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Il RNA che ordina i dati ha aggiunto allo studio robusto sulla malattia del Parkinson

Un gruppo alla scuola di medicina di Keck di USC, in collaborazione con il Michael J. Fox Foundation per la ricerca di Parkinson (MJFF), ha aggiunto appena un nuovo elemento cruciale - RNA che ordina i dati -- al suo studio robusto sulla malattia del Parkinson.

L'ordinamento del RNA comprende analizzare i campioni di sangue per capire come gli script genetici sono espressi in vari trattamenti biologici, compreso gli stati di malattia. Esaminando i cambiamenti in RNA col passare del tempo in pazienti che sviluppano Parkinson, i ricercatori sperano di identificare alcuni degli marchi di garanzia più in anticipo della malattia che può comparire anche prima che i sintomi sorgano.

Il nuovo gruppo di dati massiccio fa parte dell'iniziativa degli indicatori della progressione del Parkinson (PPMI), l'impronta del MJFF, studio di grande dati sulla malattia del Parkinson che è dati clinici, biologici e della rappresentazione di raccolta da 1.400 persone più almeno cinque anni. Il RNA che ordina i dati è stato analizzato all'interno dell'istituto di USC di genomica di traduzione e sta memorizzando e dividendo dal centro dati avanzato al laboratorio di neuro rappresentazione, una parte del segno di USC e Maria Stevens Neuroimaging ed istituto dell'informatica.

Il clinici incredibilmente ricchi, la rappresentazione ed i dati biologici raccolti per l'iniziativa già hanno aiutato i ricercatori meglio sotto e caratterizzano la malattia del Parkinson. I dati transcriptomic aggiunti di recente aggiungono un livello supplementare di diversità, permettendo all'identificazione delle relazioni fra le variabili che sarebbero altrimenti impossibili.„

Arthur W. Toga, Direttore del segno di USC e Maria Stevens Neuroimaging ed istituto di informatica

Lo sforzo fa parte di uno spostamento importante--entrambi nella ricerca di Parkinson e più largamente nello studio sulle malattie neurologiche--verso l'accoppiamento diretto degli strumenti di analisi di dati con gli archivi di dati. Fino ad oggi, i ricercatori che hanno desiderato accedere ai gruppi di dati attuali sono stati tenuti a scaricare i file massicci e scrupoloso ad organizzare, armonizzare ed analizzare i dati grezzi.

Ora, il gruppo ha cominciato co-ad individuare le tecnologie analitiche e di archiviazione di dati di visualizzazione, in moda da potere immediatamente condurre i ricercatori le analisi preliminari online senza scaricare alcuni file, mentre coloro che desidera eseguire le analisi più approfondite possono ancora accedere ai dati grezzi.

I ricercatori di PPMI aderiscono ai protocolli rigorosi per ottenere e la memorizzazione dei dati. Questo approccio robusto rende i dati altamente affidabili, diminuendo le contraddizioni o le sorgenti potenziali di tendenziosità.

“PPMI ha sviluppato il gruppo di dati del Parkinson più robusto fin qui, raccogliersi clinica, rappresentazione ed informazioni biologiche dai volontari più almeno cinque anni per capire meglio inizio e progressione di malattia,„ ha detto Todd Sherer, CEO del MJFF. “Il RNA di PPMI che ordina il progetto aumenta significativamente il valore dello studio e ci muove più vicino ai sui scopi per definire, misurare e trattare meglio la malattia del Parkinson.„

David W. Craig, co-direttore dell'istituto di genomica di traduzione al banco di Keck e Kendall Van Keuren-Jensen, dell'istituto di ricerca di traduzione di genomica, una filiale della città di speranza, sperano che il nuovo gruppo di dati possa aiutare meglio i ricercatori a capire la progressione della malattia e perfino a sviluppare le terapie mirate a.

“Una malattia neurologica o neurodegenerative può esistere per 10 - 15 anni prima che vediamo i cambiamenti nel cervello con la rappresentazione,„ ha detto Craig, di cui il gruppo è messo a fuoco sulla traduzione della tecnologia di genomica dal banco al lato del letto. “Se troviamo un indicatore nel sangue, quello può piombo alla diagnosi precoce ed agli interventi terapeutici più efficaci.„

Il segno di USC e Maria Stevens Neuroimaging e l'informatica istituiscono i host la vasta raccolta dei dati--il RNA che ordina gli importi soli a 108 Terabyte, l'equivalente di progetto di 47.520.000.000 interlinea singole pagine digitate--con il portale di aperto Access che combina le funzionalità analitiche e di visualizzazione di stoccaggio.

Corrente memorizza i dati da quasi 50.000 oggetti in 125 studi differenti, egualmente ha aperto la strada ai metodi sicuri per elaborare, la divisione e prevedere di grandi gruppi di dati. Oltre a ospitare i dati di PPMI, l'archivio dell'istituto è domestico all'iniziativa di Neuroimaging del morbo di Alzheimer, una collaborazione globale definire la progressione del morbo di Alzheimer.

“Ora che questi dati sono stati raccolti, il nostro scopo è di assicurare che continuino a rifornire le nuove scoperte di combustibile,„ la toga dice. “Che è che cosa determina il nostro istituto per continuare trovare i nuovi e modi innovatori connettere i ricercatori con i grandi e sempre più diversi gruppi di dati.„