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Algum arranjar em seqüência genético falta para fora grandes partes do genoma

Um estudo novo olhou as amostras pacientes que foram arranjado em seqüência genetically mais adiantado e encontrou que mais do que um quarto dos genes estão faltadas nestes procedimentos.

arranjar em seqüência genéticoCréditos de imagem: O artista do bioquímico/Shutterstock.com

Isto poderia significar que a detecção da desordem genética poderia ser defeituoso, diz os pesquisadores. Os resultados do estudo novo intitulado, “estudos clínicos de Exome têm a cobertura incompatível,” foram publicados na introdução a mais atrasada da química clínica do jornal.

Os pesquisadores do centro médico do sudoeste de UT explicaram que as crianças que se submetem a arranjar em seqüência genético completo podem faltar para fora em um pedaço enorme de seu ADN da análise completamente.

Segmentos faltados de amostras pacientes do ADN

Olharam amostras pacientes de três laboratórios nos Estados Unidos e encontraram que o exome inteiro que arranja em seqüência ou que arranja em seqüência inteiro do genoma dos pacientes falta para fora em grandes segmentos do ADN em uma base rotineira. Esta diferença pode impedir a detecção adequada de diversas doenças genéticas, incluir cancros e epilepsia, escrevem.

Os resultados das amostras de três laboratórios reanalyzed, e encontrou-se que os laboratórios tinham examinado 34, 66, e 69 por cento do ADN somente em seu arranjar em seqüência. A equipe explicou que tinha havido uns relatórios das diferenças nos padrões de teste dos laboratórios diferentes, e este não tem sido documentado antes.

O parque de Jason, um dos co-autores do estudo e o professor adjunto da patologia em UT do sudoeste, disseram, “muitos dos médicos que pedem estes testes não sabem que este está acontecendo. Muitos de seus pacientes são crianças com desordens neurológicas, e querem obter o teste de diagnóstico o mais completo. Mas não realizam que arranjar em seqüência inteiro do exome pode faltar algo que um teste genético mais visado encontraria.”

Os resultados

Os resultados mostrados:

  • Laboratório A - VCRome usado v2.0 (Roche que arranja em seqüência soluções) ou xGen o painel v1.0 da pesquisa de Exome (tecnologias integradas do ADN) e coberto 69 por cento dos genes (12.184 de 17.723 genes)
  • Laboratório B - VCRome usado v2.1 (Roche) e coberto 66 por cento dos genes (11.687 de 17.723 genes)
  • Laboratório C - SureSelect usado XT2 todo o Exon v4 (Agilent) ou pesquisa clínica Exome (Agilent) e coberto 34 por cento dos genes (5.989 de 17.723 genes)

O parque explicou que para arranjar em seqüência ou exome inteiro do genoma que arranjam em seqüência, os laboratórios olham rotineiramente os genes deprodução das amostras, e destes, tendem a localizar as mutações genéticas que poderiam conduzir à doença.

Adicionou que há ao redor 18000 exomes que precisam de ser arranjados em seqüência, e assim muitos podem ser negligenciados ou faltado para fora. Advertiu que quase a metade dos testes não encontra uma mutação. Este estudo novo olhou porque muitos destes testes voltam com resultados negativos, disse.

Por que as partes do genoma estão sendo negligenciadas?

Para este estudo, olharam amostras pacientes para 36 pacientes entre 2012 e 2016. Destas amostras, 12 tinham sido analisados primeiramente por três laboratórios clínicos nacionais, e seus resultados tinham sido variados extensamente. Os autores do estudo encontraram que o genoma dos pacientes não estêve analisado inteiramente porque os laboratórios não eram seguintes protocolo indústria-recomendado e aceitado de um uniforme para a análise.

A análise adequada dos exomes inclui arranjar em seqüência cada segmento esse códigos para uma proteína pelo menos vinte vezes pelo teste. Entre todas as 36 amostras, menos de 1,5 por cento dos genes foram analisados completamente, e um laboratório revelou particularmente que 28 por cento dos genes estiveram deixados não-examinados. Este laboratório examinou somente 5 por cento do ADN que foi analisado sempre. Contudo um outro laboratório trabalhado consistentemente em 27 por cento do genoma e faltado para fora no resto, a equipe escreveu.

Que poderia este meio para diagnosticar a doença?

O parque disse, “e as coisas começam realmente cair distante quando você começa pensar sobre a utilização destes testes para ordenar para fora uma doença. Um resultado negativo do exome é sem sentido quando tão muitos dos genes não são analisados completamente.”

Parque de Jason, UT do sudoeste

A equipe explicou que ao tentar detectar uma condição genética tal como a epilepsia, notaram que um dos laboratórios examinou três quartos do genoma inteiro em uma amostra paciente quando examinou somente 40 por cento da amostra outras em três amostras. Um outro laboratório examinou menos de 20 por cento da seqüência inteira, eles escreveram.

A equipe escreveu, “o uso das medidas médias em grandes conjunto de dados tais como o exome/genoma é somente significativo quando a média é descrita mais em combinação com outras estatísticas sumárias tais como o desvio padrão e o coeficiente de variação… As estatísticas adicionais tais como os genes cobertos completamente igualmente permitirão uma avaliação mais exacta da validez do teste e exerceriam pressão sobre laboratórios clínicos para conseguir uma consistência mais alta.”

Que necessidades de ser feito para melhorar isto?

Garrett Gotway, correspondência e primeiro autor do estudo e um geneticista clínico em UT do sudoeste, disse, “quando nós vimos estes dados que nós lhe fizemos uma prática regular pedir os laboratórios sobre a cobertura de genes específicos. Eu não penso que você pode esperar uma cobertura completa de 18.000 genes todas as vezes, mas é justa esperar 90 por cento ou mais.”

Adicionou que este estudo novo ajudaria médicos a se tornar mais cientes e a pedir laboratórios para olhar mais completamente o genoma antes de pronunciar resultados negativos.

Os exomes clínicos podem ser úteis em casos complexos, mas você provavelmente não precisa um se um cabrito tem a epilepsia e não tem outros problemas clínicos de complicação. Há uma possibilidade que aceitável o teste do exome voltará negativo e os pais são deixados ainda querer saber sobre a base genética para a doença da sua criança.”

Garrett Gotway, UT do sudoeste

A maneira para fora, sugeriu, foi uma análise completa de um painel pequeno dos genes associados com a doença. Isto salvar em custos e para levantar igualmente a possibilidade de um diagnóstico, disse.

“Embora o teste genomic é complexo, as ferramentas tradicionais do qualidade-controle tais como a execução de mapas do controle podem ser úteis visualmente em demonstrar a importância do intersample que arranja em seqüência a avaliação para genes inteiros ou os lugar variantes específicos,” os autores escreveram.

Concluíram, “consistência deficiente na cobertura completa do gene foram vistos nos laboratórios clínicos do exome examinados. O grau de consistência variou extensamente entre os laboratórios.”

 

Journal reference:

Gotway, G. et al. (2020). Clinical Exome Studies Have Inconsistent Coverage. Clinical Chemistry. DOI: https://doi.org/10.1093/clinchem.2019.306795

Dr. Ananya Mandal

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Dr. Ananya Mandal

Dr. Ananya Mandal is a doctor by profession, lecturer by vocation and a medical writer by passion. She specialized in Clinical Pharmacology after her bachelor's (MBBS). For her, health communication is not just writing complicated reviews for professionals but making medical knowledge understandable and available to the general public as well.

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