Aviso: Esta página é uma tradução automática da página original em inglês. Por favor note uma vez que as traduções são geradas por máquinas, não tradução tudo será perfeita. Este site e suas páginas da Web destinam-se a ler em inglês. Qualquer tradução deste site e suas páginas da Web pode ser imprecisas e imprecisos no todo ou em parte. Esta tradução é fornecida como uma conveniência.

O mapa o maior do mundo de conexões da proteína guardara indícios à saúde e à doença

O corpo humano é compor de biliões de pilhas, cada qual é e mantido com as interacções incontáveis entre suas peças moleculars. Mas que as interacções sustentam a saúde e qual podem causar a doença quando forem awry?

O projecto de genoma humano forneceu-nos uma “lista de peças” para a pilha, mas somente se nós podemos compreender como estas peças vão junto, ou interagimos, podemos nós realmente começar a compreender como a pilha trabalha e o que vai mal na doença.

mapa do geneCréditos de imagem: Tartila/Shutterstock.com

Para responder a estas perguntas, cientistas necessários um mapa da referência das interacções--um interactome-- entre as proteínas gene-codificadas, que compo pilhas e fazem a maioria do trabalho neles.

Desde meados de 1990 s, nossa equipe colaboradora empurrou a ideia que os mapas do interactome podem iluminar aspectos fundamentais da vida.”

Marc Vidal, director do centro para a biologia de sistemas do cancro (CCSB) no Dana-Farber Cancer Institute, Boston

“Nosso papel descreve o primeiro mapa humano da referência do interactome, constituindo “um andaime” da informação para compreender melhor como os genes defeituosos causam doenças tais como o cancro, mas também como vírus tais como o coronavirus que faz com que COVID-19 interaja com suas proteínas humanas do anfitrião,” diz Vidal.

Quase uma década na factura, o mapa humano da proteína é agora agradecimentos disponíveis a um esforço conjunto, envolvendo sobre 80 pesquisadores nos Estados Unidos, Canadá, Espanha, Bélgica, França e Israel, conduzidos comum por Vidal, por monte de David E e por Michael um Calderwood, no Dana-Farber Cancer Institute, no Frederick P Roth, na universidade do centro do Donnelly de toronto para a pesquisa celular e biomolecular.

O maior de seu tipo, o mapa de Interactome da referência do ser humano (HuRI) faz um mapa de 52.569 interacções entre 8.275 proteínas humanas, como descrito em um estudo publicado na natureza.

Os seres humanos mandam aproximadamente 20.000 genes mas cientistas da proteína-codificação ainda conhecer notàvel pouco sobre a maioria das proteínas que codificam. Felizmente, esta informação pode ser inferida dos agradecimentos dos dados da interacção “culpa ao princípio pela associação”, de acordo com que duas proteínas que têm similar sócios de interacção são envolvidas provavelmente em processos biológicos similares.

“Nós podemos usar nosso mapa humano do interactome para prever a função da proteína,” diz Roth, que é igualmente cientista superior no instituto de investigação do Lunenfeld-Tanenbaum de Sinai da saúde do sistema. Os “povos podem olhar acima sua proteína favorita e obter indícios sobre sua função das proteínas que interage com.”

Os dados já estão revelando introspecções importantes tais como papéis celulares novos para proteínas humanas e o que vai mal a nível molecular spur na doença.

Nesta veia, HuRI tem revelado já funções novas para as proteínas envolvidas na morte celular programada, na liberação da carga celular e nos outros processos.

E, integrando dados da interacção da proteína com expressão genética tecido-específica, as equipes puderam identificar redes da proteína atrás da revelação e da manutenção de tecidos diferentes, revelando alvos terapêuticos novos para as doenças genéticas diversas que incluem o cancro e potencial para doenças infecciosas também.

Além disso, usando HuRI como uma referência, podiam igualmente ver como doença-causando variações da proteína cause a rede que rewiring para revelar mecanismos moleculars atrás daquelas desordens particulares.

Do “arranjar em seqüência genoma pode identificar as variações levadas por um indivíduo que as fazem suscetíveis à doença, mas não revela como a doença é causada,” diz Mike Calderwood PhD, director científico do centro para a biologia de sistemas do cancro (CCSB) no Dana-Farber Cancer Institute.

As mudanças nas interacções de uma proteína são um mecanismo possível da doença, e este mapa fornece um ponto de partida para estudar o impacto de variações associadas doença em interacções da proteína-proteína.”

Mike Calderwood, director científico do centro para a biologia de sistemas do cancro (CCSB) no Dana-Farber Cancer Institute

As equipes de Toronto e de Boston fizeram previamente dois estudos menores que traçam um total de ~14.000 interacções da proteína. HuRI tem interrogado agora as proteínas codificadas por quase todos os genes humanos da proteína-codificação e expandidas a quatro-dobra do mapa.

Para criar HuRI, os pesquisadores co-expressaram em pares quase todas as proteínas humanas em pilhas de fermento. Quando as duas proteínas interagem, ou ligam um outro, formam um interruptor molecular que impulsione o crescimento da pilha de fermento--um sinal que uma interacção ocorreu.

A equipe testou todas as por pares combinações possíveis entre 17.500 proteínas para que sua capacidade interaja um com o otro em três versões separadas de um ensaio fermento-baseado, cada um feito a em três exemplares, atingindo três bilhão testes separados de desconcertamento.

Os resultados renderam a ~53.000 a alto-confiança interacções binárias entre mais de 8.000 proteínas, que foram verificadas por outros métodos. A maioria das interacções tinha sido detectada nunca antes.

Embora o mapa o maior de seu tipo até agora, o mapa permaneça incompleto, representando entre 2-11 por cento de todas as interacções humanas da proteína. Roth disse que essa uma razão pela qual muitas interacções foram faltadas é provavelmente porque as pilhas de fermento faltam determinados factores moleculars humano-específicos que são necessários para a função apropriada da proteína.

Apesar destas limitações, HuRI mais do que foi triplicado o número de interacções conhecidas entre proteínas humanas e servirá como um recurso importante para a comunidade de pesquisa. Já 15.000 povos visitaram o portal da web dos dados, que foi construído por milhas Mee, Mohamed Helmy, e Gary Bader (também no centro de Donnelly), desde que HuRI foi feito disponível no bioRxiv, um editor em linha do open source, em abril de 2019.

“Nós já mandamos lotes dos povos transferir o conjunto de dados inteiro e assim que eu imagino que nós veremos a iteração de nosso papel precedente, que já tem sido mencionado sobre 800 vezes e é menos do que um terço do tamanho de HuRI,” dizemos Roth.

Source: