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Lo studio mostra come il DNA doppio che barcoding potrebbe contribuire a migliorare la diagnosi delle micosi

Un nuovo studio dall'istituto di Westmead per ricerca medica (WIMR) ha dimostrato come il DNA doppio che barcoding potrebbe contribuire a migliorare la diagnosi delle malattie fungose dilaganti, dando a pazienti l'accesso potenzialmente al trattamento di salvataggio molto più presto.

L'individuazione tempestiva degli agenti patogeni fungosi - le specie specifiche di funghi responsabili della malattia - è cruciale nell'assicurazione che i pazienti hanno di facile accesso al trattamento, impedente le complicazioni. Tuttavia, i metodi diagnostici correnti sono che richiede tempo, complesso e non sono sempre accurati, con conseguente more nel trattamento e nella terapia inadeguata, aumentando il rischio di morbosità e di mortalità.

Il DNA doppio che barcoding è una tecnica emergente usata per identificare gli agenti patogeni fungosi. Usa due regioni uniche di DNA che sono specifiche all'ogni specie fungose patogene - la regione barcoding primaria, regione trascritta interna del distanziatore (SUA) e la regione barcoding secondaria, fattore di traduzione 1α dell'allungamento (TEF1α).

Il DNA fungoso è estratto da un campione paziente, in cui poi “è ampliato„ o è moltiplicato per aumentare la quantità di DNA disponibile per ordinare. Le informazioni del DNA dato-sono estratte e sono confrontate ad un database di riferimento per identificare l'agente patogeno fungoso.

Sebbene la regione barcoding secondaria sia introdotta nel 2017, il sui impatto ed efficacia, finora, non è stato valutato.

Il ricercatore del cavo, il professor Wieland Meyer ha detto:

Il nostro studio è il primo per confrontare l'accuratezza delle due regioni barcoding e per valutare l'efficacia del SUO e di TEF1α combinati.

Potevamo identificare correttamente tutte le specie fungose malattia-causanti, dai albicans fungosi del candida dell'agente patogeno umani più comuni, alle specie che causano raramente le infezioni. Abbiamo trovato che la regione barcoding primaria da solo non potrebbe individuare tutte le specie - tuttavia, la regione secondaria come pure i due combinati, riempito questo spazio.

In generale, abbiamo trovato che la combinazione di entrambi i codici a barre ha permesso ad un'identificazione più accurata delle specie fungose, specialmente nei casi in cui un singolo sistema barcoding non può agire in tal modo.„

Le malattie fungose dilaganti (IFD), quali le infezioni dei neoformans del criptococco o l'aspergillosi sono una minaccia aumentante contro salubrità globale, con più di 1,6 milione morti attribuite ogni anno a IFDs. Le nuove infezioni continuano ad emergere, quali le nuove specie multidrug-resistenti di candida, auris del C., che ha la capacità di spargersi rapido e persistere negli ambienti di sanità.

Il professor Meyer ha detto, “identificando il tipo di funghi che sta causando l'infezione ci aiuterà ad amministrare il trattamento appropriato più veloce, diminuendo il danno e, potenzialmente, i tassi di mortalità connessi con IFDs.

“Può anche migliorare altre complicazioni connesse con IFDs, quale farmacoresistenza e l'impatto finanziario IFDs può avere sia sui pazienti che sul sistema sanitario.

“Mentre ora sappiamo che il sistema barcoding doppio del DNA è più efficace ad identificare le specie fungose, dobbiamo aumentare la quantità di sequenze disponibili nei database di sequenza di riferimento per massimizzare il numero delle specie che possiamo identificare.

“Ora stiamo chiedendo ai ricercatori intorno al mondo di presentare le sequenze di riferimento che possono essere usate per identificare gli agenti patogeni fungosi.

“Migliorando il nostro database e, a loro volta, aumentando la nostra capacità di usare il DNA doppio che barcoding, potremo ridurre il tempo complessivo diagnostico a partire dai giorni o dalle settimane a meno di 24 ore, in grado di avere un effetto principale sui risultati pazienti e potremmo potenzialmente salvare le vite.„

Source:
Journal reference:

Hoang, M.T.V. et al. (2019) Dual DNA Barcoding for the Molecular Identification of the Agents of Invasive Fungal Infections. Frontiers in Microbiology. doi.org/10.3389/fmicb.2019.01647.