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Les scientifiques d'ICR effectuent la première évaluation globale des moyens chimiques de sonde

Un état neuf invite les chercheurs biomédicaux à employer les ressources web en ligne très soigneusement, tenant compte de leurs avantages et faiblesses complémentaires, en sélectant les sondes chimiques de petite molécule pour aider à répondre à leurs questions de recherches.

Dans aujourd'hui publié « d'état spécial » en future chimie médicinale de tourillon aujourd'hui (jeudi), les scientifiques à l'institut de la cancérologie, Londres, ont effectué la première évaluation globale de toutes les publiquement - ressources disponibles sur les sondes chimiques.

L'état recommande vivement que les chercheurs devraient éviter les moteurs de recherche généraux et l'information de catalogue de constructeur et au lieu employer deux genres de moyen en ligne - révisions expertes et grandes approches de calcul de caractéristiques - afin de prendre les meilleures décisions au sujet dont les sondes chimiques à employer dans la recherche biomédicale, et pour éviter également le choix faible des outils qui peuvent mener à des conclusions incorrectes.

Les sondes chimiques de petite molécule sont des outils importants qui sont très utilisés par des scientifiques pour modifier - habituellement pour empêcher - l'activité de différentes protéines dans les cellules ou les organismes d'isolement et par conséquent pour déterminer leur fonctionnement. Des sondes chimiques sont également employées pour vérifier le rôle d'une protéine particulière dans les maladies telles que le cancer, et pour aider à valider cette protéine comme objectif pour de futurs médicaments.

Les sondes de petite molécule fournissent une approche alternative aux technologies génétiques telles que l'interférence ARN et le CRISPR - en fait le produit chimique et les approches génétiques sont très complémentaires et hautement efficaces une fois utilisés dans le harnais ensemble.

Malheureusement, beaucoup de composés de petite molécule qui ont été prétendus pendant que le produit chimique sonde, et d'employés souvent très largement, ne sont pas suffisamment spécifiques pour la protéine d'intérêt - et l'emploi de eux peut produire des résultats incorrects. Quelques composés ont heurté quelques objectifs supplémentaires de protéine tandis que d'autres heurtaient un grand nombre d'autres.

Il y a une nécessité pressante de fournir les savants en biomédecine l'information appropriée de sorte qu'ils puissent sélecter les meilleures sondes chimiques pour leurs expériences, aidant à s'assurer que leurs découvertes de recherches sont robustes.

Un défi majeur est que les informations sur les sondes chimiques potentielles sont dispersées en travers de beaucoup de différentes publications scientifiques et d'autres sources, le rendant difficile pour que des scientifiques effectuent un choix entièrement au courant - particulièrement si le chercheur n'est pas un expert en matière de biologie, de pharmacologie ou de découverte de médicaments chimique. Heureusement, l'aide a été reçue au cours des dernières années par le développement publiquement - des moyens en ligne procurables sur les sondes chimiques.

L'équipe des chercheurs chimiques de sonde à l'institut de la cancérologie (ICR) discutent les différentes ressources web variées qui fournissent l'information pour guider le choix des outils chimiques - les trouvant ce toutes ont leurs propres forces et limitations. Elles fournissent le conseil convivial sur la façon dont diriger ces moyens pour sélecter les meilleures sondes chimiques pour les besoins d'un chercheur.

L'état souligne la valeur des moyens qui fournissent des révisions écrites par les experts en matière chimiques de sonde. Il met en valeur particulièrement le portail chimique de sondes où les experts en matière chimiques de biologie fournissent actuel des évaluations sur 192 sondes chimiques pour 181 protéines différentes d'intérêt et offre le conseil sur la façon dont mieux les employer. Le portail a également l'information en circuit environ 200 autres composés de petite molécule qui devraient plus n'être utilisés, quoiqu'on de ces derniers aient pu avoir été employés considérable dans le passé.

Mais il y a également quelques limitations aux moyens qui se fondent sur l'inspection professionnelle experte. Par exemple, la plupart des sondes évaluées sur l'acte portail de sondes chimiques sur les familles de protéines particulières (kinases, récepteurs G-protéine-accouplés, phosphodiestérases, protéines épigénétiques et membres de la famille BCL2) et beaucoup d'autres familles de protéines ne sont pas encore couvertes. De plus, il n'est pas aussi facile de maintenir de tels moyens à jour, puisqu'ils se fondent sur d'entrée manuelle des vérificatrices volontaires. Les modifications sont en cours pour aborder ces remarques et pour effectuer d'autres améliorations au portail.

L'état met l'accent sur également l'utilité des moyens qui fournissent l'évaluation objective des sondes chimiques utilisant l'analyse de calcul de grande puissance et quantitative. Il met en valeur le mineur de sonde, un moyen basé sur le WEB public qui a été lancé par l'équipe de recherche d'ICR en 2017 avec le financement de Wellcome. Le mineur de sonde a plusieurs avantages clé. Elle est objective, caractéristique caractéristique, quantitative et très complète - basé sur des caractéristiques de bioactivité pour plus de 300.000 petites molécules agissant sur plus de 2.300 protéines humaines. Les bases de données fondamentales sont fréquemment actualisées, s'assurant que des analyses sont effectuées utilisant la dernière information.

