Proteomics & spettroscopia di massa del diametro nella ricerca di malattia di Neurodegenerative

insights from industryNicholas DupuisDirector of Scientific Business DevelopmentBiognosys

Biognosys recentemente ha presentato i dati dai sui flussi di lavoro aggiornati di proteomics basati diametro in CSF alla società per la neuroscienza 2019 in Chicago, IL. Le scienze biologiche Notizia-Mediche hanno preso con Nicholas Dupuis dopo che la riunione per discutere che cosa è nuovo in proteomics e spettrometria di massa del diametro.

Perché dovrebbe il proteomics essere la tecnologia scelta negli studi multiplexati di quantificazione della proteina?

A proteomics multiplo basato a spettrometria di massa è appena uno strumento che può essere applicato per quantificazione imparziale della proteina nelle matrici complesse quali plasma, urina, il CSF ed il tessuto, che sono ricche in analiti biologici. Ma offre i vantaggi unici che sono diventato più evidenti mentre la tecnologia ha continuato ad avanzare.

In particolare, l'approccio di spettrometria di massa può fare il migliore uso dei campioni preziosi, ora quantificante una grande percentuale del proteome espresso (per esempio, fino a molte migliaia di proteine), con i requisiti molto modesti del campione.

Ulteriormente, l'ordinamento del peptide assicura la sua alta specificità per evitare alcune delle sfide ben note con agli gli agenti di cattura basati a affinità. In un esperimento correttamente progettato, la tariffa falsa di scoperta (FDR) è controllabile ad un 1% standard.

Infine e forse per di più, il metodo è altamente quantitativo (relativo o assoluto), dove il cv mediano attraverso migliaia di proteine è in genere bene inferiore a 10%, in modo da significa che i cambiamenti sottili al proteome globale del campione facilmente sono individuati e quantificati con alta fiducia.

Sergei Drozd/Shutterstock

Come gli esperimenti del diametro forniscono un vantaggio sopra gli studi di DDA?

Il diametro amplia le capacità di strumentazione moderna di spettrometria di massa. Ciò recentemente è stata dimostrata quando abbiamo indicato che il diametro ha basato l'acquisizione ci ha permesso di sorpassare il limite teorico per acquisizione basata DDA nelle acquisizioni monostabili. Il risultato è che il diametro assicura che ci siano molto pochi valori mancanti in un insieme di dati, massimizzante il numero delle proteine per l'analisi di biomarcatore e migliorante l'utilità globale di un esperimento.

Questi vantaggi inseriscono direttamente nella scalabilità dell'approccio del diametro, che infine permette ad un'analisi di insiemi molto più grandi del campione sull'ordine di 100s o persino di 1000s dei campioni.

Usando la spettrometria di massa del diametro, come possiamo sviluppare e migliorare la ricerca di Alzheimer?

L'ANNUNCIO è una malattia neurodegenerative estremamente complessa dove molti fattori, quale la predisposizione genetica (genoma) e l'esposizione agli stimoli esterni (exposome), può svolgere un ruolo vitale nell'inizio e nello sviluppo della malattia. Questi fattori egualmente derivano in una popolazione altamente eterogenea dei pazienti dell'ANNUNCIO dalle fasi differenti di malattia, che rendono loro sfidare della stratificazione estremamente basato su singolo o su un piccolo comitato dei biomarcatori.

Recentemente abbiamo aggiornato i nostri flussi di lavoro di DIA-MS, che permettono alla alto-capacità di lavorazione ed alla quantificazione robusta di migliaia di proteine attraverso 10s a 100s dei campioni da µl soltanto 100 del CSF. Il nostro lavoro recente, pubblicato alla società per la riunione annuale della neuroscienza, evidenzia la potenza di questi flussi di lavoro in uno studio del proof of concept sui pazienti dell'ANNUNCIO.

Crediamo che questo strumento, che aumenta significativamente il numero delle proteine visibili in CSF, permetta alla caratterizzazione fenotipica più accurata dei pazienti attraverso molte malattie neurodegenerative e supporti lo sviluppo delle droghe di destra per i pazienti giusti.

Che cosa rende Biognosys ed i sui prodotti unici?

Il fuoco di Biognosys' durante questi ultimi anni è stato sullo sviluppo continuato di spettrometria di massa di acquisizione dell'dato-indipendente (DIA-MS) e ci sforziamo di restare sul bordo di attacco di quantificazione della proteina con le modalità multiple di acquisizione. Tuttavia, mentre i metodi e la tecnologia di fondo hanno maturato, abbiamo ampliato il nostro fuoco per migliorare la robustezza e la capacità di lavorazione di metodo, intendenti migliorare il disgaggio delle analisi del campione, mentre manteniamo i numeri e la precisione ad alta percentuale proteica.

Ciò è permessa tramite la collaborazione vicina fra la nostri R & S e dipartimenti di servizi della ricerca del contratto, con i venditori principali di spettrometria di massa ed i gruppi accademici in proteomics. Di conseguenza, quando i clienti stanno guardando per applicare un approccio di proteomics nella loro ricerca, potranno accedere al proteomics avanzato in un laboratorio robusto ed evolutivo.


Circa Nicholas Dupuis

Il Dott. Nicholas Dupuis ha unito Biognosys nel 2017 come Direttore di sviluppo di affari scientifico.

Nicholas ha in 15 anni di esperienza nei moduli multipli di spettrometria di massa e delle applicazioni allo studio sui sistemi biologici. Recentemente, Nicholas ha messo a fuoco sull'applicare le tecnologie di spettrometria di massa per gli studi diagnostici e di traduzione di biomarcatore.

A Biognosys è particolarmente interessato nell'applicazione dei metodi proteomic imparziali all'analisi di biomarcatore in oncologia, neuroscienza ed immunologia.  

Citations

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    Biognosys AG. (2019, November 21). Proteomics & spettroscopia di massa del diametro nella ricerca di malattia di Neurodegenerative. News-Medical. Retrieved on December 15, 2019 from https://www.news-medical.net/news/20191119/Proteomics-DIA-Mass-Spectroscopy-in-Neurodegenerative-Disease-Research.aspx.

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