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La méthode de calcul neuve indique les configurations génétiques dans le pêle-mêle massif des cellules

Les scientifiques ont conçu une méthode de calcul neuve qui indique les configurations génétiques dans le pêle-mêle massif de différentes cellules dans le fuselage.

La découverte, publiée dans l'eLife de tourillon, sera utile en discernant des configurations d'expression du gène en travers de beaucoup de genres de maladie, y compris le cancer. Les scientifiques ont établi la formulation en vérifiant le tissu pris des testicules des souris. Des résultats à disposition, ils s'appliquent déjà la même analyse aux biopsies prises à partir des hommes avec l'infertilité inexpliquée.

Il y a eu très peu d'études qui essayent de trouver la cause de n'importe quelle maladie en comparant des mesures unicellulaires d'expression d'un patient à ceux d'un contrôle sain. Nous avons voulu expliquer que nous pourrions sembler raisonnable de ce genre de caractéristiques et indiquer exactement les défectuosités spécifiques d'un patient dans l'infertilité inexpliquée. »

Co-sénior Donald Conrad auteur, Ph.D., professeur agrégé et responsable de la Division de la génétique au centre de recherche national de primate de l'Orégon, université de santé de l'Orégon et de la Science

Simon Myers, Ph.D., de l'université d'Oxford, est également un co-auteur supérieur.

Conrad a dit il prévoit que la méthode neuve avancera l'inducteur du médicament de précision, où la demande de règlement personnalisée peut être appliquée à la nuance spécifique de la lecture génétique de chaque patient.

Les scientifiques ont rendu la découverte en s'appliquant une méthode développée récemment à l'université d'Oxford aux caractéristiques d'expression du gène à partir du trésor massif de différentes cellules comportant même les biopsies minuscules de tissu. La méthode est connue en tant que la décomposition clairsemée des choix, ou SDA.

« Plutôt que les groupes de groupement de cellules, SDA recense des composantes constituant des groupes des gènes qui covarient dans l'expression, » les auteurs écrivent.

L'étude neuve s'est appliquée la méthode à 57.600 différentes cellules prises à partir des testicules de cinq lignes des souris : Quatre qui transportent des mutations génétiques connues entraînant des défectuosités dans la production de spermatozoïdes et une sans le signe d'infertilité génétique. Les chercheurs ont voulu voir s'il était possible de trier cet ensemble de données massif basé sur la variation des traits physiologiques résultant des différences dans les gènes exprimés en ARN, ou acide ribonucléique, de différentes cellules.

Les chercheurs ont trouvé qu'ils pouvaient couper le bruit statistique et trier beaucoup de milliers de cellules dans 46 groupes génétiques.

« C'est une méthode de caractéristique-réduction qui nous permet de recenser des ensembles de gènes dont l'activité va en haut et en bas au-dessus des sous-ensembles de cellules, » Conrad a dit. « Ce qui nous faisons réellement établit un dictionnaire qui décrit comment les gènes changent à un niveau unicellulaire. »

Le travail s'appliquera immédiatement à l'infertilité mâle.

L'infertilité affecte un 0,5% environ à 1% de la population mâle mondiale. Les mesures actuelles de traiter l'infertilité mâle concernent l'orientation sur des défectuosités de management dans le sperme elle-même, comprenant par la fécondation in vitro. Cependant, ces techniques ne fonctionnent pas dans tous les cas.

« Nous parlons du problème par où vous n'effectuez pas le sperme pour commencer, » Conrad avons dit.

Cette technique neuve a pu ouvrir des opportunités neuves de diagnostiquer une anomalie génétique spécifique et puis de la rectifier potentiellement avec les outils neufs de gène-retouche tels que CRISPR. L'identification d'une cause spécifique serait une vaste amélioration au-dessus de la situation actuelle de courant en diagnostiquant l'infertilité mâle, qui s'élève à une analyse signalétique des biopsies de tissu testiculaire.

« L'opportunité fournie par CRISPR, accouplé à ce genre de diagnostic, est réellement une correspondance effectuée dans le ciel, » Conrad a dit.

Source:
Journal reference:

Jung, M. et al. (2019) Unified single-cell analysis of testis gene regulation and pathology in five mouse strains. eLife. doi.org/10.7554/eLife.43966.