Mais les chercheurs ont également averti que quelques points d'émission de données et sondes chimiques pourraient être manqués de ces systèmes de calcul - et aussi qu'il pourrait être difficiles interpréter les hiérarchies des sondes pour des biologistes manquant des compétences détaillées dans la biologie chimique.

L'état conclut que l'amélioration prolongée des moyens en ligne améliorera le choix des sondes chimiques de haute qualité et augmentera la robustesse de la recherche biomédicale. Il recommande que les moyens caractéristique caractéristique expert-observés et de calcul complémentaires devraient être employés à côté de l'un l'autre pour assurer les meilleures décisions au sujet de quel produit chimique usine à utiliser-et que ceci pourrait aller un long chemin à traiter les problèmes majeurs avec l'usage actuel des sondes chimiques en science biomédicale et découverte de médicaments.

Les auteurs reconnaissent également qu'il y a un défi important pour mettre au courant des biologistes des moyens procurables et pour encourager leur utilisation. Ils encouragent la diffusion large des recommandations dans l'état et la prise par des chercheurs, des bailleurs de fonds de recherches, des tourillons et des constructeurs d'améliorer la qualité et la robustesse de la recherche biomédicale.

Étudiez professeur Bissan Al-Lazikani, chef des codirigeants de la Science de caractéristiques à l'institut de la cancérologie, Londres, avez dit :

Les sondes chimiques sont les outils indispensables dans la recherche biomédicale, jouant une fonction clé en comprenant comment les protéines fonctionnent et quel choc elles ont en cellules cancéreuses. Ces outils de produit chimique actionnent fréquemment également le début des campagnes pour découvrir les médicaments contre le cancer neufs. Ainsi il est primordial que les scientifiques soient attentifs et complets en choisissant le produit chimique sonde pour leurs expériences. La défaillance de faire ainsi peut avoir comme conséquence des résultats peu fiables ou fallacieux.

Pendant les dernières cinq années, nous avons vu une augmentation dans les efforts pour rassembler toutes les données disponibles sur les caractéristiques et la qualité des sondes de produit chimique dans les bases de données publiquement accessibles, y compris notre propre moyen caractéristique caractéristique, mineur de sonde.

Dans notre examen des moyens chimiques en ligne variés de sonde procurables nous avons constaté qu'elles toutes ont leurs propres mérites, et que les grandes approches de caractéristiques sont un pas en avant important en rassemblant la preuve la plus à jour. Nous devons réellement combiner les différentes sources d'information de sorte que les chercheurs puissent obtenir les meilleures informations sur les sondes chimiques. »

Étudiez M. Albert Antolin, boursier post-doctoral des codirigeants de monsieur Henry Wellcome en pharmacologie de systèmes à l'institut de la cancérologie, Londres, avez dit :

Pour être utiles pour la recherche, les sondes chimiques réellement doivent être plus sélectrices pour un objectif que beaucoup de médicaments employés pour soigner des patients, où l'efficacité et la sécurité de la demande de règlement sont les critères les plus importants. Si les chercheurs veulent découvrir le rôle exact d'une protéine particulière dans le fuselage, ou dans la maladie, alors l'action sur plusieurs objectifs peut être fallacieuse ou complet inacceptable.

Il y a un vaste volume d'information sur les sondes chimiques potentielles mais cette information est étendue autour dans différents formats, ainsi les chercheurs biomédicaux ont besoin de l'aide trouver les meilleurs outils chimiques de haute qualité pour leur recherche. »

Étudiez professeur Paul Workman, Chief Executive des codirigeants de l'institut de la cancérologie, Londres, avez dit :

Le choix et l'utilisation faibles des sondes chimiques peuvent mener aux résultats incorrects et fallacieux. Il y a eu des cas où l'utilisation des composés de mauvaise qualité a abouti des scientifiques vers le bas entièrement la piste incorrecte, gaspillant le temps et le financement précieux, et même parfois ralentissement de la découverte des médicaments pour la demande de règlement des patients.

Il est incroyablement important que nous écartions le mot au sujet de l'importance de choisir prudemment les meilleures sondes chimiques dans la recherche biomédicale, ainsi nous pouvons mettre un arrêt à l'utilisation actuelle des outils périmés, et nous assurons que la science biomédicale mène aux résultats robustes et fiables.

Utilisant les moyens chimiques de sonde curated par des experts à côté de ceux actionnés par de grandes approches de caractéristiques est la meilleure voie de sélecter la bonne sonde sur la base de la preuve la plus récente. Nous invitons des chercheurs, des bailleurs de fonds, des tourillons scientifiques et des constructeurs à utiliser les recommandations dans l'état. »