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L'étude montre comment le double ADN barcoding pourrait aider à améliorer le diagnostic des infections fongiques

Une étude neuve de l'institut de Westmead pour la recherche médicale (WIMR) a expliqué comment le double ADN barcoding pourrait aider à améliorer le diagnostic des maladies fongiques invasives, donnant à des patients l'accès à la demande de règlement potentiellement de sauvetage beaucoup plus tôt.

Le dépistage précoce des agents pathogènes fongiques - la substance spécifique des champignons responsables de la maladie - est essentiel en s'assurant que les patients ont à accès rapide à la demande de règlement, évitant des complications. Cependant, les méthodes diagnostiques actuelles sont longues, composé et ne sont pas toujours précises, ayant pour résultat des délais dans la demande de règlement et le traitement inadéquat, augmentant le risque de morbidité et de mortalité.

Le double ADN barcoding est une technique apparaissante employée pour recenser les agents pathogènes fongiques. Il emploie deux seules régions d'ADN qui sont spécifiques à chaque substance fongique pathogène - la région barcoding primaire, région transcrite interne d'espaceur (SA) et la région barcoding secondaire, le facteur de translation 1α d'allongement (TEF1α).

L'ADN fongique est extrait d'un échantillon patient, où il « est alors amplifié » ou multiplié pour augmenter la quantité d'ADN procurable pour l'ordonnancement. L'information d'ADN caractéristique-est extraite, et comparé à une base de données de référence pour recenser l'agent pathogène fongique.

Bien que la région barcoding secondaire ait été introduite en 2017, son choc et efficacité n'a pas été jusqu'ici évalué.

Le chercheur de fil, professeur Wieland Meyer a dit :

Notre étude est la première pour comparer l'exactitude des deux régions barcoding, et pour évaluer l'efficacité du SON et de TEF1α combinés.

Nous pouvions recenser correctement toute la substance fongique de pathogène, du Candida albicans fongique d'agent pathogène humain le plus courant, aux substances qui entraînent rarement des infections. Nous avons constaté que seule la région barcoding primaire ne pourrait pas trouver toute la substance - cependant, la région secondaire, ainsi que les deux combinés, complété cet écartement.

De façon générale, nous avons constaté que la combinaison des deux codes barre a activé une identification plus précise de substance fongique, en particulier dans les cas où un système barcoding unique ne peut pas faire ainsi. »

Les maladies fongiques invasives (IFD), telles que des infections de neoformans de cryptococcus ou l'aspergillose sont un danger croissant à la santé globale, avec plus de 1,6 millions de morts attribuées à IFDs tous les ans. Les infections neuves continuent à apparaître, comme la substance multirésistante neuve de Candida, des auris de C., qui a la capacité d'écarter rapidement et persister dans des environnements de santé.

Professeur Meyer a dit, « recensant le type de champignons qui entraîne l'infection nous aidera à administrer le traitement adapté plus rapide, réduisant le tort et, potentiellement, les taux de mortalité liés à IFDs.

« Il peut également améliorer d'autres complications liées à IFDs, tel que la résistance au médicament, et le choc financier IFDs peut avoir sur les patients et le système de santé.

« Tandis que nous savons maintenant que le double système barcoding d'ADN est plus efficace à recenser la substance fongique, nous devons augmenter la quantité de séquences procurables dans des bases de données de séquence de référence pour maximiser le nombre de substance que nous pouvons recenser.

« Nous demandons maintenant à des chercheurs de partout dans le monde de soumettre les séquences de référence qui peuvent être employées pour recenser les agents pathogènes fongiques.

« En améliorant notre base de données, et, consécutivement, en augmentant notre capacité d'employer le double ADN barcoding, nous pourrons ramener le temps de basculement diagnostique des jours ou des semaines à moins de 24 heures, qui pourraient avoir un impact majeur sur des résultats patients, et pourrions potentiellement sauver des durées. »

Source:
Journal reference:

Hoang, M.T.V. et al. (2019) Dual DNA Barcoding for the Molecular Identification of the Agents of Invasive Fungal Infections. Frontiers in Microbiology. doi.org/10.3389/fmicb.2019.01647.