L'estesa analisi della proteina del tumore rivela i nuovi giocatori potenziali nel cancro

Guardando per guadagnare una comprensione più profonda del cancro, un gruppo piombo dai ricercatori all'istituto universitario di Baylor di medicina ha condotto un'estesa analisi di calcolo delle similarità e delle differenze nell'intero insieme delle proteine, chiamato il proteome, di più di 500 cancri da cinque siti differenti del tessuto. Pubblicato nelle comunicazioni della natura del giornale, il lavoro piombo alla classificazione dei cancri in 10 sottotipi, ciascuna compreso i cancri che hanno diviso le proteine comuni che sono sembrato partecipare alla malattia.

L'analisi proteomic ha confermato i giocatori molecolari di cui era stato compreso nel cancro prima, ma, d'importanza, rivelatore altri che non fossero comparso nelle analisi precedenti ha basato sulle componenti molecolari differenti. I risultati suggeriscono le vie molecolari novelle da considerare per ulteriore studio per quanto riguarda la loro partecipazione potenziale al cancro.

Il Cancro corrente è capito non come singola malattia, ma come collezione di malattie. Il Cancro può svilupparsi con le alterazioni nelle vie molecolari differenti ed in questo studio abbiamo applicato i dati dalle tecnologie di delineamento molecolari per selezionare le alterazioni della proteina che potrebbero essere collegate a cancro.„

Il Dott. Repubblica del Chad Creighton, autore corrispondente, professore associato di medicina e co-direttore di bioinformatica del Cancro del Dan L Cancro completo di Duncan concentra all'istituto universitario di Baylor di medicina

Creighton ed i suoi colleghi ed altri gruppi si sono avvicinati tradizionalmente al delineamento molecolare analizzando il mRNA piuttosto che i dati della proteina. Il RNA messaggero (mRNA) è il materiale genetico che realmente è tradotto in proteine.

“Quando esaminando i dati del mRNA, ha supposto che rappresentano che cosa accade al livello reale della proteina, ma questo non è sempre il caso,„ Creighton ha detto. “Le proteine possono essere modificate dopo che sono sintetizzate, per esempio e questo è che qualcosa dati del mRNA non mostrerebbe. Tuttavia, la maggior parte dei studi non acquistano i dati della proteina. Nello studio corrente abbiamo analizzato i dati della proteina, guardanti per identificare le vie molecolari che le analisi di dati precedenti del mRNA potrebbero mancare.„

Creighton ed i colleghi hanno funzionato con i dati dal consorzio clinico dell'analisi del tumore di Proteomic (CPTAC), che ha condotto il delineamento proteomic di più di 10.000 proteine nelle centinaia di cancri. Egualmente hanno esaminato la proteina del cancro ed i gruppi di dati del mRNA fuori di CPTAC. Nel totale, i ricercatori hanno analizzato i dati da più di 500 cancri che rappresentano cinque tipi di cancri: petto, colon, ovarico, renale ed uterino.

Il delineamento della proteina rivela i nuovi giocatori potenziali nel cancro

Analisi dei dati della proteina piombo alla classificazione dei cancri in 10 sottotipi, ciascuna con un insieme distinto delle alterazioni della proteina. I sottotipi hanno incluso i siti multipli del tessuto dell'organo che dividono le vie molecolari alterate terreno comunale. Conoscendo le vie suggerisce le opportunità terapeutiche potenziali.

“Abbiamo trovato che molti dei sottotipi che avevamo trovato basati sulle osservazioni del mRNA che abbiamo fatto prima del sostenuto quando abbiamo esaminato il livello della proteina,„ Creighton ha detto. “Interessante, quattro di questi 10 sottotipi realmente non fanno partecipare le cellule tumorali stesse. Rappresentano le differenze nel microenvironment del tumore, nelle celle ed in tessuti che circondano il tumore e questi sottotipi sono molto distinti l'uno dall'altro.„

Due dei quattro sottotipi hanno compreso le componenti immuni connesse con il microenvironment del tumore. Il primo sottotipo immune è stato caratterizzato dalla presenza di celle di T immuni. Il secondo sottotipo immune, d'altra parte, ha evidenziato la via di attivazione del complemento, che è una componente importante di infiammazione dipromozione pensata per svolgere un ruolo nell'inizio e nella progressione del cancro. Gli studi precedenti sembrano mancare la via di complemento come essendo associando con i sottotipi del cancro.

Un'altra individuazione del romanzo era la scoperta di tre sottotipi che non erano stati identificati nelle analisi mRNA basate precedenti.

“Alcune delle vie abbiamo trovato che associato con questi tre sottotipi non può essere associato comunemente con i cancri umani, ma i collegamenti a loro sono stati trovati,„ Creighton ha detto. “Un sottotipo ha compreso che l'apparato di Golgi della cella. I rapporti hanno collegato il Golgi a trasformazione maligna, per esempio. Un altro sottotipo, che era specifico a carcinoma renale, è stato associato con gli aumenti dell'emoglobina. Per concludere, il terzo sottotipo ha compreso il reticolo endoplasmatico, una componente intracellulare.„

I ricercatori sperano che gli studi come questo facciano un certo indicatore luminoso su alcune di queste vie che non sono buono studiate relativamente a cancro e stimolino ulteriore ricerca che può piombo alle terapie migliori o ai trattamenti novelli che potrebbero avvantaggiare i pazienti che non rispondono alla terapia.