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P-BEST : Le contrôle efficace rapide du virus COVID-19 avant des sympt40mes apparaissent

Une étude neuve hautement prometteuse publiée sur le medRxiv de serveur de prétirage indique en avril 2020 une méthode neuve efficace pour conduire le contrôle de haut-débit des prises de sang pour le coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de syndrôme respiratoire aigu sévère qui entraîne la pandémie rapidement de propagation de la maladie COVID-19 dans le monde entier. La méthode pourrait révolutionner le diagnostic des cas neufs avant qu'elles deviennent symptomatiques.

Pourquoi le test neuf a-t-il été développé ?

L'écart de SARS-CoV-2 semble avoir résisté à des efforts dans la plupart des pays démocratiques pour le contenir. Les études récentes indiquent que jusqu'à un tiers des gens infectés restez asymptomatique, et beaucoup plus jettent un grand nombre de virus avant le début des sympt40mes.

Étude : Contrôle élevé efficace du débit SARS-CoV-2 pour trouver des porteurs asymptomatiques. Crédit d
Étude : Contrôle élevé efficace du débit SARS-CoV-2 pour trouver des porteurs asymptomatiques. Crédit d'image : David Herraez Calzada/Shutterstock

En raison de la boîte de vitesses du virus des personnes asymptomatiques et presymptomatic, il est nécessaire de recenser par habitude toutes les personnes infectées pour arrêter la marche de la pandémie. Cependant, il y a les goulots d'étranglement significatifs empêchant la capacité d'effectuer un tel test diagnostique.

Ceux-ci comprennent non seulement les installations insuffisantes de laboratoire mais la disponibilité limitée des réactifs requis pour effectuer les tests en temps réel (rtPCR) d'amplification en chaîne par polymérase qui trouvent directement le virus.

Comment va-t-il le travail de test neuf ?

Le principe de la méthode d'essai neuve, P-BEST appelé - une méthode pour le contrôle SARS-CoV-2 efficace Basé sur Mettre en commun, est basée sur un pourcentage inférieur des transporteurs dans la population examinée, en-dessous de 1%. En pareil cas, l'échantillon mis en commun peut fournir une identification correcte de toutes les personnes positives avec une condition beaucoup inférieure des tests diagnostique comparés au contrôle individuel d'échantillon.

La méthode de groupe-contrôle est basée sur mettre des échantillons en commun dans des groupes, qui est vérifiée séparé pour le virus par l'analyse de rtPCR qui est le niveau de courant du test diagnostique. Utilisant une stratégie de mise en commun combinatoire maximise la chance de recenser tous les positifs dans un grand gisement.

L'étude actuelle

La présente étude était une étude d'épreuve-de-concept où 384 échantillons patients ont été mis en commun dans 48 gisements de 48 seuls échantillons chacun. Chaque gisement a été conçu sur la base d'un indicatif correcteur d'erreurs de Reed-Solomon. Le liquide se composant des échantillons dilués dans un tampon de lysis a été ajouté à chaque gisement par un robot robotisé.

Après ACP de mise en oeuvre sur chacun des 48 gisements dans chaque ensemble de 384 échantillons, les résultats ont été décomposés par un algorithme spécial de se traduire pour recenser les transporteurs. Chaque un tel transporteur a été alors recensé séparé.

Le temps de mise en commun a pris moins de 5 heures, et un laboratoire normal du niveau 2 de sécurité biologique a été employé en raison de l'inactivation de toutes les particules virales par le tampon de lysis employé pour diluer les différents échantillons.

Les échantillons étaient des patients déjà examinés. Le contrôle réglé s'est composé de quatre ensembles de 384 échantillons chacun. Chacune de ces derniers a eu un nombre accru de transporteurs positifs, de 2 dans le premier à 5 dans le quatrième.

Que l'étude a-t-elle trouvé ?

Les chercheurs ont constaté qu'employant P-BEST, ils pourraient correctement prendre tous les transporteurs positifs des quatre ensembles de 384 échantillons, mis en commun dans 48 gisements témoin. L'avantage important était que seulement 48 tests d'ACP requis pour être effectué pour chaque jeu. En d'autres termes, l'utilisation des réactifs a sauté octuple dans le rendement.

Quand ils ont simulé la méthode, on l'a constaté que P-BEST peut être employé pour recenser correctement tous les transporteurs, même jusqu'à 5/384 d'échantillons dans le jeu final, qui vient seulement à 1,3% du jeu de totalité. Le nombre de faux positifs est moins de 2,75, à moins de 0,33 négatifs.

Que l'étude montre-t-elle ?

L'étude prouve que des échantillons inactivés de virus peuvent être employés, avec les échantillons dilués dans le tampon de lysis. Ceci permet à des techniques de mise en commun robotisées d'être effectuées dans les laboratoires conformément aux niveaux plus bas de la sécurité biologique (BSL-2) dus à la nature non contagieuse des échantillons mis en commun. Le seul équipement supplémentaire requis est un robot de largage robotisé fondamental et facilement disponible pour l'usage de laboratoire.

L'augmentation du rendement de l'utilisation de réactif d'un facteur de 8 n'est pas le maximum qui peut être réalisé ; en augmentant le nombre d'échantillons mis en commun dans un jeu, encore l'épargne plus grande du réactif peut être accomplie avec le même matériel. Ceci peut amplifier le numéro des tests qui peuvent être faits avec les mêmes moyens en termes de pas simplement réactif, mais du personnel et du matériel de laboratoire.

Les expériences complémentaires tôt prouvent qu'un échantillon positif unique peut être sélectionné même d'un gisement de 128 sujets, tenant compte pour que plus de 1000 tests soient faits. Ainsi la technique de mise en commun actuelle, P-BEST, est de façon optimale conçue pour l'examen critique rapide et efficace des populations asymptomatiques à faible risque avec une fréquence porteuse inférieure. Elle ne devrait pas être employée pour examiner les gens qui sont au haut risque d'être infectés, par exemple, ceux qui ont entré en contact avec les patients COVID-19.

Avec une fréquence porteuse au-dessus de 1,3%, la méthode de P-BEST est moins efficace. Ceci a un avantage latéral : il peut aider à recenser des hotspots pour la transmission du virus. Les scientifiques concluent, « P-BEST fournit une solution efficace et de facile-à-instrument pour la capacité croissante de contrôle qui fonctionnera avec toutes les génome-extraction cliniquement reconnue et méthodologies diagnostiques basées sur ACP. »

Avis important

le medRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et, en conséquence, pour ne pas être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Journal reference:

Shenta, N., Levy, S., Wuvshet, V., et al. (2020). Efficient high throughput SARS-CoV-2 testing to detect asymptomatic carriers. medRxiv preprint. doi: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.14.20064618v1

Dr. Liji Thomas

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Dr. Liji Thomas

Dr. Liji Thomas is an OB-GYN, who graduated from the Government Medical College, University of Calicut, Kerala, in 2001. Liji practiced as a full-time consultant in obstetrics/gynecology in a private hospital for a few years following her graduation. She has counseled hundreds of patients facing issues from pregnancy-related problems and infertility, and has been in charge of over 2,000 deliveries, striving always to achieve a normal delivery rather than operative.

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