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L'ARN ordonnançant des caractéristiques a ajouté à l'étude robuste de la maladie de Parkinson

Une équipe à l'École de Médecine de Keck d'USC, en collaboration avec le Michael J. Fox Foundation pour la recherche de Parkinson (MJFF), a juste ajouté un élément neuf essentiel - ARN ordonnançant des caractéristiques -- à son étude robuste de la maladie de Parkinson.

L'ordonnancement d'ARN concerne analyser des prises de sang pour comprendre comment des scripts génétiques sont exprimés dans procédés biologiques variés, y compris des conditions de la maladie. En regardant des changements d'ARN au fil du temps dans les patients qui développent Parkinson, les chercheurs espèrent recenser certains des cachets les plus tôt de la maladie qui peut apparaître même avant que les sympt40mes surgissent.

L'ensemble de données neuf massif fait partie de l'initiative de bornes de l'étape progressive du Parkinson (PPMI), la signature du MJFF, étude de grand-caractéristiques de la maladie de Parkinson qui est terminée des caractéristiques de rassemblement cliniques, biologiques et de représentation de 1.400 personnes au moins cinq ans. L'ARN ordonnançant des caractéristiques s'est analysé dans l'institut d'USC de la génomique de translation et est enregistré et partagé par le centre de traitement des données de pointe au laboratoire de la représentation neuro, une partie du repère d'USC et Mary Stevens Neuroimaging et institut d'informatique.

Le clinique incroyablement riche, la représentation et les caractéristiques biologiques rassemblés pour l'initiative ont déjà aidé des chercheurs mieux dessous et caractérisent la maladie de Parkinson. La caractéristique transcriptomic neuf ajoutée ajoute une couche complémentaire de diversité, activant l'identification des relations entre les variables qui seraient autrement impossibles. »

Arthur W. Toga, directeur du repère d'USC et Mary Stevens Neuroimaging et institut d'informatique

L'effort fait partie d'une commande des vitesses importante--les deux en recherche de Parkinson et plus grand dans l'étude des maladies neurologiques--vers le raccordement direct des outils d'analyse de caractéristiques avec des archives de caractéristiques. Jusque récemment, des chercheurs qui ont souhaité atteindre des ensembles de données existants ont été requis de télécharger les fichiers massifs et soigneusement de dispenser, harmoniser et analyser des données brutes.

Maintenant, l'équipe a commencé à coïmplanter des technologies de visualisation, analytiques et de stockage de données de sorte que les chercheurs puissent immédiatement réaliser des analyses préliminaires en ligne sans ne télécharger aucun fichier, alors que ceux qui souhaitent effectuer plus d'analyses en profondeur peuvent encore atteindre des données brutes.

Les chercheurs de PPMI adhèrent aux protocoles stricts pour obtenir et enregistrer des caractéristiques. Cette approche robuste rend les caractéristiques hautement fiables, réduisant des incohérences ou des sources possibles de polarisation.

« PPMI a établi jusqu'à présent l'ensemble de données du Parkinson le plus robuste, rassemblement clinique, représentation et information biologique des volontaires plus d'au moins cinq ans de comprendre mieux le début et l'étape progressive de la maladie, » a dit Todd Sherer, Président du MJFF. « L'ARN de PPMI ordonnançant le projet augmente de manière significative la valeur de l'étude et nous déménage plus près de ses objectifs mieux pour définir, mesurer et traiter la maladie de Parkinson. »

David W. Craig, codirecteur de l'institut de la génomique de translation chez l'école de Keck, et Kendall Van Keuren-Jensen, de l'institut de recherches génomique de translation, une société apparentée de ville d'espoir, espèrent que l'ensemble de données neuf peut aider des chercheurs mieux à comprendre l'étape progressive de la maladie et à développer même des traitements visés.

« Une maladie neurologique ou neurodegenerative peut exister pour 10 15 ans avant que nous voyons des changements du cerveau par la représentation, » a dit Craig, dont l'équipe est concentrée sur traduire la technologie génomique du banc au chevet. « Si nous trouvons un indicateur dans le sang, cela peut mener à un diagnostic plus tôt et à une intervention thérapeutique plus efficace. »

Le repère d'USC et la Mary Stevens Neuroimaging et l'institut d'informatique héberge la vaste collecte des données--l'ARN ordonnançant de seuls montants de projet à 108 Terabyte, l'équivalent de 47.520.000.000 unique-a espacé les pages tapées--avec le portail d'ouvert-accès qui combine des fonctionnalités de stockage, analytiques et de visualisation.

Il enregistre actuel des caractéristiques de presque 50.000 sujets dans 125 études différentes, a également frayé un chemin des méthodes sécurisées pour traiter, partager et concevoir de grands ensembles de données. En plus d'accueillir des caractéristiques de PPMI, les archives de l'institut sont à la maison à l'initiative de Neuroimaging de maladie d'Alzheimer, une collaboration globale pour définir l'étape progressive de la maladie d'Alzheimer.

« Maintenant que ces caractéristiques ont été rassemblées, notre objectif est d'assurer qu'elles continuent à alimenter des découvertes neuves, » la toge dit. « Qui est ce qui pilote notre institut pour continuer à trouver neuf et méthodes novatrices de brancher des chercheurs à de grands et de plus en plus divers ensembles de données. »