Proteomics y espectroscopia en masa del diámetro en la investigación de la enfermedad de Neurodegenerative

insights from industryNicholas DupuisDirector of Scientific Business DevelopmentBiognosys

Biognosys presentó recientemente datos de sus flujos de trabajo basados diámetro actualizados del proteomics en la CFS en la sociedad para la neurología 2019 en Chicago, IL. Las ciencias de la vida Noticia-Médicas alcanzaron Nicholas Dupuis después de que la reunión para discutir cuál es nuevo en proteomics y espectrometría de masa del diámetro.

¿Por qué debe el proteomics ser la tecnología elegida en estudios multiplexados de la cuantificación de la proteína?

El proteomics múltiplex espectrometría-basado masa es apenas una herramienta que puede ser aplicada para la cuantificación imparcial de la proteína en las matrices complejas tales como plasma, orina, CFS, y tejido, que son ricas en analitos biológicos. Pero ofrece las ventajas únicas que han llegado a ser más evidentes a medida que la tecnología ha continuado avance.

Particularmente, la aproximación de la espectrometría de masa puede hacer el mejor uso de muestras preciosas, ahora cuantificando un porcentaje grande del proteome expresado (e.g., hasta muchos millares de proteínas), con requisitos muy modestos de la muestra.

Además, la secuencia del péptido asegura su alta especificidad para evitar algunos de los retos bien conocidos con los agentes de captura afinidad-basados. En un experimento correctamente diseñado, el régimen falso del descubrimiento (FDR) es controlable en un 1% estándar.

Pasado, y quizás más importante, el método es altamente cuantitativo (relativo o absoluto), donde está el CV mediano a través de los millares de proteínas típicamente bien abajo del 10%, así que significa que los cambios sutiles al proteome global de la muestra están descubiertos y cuantificados fácilmente con alta confianza.

Sergei Drozd/Shutterstock

¿Cómo los experimentos del diámetro ofrecen una ventaja sobre estudios de DDA?

El diámetro despliega las capacidades de la instrumentación moderna de la espectrometría de masa. Esto fue demostrada recientemente cuando mostramos que el diámetro basó la adquisición nos permitió superar el límite teórico para la adquisición basada DDA en adquisiciones monoestables. El resultado es que el diámetro se asegura que haya muy pocos valores faltantes en un conjunto de datos, maximizando el número de proteínas para el análisis del biomarker y perfeccionando la utilidad total de un experimento.

Estas ventajas introducen directamente en la capacidad de conversión a escala de la aproximación del diámetro, que habilita final un análisis de equipos mucho más grandes de la muestra por orden de 100s o aún de 1000s de muestras.

¿Usando la espectrometría de masa del diámetro, cómo estamos capaces de desarrollar y de perfeccionar la investigación de Alzheimer?

El ANUNCIO es una enfermedad neurodegenerative extremadamente compleja donde muchos factores, tales como predisposición genética (genoma) y la exposición a los estímulos externos (exposome), puede desempeñar un papel vital en el inicio y el revelado de la enfermedad. Estos factores también dan lugar a una población altamente heterogénea de pacientes del ANUNCIO de diversos escenarios de la enfermedad, que rinden su desafiar de la estratificación extremadamente basado en único o un pequeño panel de biomarkers.

Hemos puesto al día recientemente nuestros flujos de trabajo de DIA-MS, que habilitan la alto-producción y la cuantificación robusta de millares de proteínas a través de 10s a 100s de muestras del µl solamente 100 de la CFS. Nuestro trabajo reciente, publicado en la sociedad para la reunión anual de la neurología, destaca la potencia de estos flujos de trabajo en una prueba del estudio del concepto en pacientes del ANUNCIO.

Creemos que esta herramienta, que aumenta importante el número de proteínas visibles en la CFS, habilitará una caracterización fenotípica más exacta de pacientes a través de muchas enfermedades neurodegenerative y soportará el revelado de las drogas de la derecha para los pacientes adecuados.

¿Qué hace Biognosys y sus productos únicos?

Foco de Biognosys el' durante los últimos años ha estado en el revelado continuado de la espectrometría de masa de la adquisición de la dato-independiente (DIA-MS), y nos esforzamos tirante en el borde delantero de la cuantificación de la proteína con modalidades múltiples de la adquisición. Sin embargo, como los métodos y la tecnología subyacentes se han madurado, hemos desplegado nuestro foco para perfeccionar la robustez y la producción del método, preponiéndose aumentar la escala de los análisis de la muestra, mientras que mantienen los números y la precisión de alto valor proteico.

Esto es hecha posible por la colaboración cercana entre nuestro R&D y departamentos de servicios de investigación del contrato, junto con vendedores de cabeza de la espectrometría de masa y grupos académicos en proteomics. Como consecuencia, cuando los clientes están observando para aplicar una aproximación del proteomics en su investigación, podrán llegar hasta proteomics marginal en un laboratorio robusto y escalable.


Sobre Nicholas Dupuis

El Dr. Nicholas Dupuis ensambló Biognosys en 2017 como director del desarrollo de negocios científico.

Nicholas tiene durante 15 años de experiencia en formas múltiples de la espectrometría de masa y de los usos al estudio de sistemas biológicos. Recientemente, Nicholas se ha centrado en la ejecución de las tecnologías de la espectrometría de masa para los estudios diagnósticos y de translación del biomarker.

En Biognosys él está determinado interesado en la aplicación de métodos proteomic imparciales al análisis del biomarker en oncología, neurología, e inmunología.  

Citations

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    Biognosys AG. (2019, November 21). Proteomics y espectroscopia en masa del diámetro en la investigación de la enfermedad de Neurodegenerative. News-Medical. Retrieved on December 15, 2019 from https://www.news-medical.net/news/20191119/Proteomics-DIA-Mass-Spectroscopy-in-Neurodegenerative-Disease-Research.aspx.

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