A análise extensiva da proteína do tumor revela jogadores novos potenciais no cancro

Olhando para ganhar uma compreensão mais profunda do cancro, uma equipe conduzida por pesquisadores na faculdade de Baylor da medicina conduziu uma análise computacional extensiva das similaridades e das diferenças no grupo inteiro de proteínas, chamado o proteome, de mais de 500 cancros de cinco locais diferentes do tecido. Publicado nas comunicações da natureza do jornal, o trabalho conduziu à classificação dos cancros em 10 subtipos, cada os cancros inclusivos que compartilharam das proteínas comuns que pareceram ser envolvidas na doença.

A análise proteomic confirmou os jogadores moleculars de que tinha sido envolvido no cancro antes, mas, importante, revelado outro que não tinham aparecido em análises precedentes baseou em componentes moleculars diferentes. Os resultados sugerem os caminhos moleculars novos a ser considerados para um estudo mais adicional em relação a sua participação potencial no cancro.

O cancro é compreendido actualmente não como uma única doença, mas como uma coleção das doenças. O cancro pode tornar-se com as alterações em caminhos moleculars diferentes, e neste estudo nós aplicamos dados das tecnologias de perfilamento moleculars para classificar para fora as alterações da proteína que poderiam ser ligadas ao cancro.”

O Dr. Chade Creighton, autor correspondente, professor adjunto da medicina e co-director da bioinformática do cancro do Dan L cancro detalhado de Duncan centra-se na faculdade de Baylor da medicina

Creighton e seus colegas e outros grupos aproximaram tradicional o perfilamento molecular analisando o mRNA um pouco do que dados da proteína. O RNA de mensageiro (mRNA) é o material genético que é traduzido realmente em proteínas.

“Quando olhando dados do mRNA, ele sups que representam o que acontece a nível real da proteína, mas este não é sempre o caso,” Creighton disse. As “proteínas podem ser alteradas depois que estão sintetizadas, por exemplo, e este é que algo dados do mRNA não mostraria. Não obstante, a maioria de estudos não adquirem dados da proteína. No estudo actual nós analisamos os dados da proteína, olhando para identificar os caminhos moleculars que as análises de dados precedentes do mRNA puderam ter faltado.”

Creighton e os colegas trabalharam com dados do consórcio clínico da análise do tumor de Proteomic (CPTAC), que conduziu o perfilamento proteomic de mais de 10.000 proteínas nas centenas de cancros. Igualmente examinaram a proteína do cancro e os conjunto de dados do mRNA fora de CPTAC. No total, os pesquisadores analisaram dados de mais de 500 cancros que representam cinco tipos de cancro: peito, dois pontos, ovariano, renal e uterina.

O perfilamento da proteína revela jogadores novos potenciais no cancro

Análise dos dados da proteína conduzidos à classificação dos cancros em 10 subtipos, cada um com um grupo distinto de alterações da proteína. Os subtipos incluíram os locais múltiplos do tecido do órgão que compartilham de caminhos moleculars alterados terra comum. Conhecendo os caminhos sugere oportunidades terapêuticas potenciais.

“Nós encontramos que muitos dos subtipos que nós tínhamos encontrado baseados nas observações do mRNA que nós fizemos antes do sustentado quando nós olhamos o nível da proteína,” Creighton disse. “Interessante, quatro destes 10 subtipos realmente não envolvem as células cancerosas elas mesmas. Representam as diferenças no microambiente do tumor, nas pilhas e nos tecidos que cercam o tumor, e estes subtipos são muito distintos de se.”

Dois dos quatro subtipos envolveram os componentes imunes associados com o microambiente do tumor. O primeiro subtipo imune foi caracterizado pela presença de pilhas de T imunes. O segundo subtipo imune, por outro lado, destacou o caminho da activação do complemento, que é um componente importante da inflamação depromoção pensado para jogar um papel na iniciação e na progressão do cancro. Os estudos precedentes parecem ter faltado o caminho de complemento como sendo associado com os subtipos do cancro.

Outro encontrar da novela era a descoberta de três subtipos que não tinham sido identificados em análises mRNA-baseadas precedentes.

“Alguns dos caminhos que nós encontramos que associado com estes três subtipos não pode geralmente ser associado com os cancros humanos, mas as relações a eles estiveram encontradas,” Creighton disse. “Um subtipo envolveu o instrumento de Golgi da pilha. Os relatórios ligaram o Golgi à transformação maligno, por exemplo. Um outro subtipo, que fosse específico à carcinoma renal, foi associado com os aumentos da hemoglobina. Finalmente, o terceiro subtipo envolveu o segundo estômago endoplasmic, um componente intracelular.”

Os pesquisadores esperam que os estudos como este derramarão alguma luz em alguns destes caminhos que não são bons estudados com relação ao cancro e estimularão uma pesquisa mais adicional que possa conduzir às terapias melhoradas ou aos tratamentos novos que poderiam beneficiar os pacientes que não respondem à terapia.