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Los investigadores desarrollan nuevo método para determinar exacto micobacterias nontuberculous

El género bacteriano micobacteria tiene el honor dudoso de incluir la especie responsable de dos de las enfermedades infecciosas humanas crónicas más conocidas: tuberculosis y lepra. Pero a diferencia de sus primos más famosos, para quienes las estrategias efectivas del tratamiento han estado de largo disponibles, es los 200 o la especie tan poco-sabida de la micobacteria que están causando actualmente un resurgimiento en enfermedades pulmonares recientemente.

Designado colectivamente micobacterias nontuberculous (NTM), estas especies se encuentran extensamente en suelo y agua. Sin embargo, si está dada la ocasión, NTM puede causar infecciones serias de la piel y del pulmón en pacientes susceptibles. Uno de los impedimentos más grandes al tratamiento de las infecciones de NTM es la dificultad en informar las bacterias aparte, determinado en la subespecie llano. La identificación exacta es crucial sin embargo, pues diversas especies muestran niveles de variación de correspondencia a diversas terapias antibióticos.

Para dirigir la falta de un método exacto y sensible de la identificación para NTM, un equipo de investigación de la universidad de Osaka y la universidad del Ryukyus en Japón han desarrollado el software que determina seguro NTM basado en datos de la serie de genes bacterianos. En un papel publicado este mes en microbios emergentes e infecciones, los investigadores explican cómo desarrollaron el software y lo que significa para el tratamiento de las infecciones de NTM.

“Entre los métodos actuales de la identificación de NTM, el más sensibles y el exactos se basan en la información genomic,” dice a Shota Nakamura autor. “Sin embargo, a pesar de la necesidad reconocida de los datos genomic de alta calidad que permiten la identificación de NTM a la subespecie nivelada, las bases de datos actuales contienen solamente a los montajes para 148 especies. Por lo tanto, en este estudio, ordenamos los genomas de 27 especies más y resequenced los genomas de 36 especies.”

Usando sus series nuevamente detectadas conjuntamente con 7.484 montajes previamente publicados del genoma, los investigadores desarrollaron una base de datos completa de 175 especies de NTM determinadas basadas en las series de 184 genes separados. Conocido como serie del multilocus que pulsa, cada especie se puede distinguir por su combinación específica de las diferencias de la serie dentro de los 184 genes. La base de datos también incluyó la otra especie de la micobacteria para la comparación.

Una vez que habíamos montado nuestra base de datos, desarrollamos el software, llamado el mlstverse, que compara series desconocidas contra la base de datos, dando por resultado la identificación exacta de NTM. Cuando comparamos nuestro método con otras aproximaciones para la identificación de 29 aislantes clínicos de NTM, el mlstverse era el único método que determinó los 29 aislantes a la subespecie llano.”

Yuki Matsumoto, autor importante del estudio

Los usos posibles son prometedores--Takeshi Kinjo, médico en la universidad del hospital de Ryukyus, dice que “este método se puede potencialmente utilizar para determinar NTM de especímenes clínicos, permitiendo la puesta en vigor de terapias apuntadas y perfeccionando los índices de la vulcanización de infecciones NTM-asociadas.”

Source:
Journal reference:

Matsumoto, Y. et al. (2019) Comprehensive subspecies identification of 175 nontuberculous mycobacteria species based on 7547 genomic profiles. Emerging Microbes & Infections. doi.org/10.1080/22221751.2019.1637702.