I ricercatori scoprono il nuovo chromothripsis mutational di fenomeno nel cancro

I ricercatori alla facoltà di medicina di Harvard e a EMBL-EBI hanno effettuato la più grande analisi attraverso i tipi del cancro dei chromothripsis mutational recentemente scoperti di fenomeno. Questo studio è il più grande del suo genere fin qui, contenendo il intero-genoma che ordina (WGS) i dati oltre da 2600 tumori che misurano 38 tipi differenti di cancri.

Chromothripsis

Chromothripsis, o “il cromosoma che si rompe„, è un trattamento mutational in cui i grandi allungamenti di un cromosoma subiscono le riorganizzazioni massicce in un singolo evento catastrofico. Il frammento cromosomico di regioni nei più piccoli pezzi, riorganizza e ricongiunge, piombo ad una nuova configurazione del genoma.

Completamente capendo come queste alterazioni determinano l'evoluzione del genoma del cancro e che meccanismi molecolari sono compresi nella loro generazione, sia punti importanti verso evoluzione di comprensione del genoma del cancro.

Questa ricerca è stata pubblicata nella genetica della natura come componente del Pan-Cancro che l'analisi di interi genoma (PCAWG) aggetta, uno sforzo globale che comprende la collaborazione internazionale oltre di 1300 scienziati. In questo studio, i ricercatori hanno indicato che gli eventi di chromothripsis sono molto più comuni attraverso molti tipi di cancri che precedentemente hanno ritenuto. Potrebbero anche direttamente collegare il chromothripsis agli marchi di garanzia comuni del genoma del cancro, compreso l'amplificazione dell'oncogene (un aumento nel numero delle copie di un gene che può causare il cancro) e la perdita di soppressori del tumore (geni che regolamentano la crescita e la divisione delle cellule).

Prevalenza di Chromothripsis nel cancro

Abbiamo integrato i dati del gruppo di lavoro oltre da 2600 tumori che misurano più di 30 tipi del cancro. Da questo abbiamo scoperto che gli eventi di chromothripsis ed altri tipi di riorganizzazioni complesse del genoma sono dominanti attraverso i cancri umani, con le frequenze maggiori di 50% dei tumori in un certo cancro digita.„

Isidro Cortés-Ciriano, guida del gruppo a EMBL-EBI e un ex ricercatore postdottorale alla facoltà di medicina di Harvard

Facendo uso dei gruppi di dati del gruppo di lavoro ha dato ai ricercatori una visualizzazione migliorata degli eventi di chromothripsis nel genoma del cancro. Studi precedenti che esaminano il ruolo del chromothripsis nelle tecnologie schieri schiera di basso risoluzione usata spesso di malattie congenite e del cancro. Qui i ricercatori potevano indicare che gli eventi di chromothripsis sono molto più prevalenti nel cancro che precedentemente stimati. Egualmente hanno caratterizzato i reticoli delle alterazioni massicce del genoma attraverso i tipi del cancro ed hanno studiato i meccanismi della riparazione del DNA coinvolgere nella loro generazione.

“Questo studio è ancora un altra dimostrazione della potenza del intero-genoma su grande scala che ordina,„ dice la sosta di Peter, professore dell'informatica biomedica alla facoltà di medicina di Harvard ed all'autore senior del documento. “Ha permesso che noi sondassimo la complessità sconcertante di genoma-rottura in genoma del cancro e caratterizzassimo le caratteristiche comuni attraverso le centinaia di casi.„

Chromothripsis e prognosi del cancro

“Le scoperte fatte in questo progetto permettono che noi capiamo meglio come il cancro sorge e si evolve come pure i reticoli delle alterazioni nel DNA dei tumori umani,„ dice Cortés-Ciriano. “Alcune di queste alterazioni hanno forti implicazioni cliniche e potrebbero aprire i nuovi viali per lo sviluppo terapeutico nel corso dei prossimi anni.„

I ricercatori dimostrano che il chromothripsis modella il genoma del tumore, piombo alla perdita di geni soppressori del tumore ed all'amplificazione degli oncogeni per determinare la progressione del cancro. Chromothripsis è stato associato con la prognosi difficile per i malati di cancro, ma continuando ci studia come questa guida per capire l'impatto del chromothripsis e di altre alterazioni su grande scala del genoma e come possono essere usati per la diagnosi del cancro in futuro.

Il progetto del Pan-Cancro

L'analisi del Pan-Cancro di intero progetto dei genoma è una collaborazione che fa partecipare più di 1300 scienziati e clinici da 37 paesi. Ha compreso l'analisi di più di 2600 genoma di 38 tipi differenti del tumore, creanti una risorsa enorme in genoma primari del cancro. Ciò era il punto di partenza affinchè 16 gruppi di lavoro studi gli aspetti multipli dello sviluppo, della causa, della progressione e della classificazione del cancro.

Source:
Journal reference:

Cortés-Ciriano, I., et al. (2020) Comprehensive analysis of chromothripsis in 2,658 human cancers using whole-genome sequencing. Nature Genetics. doi.org/10.1038/s41588-019-0576-7.