El rodio de SwRI evalúa las composiciones de la droga para el tratamiento posible del coronavirus

El software del descubrimiento de la droga en el instituto de investigación del sudoeste está desplegando la capacidad de revisar virtualmente las composiciones de la droga para el tratamiento posible del coronavirus y de otras enfermedades infecciosas.

La herramienta virtual de la investigación de Rhodium™ de SwRI evaluó recientemente 2 millones de composiciones de la droga en algunos días, esperando determinar las drogas de la alto-probabilidad que pueden tener eficacia contra el coronavirus con efectos secundarios adversos mínimos. Los científicos del instituto iniciaron la investigación de modelado molecular con el financiamiento interno de SwRI.

Conforme a la misión de SwRI de desarrollar las contramedidas médicas para las amenazas naturales y artificiales, estamos utilizando este software de modelado molecular propietario para ayudar a la comunidad de investigación a revisar a los candidatos de la droga a la investigación futura del coronavirus.”

El Dr. Jonatán Bohmann, científico principal de SwRI que lleva la investigación

De acuerdo con los resultados de modelado, SwRI team con los socios locales de la investigación, incluyendo el instituto de investigación biomédico de Tejas, para la fase próxima de los estudios para determinar a los candidatos más eficaces al revelado adicional de la droga y al despliegue final a las regiones virus-afectadas.

Antes del brote reciente del coronavirus, SwRI aumentó la capacidad de su software del rodio de explorar 250.000 composiciones de la droga por día, encima de su límite anterior de 25.000. Los investigadores aumentaron la capacidad con el nuevos tramitación, actualizaciones de software y técnicas de aprendizaje gráficos de máquina. Un modelo 3D de un coronavirus fue utilizado para evaluar las drogas potenciales de una biblioteca extensa de composiciones.

“Esto capacidad de tramitación avance está demostrando que la investigación virtual puede aumentar rápidamente el paso del descubrimiento de la droga, especialmente en situaciones pandémicas,” dijo al Dr. Shawn Blumberg, científico de la investigación de SwRI que ayudaba con el esfuerzo.

La investigación virtual aplica técnicas de cómputo para evaluar las pequeñas moléculas y para predecir cómo las estructuras de la proteína en enfermedades infecciosas atarán con las composiciones de la droga. Los fabricantes de drogas han estado girando a la investigación de cómputo como opción segura, eficiente y de poco costo a evaluar muestras físicas en un laboratorio en los primeros tiempos del revelado de la droga.

El “rodio, por ejemplo, se puede utilizar para encontrar composiciones altamente probables de bases de datos con cientos de miles de candidatos de la droga antes de la prueba del banco de trabajo en un laboratorio,” Bohmann agregó.

El rodio utiliza bibliotecas compuestas de la droga para predecir cómo las estructuras de la proteína en enfermedades infecciosas atarán con composiciones o una serie de composiciones conocidas como ligands. El alto análisis de la producción 3D del rodio de la proteína que atraca eficientemente selecciona ligands predecir cómo una composición obra recíprocamente con la estructura de la proteína. Sus herramientas del aprendizaje de máquina interpretan el análisis de la orden espesa de los resultados para un análisis de datos más rápido.

Los científicos de SwRI utilizan el rodio para interpretar datos obligatorios de la cristalografía de la radiografía, una técnica de uso general para obtener la estructura 3D, visualizando cómo pega con una proteína.