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Les chercheurs d'université de Kanazawa décrivent taper génétique du putida de pseudomonas

Le putida de pseudomonas est une bactérie se produisant à la saleté, aux milieux aquatiques et aux centrales. Bien que la virulence des pseudomonas P. -- la capacité de la bactérie d'infecter son hôte et d'infliger une maladie -- est considéré inférieur, infection dans les patients sévèrement mauvais peut être mortel. Des tensions de putida de P. (aussi isolats appelés) ont été trouvées dans les hôpitaux, par exemple en urine, écoulement de sang ou de blessure des patients, et de tels isolats cliniques se sont avérées manifester la résistance aux médicaments. Maintenant, Kohei Ogura d'université de Kanazawa et collègues ont exécuté le gène ordonnançant pour différents isolats de putida de P. provenant des sites environnementaux et cliniques.

Taper génétique de différentes tensions de putida de P. active pour déterminer ce qui sont les plus virulents. C'est important parce que le putida de P. a la valeur biotechnologique élevée. En effet, le putida de P. est une plate-forme microbiologique parfaite pour « le bureau d'études métabolique », dans lequel a sélecté des procédés biochimiques dans les cellules d'un organisme sont stimulés de sorte que les cellules produisent plus d'une substance particulière. (Les exemples du bureau d'études métabolique comprennent la production industrielle de la bière, du vin et du fromage.)

Les chercheurs ont appliqué une technique connue sous le nom de séquence de multilocus tapant (MLST), une méthode employée en biologie moléculaire pour taper génétique de plus d'un lieu -- un lieu se rapporte à la position sur un chromosome où un gène spécifique est localisé.

La technique de MLST est basée sur obtenir des séquences d'ADN de plusieurs soi-disant « gènes de ménage : gènes qui sont nécessaires pour la maintenance du fonctionnement fondamental d'une cellule. Afin d'obtenir à un plan admissible de MLST, en général 100 isolats sont exigés. Ogura et collègues ont employé 106 isolats, avec 16 ayant une origine environnementale et 90 venant des sites cliniques. Pour le plan de MLST, les scientifiques ont employé 8 gènes de ménage.

Les scientifiques ont non seulement obtenu le premier plan de MLST pour le putida de P., ils pouvaient également déduire que les isolats étudiés de bactérie sont clonaux, signifiant qu'ils partagent l'ascendance courante. En même temps, les chercheurs ont constaté que « notre plan de MLST réfléchit la diversité génétique du groupe de putida de P. d'isolement dans les sites cliniques et environnementaux ».

Source:
Journal reference:

Ogura, K. et al. (2019) A multilocus sequence typing scheme of Pseudomonas putida for clinical and environmental isolates. Scientific Reports. doi.org/10.1038/s41598-019-50299-6