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O RNA que arranja em seqüência dados adicionou ao estudo robusto da doença de Parkinson

Uma equipe na Faculdade de Medicina de Keck de USC, em colaboração com o Michael J. Fox Fundação para a pesquisa de Parkinson (MJFF), apenas adicionou um elemento novo crucial - RNA que arranja em seqüência dados -- a seu estudo robusto da doença de Parkinson.

Arranjar em seqüência do RNA envolve analisar amostras de sangue para compreender como os scripts genéticos são expressados em vários processos biológicos, incluindo estados da doença. Olhando mudanças no RNA ao longo do tempo nos pacientes que desenvolvem Parkinson, os pesquisadores esperam identificar algumas das indicações as mais adiantadas da doença que pode aparecer mesmo antes que os sintomas elevarem.

O conjunto de dados novo maciço é parte da iniciativa dos marcadores da progressão do Parkinson (PPMI), a assinatura do MJFF, estudo dos grande-dados da doença de Parkinson que se acaba dados da coleta clínicos, biológicos e da imagem lactente de 1.400 indivíduos pelo menos cinco anos. O RNA que arranja em seqüência dados foi analisado dentro do instituto de USC da genómica Translational e está sendo armazenado e compartilhado pelo centro de dados avançado no laboratório da imagem lactente Neuro, uma parte de Mark de USC e Mary Stevens Neuroimaging e instituto da informática.

O clínicos incredibly ricos, a imagem lactente e os dados biológicos recolhidos para a iniciativa já ajudaram pesquisadores melhor abaixo e caracterizam a doença de Parkinson. Os dados transcriptomic recentemente adicionados adicionam uma camada adicional de diversidade, permitindo a identificação dos relacionamentos entre as variáveis que seriam de outra maneira impossíveis.”

Arthur W. Toga, director de Mark de USC e Mary Stevens Neuroimaging e instituto da informática

O esforço é parte de uma SHIFT importante--ambos na pesquisa de Parkinson e mais amplamente no estudo de doenças neurológicas--para o acoplamento directo de ferramentas de análise dos dados com ficheiros dos dados. Até recentemente, os pesquisadores que desejaram alcançar conjunto de dados existentes foram exigidos transferir limas maciças e cuidadosa organizar, harmonizar e analisar dados brutos.

Agora, a equipe começou a coimplantar tecnologias o analítico e do armazenamento de dados do visualização, de modo que os pesquisadores pudessem imediatamente conduzir análises preliminares em linha sem transferir nenhumas limas, quando aquelas que desejam executar umas análises mais detalhadas puderem ainda alcançar dados brutos.

Os pesquisadores de PPMI aderem aos protocolos restritos para obter e armazenar dados. Esta aproximação robusta torna os dados altamente confiáveis, reduzindo inconsistências ou fontes potenciais de polarização.

“PPMI construiu o conjunto de dados do Parkinson o mais robusto até agora, coleta clínica, imagem lactente e informação biológica dos voluntários sobre pelo menos cinco anos para compreender melhor o início e a progressão da doença,” disse Todd Sherer, CEO do MJFF. “O RNA de PPMI que arranja em seqüência o projecto aumenta significativamente o valor do estudo e move-nos mais perto de seus objetivos para definir, medir e tratar melhor a doença de Parkinson.”

David W. Craig, co-director do instituto da genómica Translational na escola de Keck, e Kendall Van Keuren-Jensen, do instituto de investigação Translational da genómica, uma filial da cidade da esperança, esperam que o conjunto de dados novo pode ajudar pesquisadores melhor a compreender a progressão da doença e a desenvolver mesmo terapias visadas.

“Uma doença neurológica ou neurodegenerative pode existir para 10 15 anos antes que nós ver mudanças no cérebro com a imagem lactente,” disse Craig, cuja a equipe é centrada sobre a tradução da tecnologia da genómica do banco à cabeceira. “Se nós encontramos um indicador no sangue, aquele pode conduzir a um diagnóstico mais adiantado e a umas intervenções terapêuticas mais eficazes.”

Mark de USC e Mary Stevens Neuroimaging e informática instituem anfitriões a coleção de dados vasta--o RNA que arranja em seqüência quantidades sozinhas do projecto a 108 Terabyte, o equivalente de 47.520.000.000 único-espaçou páginas datilografadas--junto com o portal do aberto-acesso que combina funcionalidades do armazenamento, as analíticas e do visualização.

Armazena actualmente dados de quase 50.000 assuntos em 125 estudos diferentes, igualmente abriu caminho métodos seguros para processar, compartilhar e visualizar de grandes conjunto de dados. Além do que o acolhimento de dados de PPMI, o ficheiro do instituto é home à iniciativa de Neuroimaging da doença de Alzheimer, uma colaboração global definir a progressão da doença de Alzheimer.

“Agora que estes dados foram recolhidos, nosso objetivo é assegurar que continuam a abastecer descobertas novas,” a toga diz. “Que é o que conduz nosso instituto para se manter encontrar maneiras novas e inovativas de conectar pesquisadores com os grandes e conjunto de dados cada vez mais diversos.”