficazes do tratamento têm estado por muito tempo disponíveis, é os 200 ou a espécie tão menos conhecido do Mycobacterium que estão causando actualmente uma ressurgência nas doenças pulmonares recentemente.

Referido colectivamente como mycobacteria nontuberculous (NTM), estas espécies são encontradas extensamente no solo e na água. Contudo, se dado a possibilidade, NTM pode causar infecções sérias da pele e do pulmão em pacientes suscetíveis. Um dos impedimentos os mais grandes ao tratamento de infecções de NTM é a dificuldade em dizer as bactérias distante, particularmente na subespécie ao nível. A identificação exacta é crucial embora, porque as espécies diferentes mostram níveis de variação de compreensibilidade às terapias antibióticas diferentes.

Para endereçar a falta de um método exacto e sensível da identificação para NTM, uma equipa de investigação da universidade de Osaka e a universidade do Ryukyus em Japão desenvolveram o software que identifica confiantemente NTM baseado em dados da seqüência dos genes bacterianos. Em um papel publicado este mês em micróbios emergentes e em infecções, os pesquisadores explicam como desenvolveram o software e o que significa para o tratamento de infecções de NTM.

“Entre os métodos actuais da identificação de NTM, o mais sensíveis e o exactos são baseados na informação genomic,” diz Shota Nakamura autor. “Contudo, apesar da necessidade reconhecida para os dados genomic de alta qualidade que permitem a identificação de NTM à subespécie em nível, as bases de dados actuais contêm somente os conjuntos para 148 espécies. Conseqüentemente, neste estudo, nós arranjamos em seqüência os genomas de umas 27 espécies mais adicional e resequenced os genomas de 36 espécies.”

Usando suas seqüências recentemente adquiridas conjuntamente com 7.484 conjuntos previamente publicados do genoma, os pesquisadores desenvolveram uma base de dados detalhada de 175 espécies de NTM identificadas baseadas nas seqüências de 184 genes separados. Sabido como a seqüência do multilocus que datilografa, cada espécie pode ser diferenciada por sua combinação específica de diferenças da seqüência dentro dos 184 genes. A base de dados igualmente incluiu a outra espécie do Mycobacterium para a comparação.

Uma vez que nós tínhamos montado nossa base de dados, nós desenvolvemos o software, chamado o mlstverse, que compara seqüências desconhecidas contra a base de dados, tendo por resultado a identificação exacta de NTM. Quando nós comparamos nosso método com outras aproximações para a identificação de 29 isolados clínicos de NTM, o mlstverse era o único método que identificou todos os 29 isolados à subespécie ao nível.”

Yuki Matsumoto, autor principal do estudo

As aplicações possíveis são prometedoras--Takeshi Kinjo, um médico na universidade do hospital de Ryukyus, diz que “este método pode potencial ser usado para identificar NTM dos espécimes clínicos, permitindo a aplicação de terapias visadas e melhorando as taxas da cura de infecções NTM-associadas.”

Source:
Journal reference:

Matsumoto, Y. et al. (2019) Comprehensive subspecies identification of 175 nontuberculous mycobacteria species based on 7547 genomic profiles. Emerging Microbes & Infections. doi.org/10.1080/22221751.2019.1637702.