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Les collaborateurs internationaux proposent un plan neuf de hiérarchie pour classifier SARS-CoV-2

En novembre de 2019--vraisemblablement, encore plus tôt--une entité minuscule mesurant juste quelques cents milliardièmes d'un mètre de diamètre a commencé à déchirer la société humaine à l'échelle mondiale.

Dans quelques mois, le voyageur implacable connu sous le nom de SARS-CoV-2 avait effectué sa voie à chaque coin peuplé de la terre, laissant des scientifiques et des autorités de la santé avec trop de questions et peu de réponses.

Aujourd'hui, les chercheurs brouillent pour comprendre où et comment le coronavirus nouveau a surgi, quelles caractéristiques représentent la constellation incompréhensible de sympt40mes elle peut entraîner et comment le feu de forêt de la boîte de vitesses peut être maîtrisé.

Une part importante de cette recherche concernera des efforts pour classifier correctement ce virus humain émergent et pour comprendre comment il associe à d'autres virus que nous pouvons connaître plus.

Dans accord déclaration, Arvind Varsani, un virologue moléculaire avec le centre de Biodesign d'ASU pour Microbiomics principal et appliqué et une foule de collaborateurs internationaux proposent un système de catégorie neuf, capable de situer des coronaviruses comme SARS-CoV-2 dans l'énorme âme des virus en travers de la planète, connue sous le nom de virosphere.

Afin de classer adéquat cette diversité virale étonnante, le groupe propose un système de classification 15 luxuriant et décrit comment trois virus humains--coronavirus de syndrôme respiratoire aigu sévère (radar à ouverture synthétique CoV), virus Ebola, et virus herpès simplex 1, ajustement dans le cadre neuf.

Varsani est joint par d'autres membres exécutifs élus du comité international de la taxonomie des virus (ICTV), un organisme composé uniquement de volontaires de principaux virologues de partout dans le monde, consacré à concevoir une nomenclature réalisable pour définir la substance virale.

Dans l'ICTV, approximativement 100 groupes de travail distincts composés de spécialistes dans toutes les familles virales importantes travaillent pour porter la commande à l'écheveau embrouillé des éléments dans le virosphere.

La déclaration d'accord apparaît dans l'édition en ligne avancée de la microbiologie de nature de tourillon.

Un placard des virus

Le plan neuf de hiérarchie, une élaboration du système de catégorie binomial plus tôt a conçu par le taxonomist du 18ème siècle grand Karl Linnaeus, recherche à comporter le large éventail de divergence génétique dans le virosphere.

Comme cas de test, la déclaration d'accord montre comment trois virus humains peuvent être d'une manière ordonnée comportés au système neuf. Au niveau du royaume, les plus inférieurs et les plus inclus dans la taxonomie neuve, deux virus ARN, virus Ebola (EBOV) et coronavirus de syndrôme respiratoire aigu sévère (Radars à ouverture synthétique-CoV) sont groupés en tant que « riboviria », alors que l'herpès 1, un virus bicaténaire d'ADN, n'appartient pas au riboviria de royaume mais est classifié par cinq rangs traditionnels.

La conception d'une taxonomie virale incluse est d'importance pratique grande. Elle peut jouer un rôle indispensable en trouvant et en recensant les agents responsables des épidémies émergentes chez l'homme, le bétail ou les centrales. Déterminer un état taxonomique des virus tient compte de la transmission claire et sans ambiguïté parmi les virologues et la communauté scientifique plus grande.

Avec les études metagenomic virales (qui concernent ordonnancer le matériel génétique directement récupéré de l'environnement), nous découvrons un grand nombre de virus que nous ne pouvons pas réellement ne mettre dans aucune commande particulière.

Nous avons été chargés avec l'essai de fournir un meilleur cadre taxonomique. « Le plan neuf se fonde en partie sur la conservation des protéines virales principales et d'autres propriétés ont trouvé parmi les virus liés taxonomique pour des rangs plus élevés. »

Arvind Varsani, virologue moléculaire, centre de Biodesign pour Microbiomics principal et appliqué, ASU

Le virus entraînant la manifestation actuelle de la maladie de coronavirus, par exemple, a été récent nommé le « coronavirus 2" de syndrôme respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2), après le groupe de travail d'ICTV Coronaviridae a déterminé le virus appartient à la substance existante, coronavirus lié au syndrome respiratoire aigu sévère, » basé en partie sur les protéines économisées impliquées dans la réplication virale SARS-CoV-2. (Des catégories plus tôt des coronaviruses ont été en grande partie basées sur des études de réactivité sérologique avec les protéines virales de pointe, qui donnent à des coronaviruses leur apparence comme un macis caractéristique.)

Visualisation du virosphere

Même pour des scientifiques a employé à s'occuper des nombres hallucinogène extrêmes, le virosphere est presque unfathomably vaste. On l'a estimé que 100 virus pourraient être affectés à chaque étoile dans l'univers entier sans épuiser l'offre du monde, prévue à 1 nonillion (ou à 1 suivi de 30 zéros).

« Une chose importante au sujet de tous ces cadres pour la taxonomie virale est qu'ils sont dynamiques. Car nous découvrons plus de virus, les choses devront changer de vitesse, » Varsani dit.

« Et la même chose s'est produite dans le royaume floral, où les gens ont par le passé classifié des centrales basées sur des pétales, des lames et d'autres caractéristiques morphologiques. Et bientôt, pendant que l'information génétique est entrée, elle a contredit la catégorie antérieure que les gens ont eue.

« Ces éditions sont courantes en travers de la catégorie de plante, d'animal, fongique et bactérienne et prendront certainement beaucoup de convaincre aux proposants initiaux de cette taxonomie. Peut-être un exemple brut est la catégorie injustifiée d'une centrale comme marguerite dans la famille d'Asteraceae, mais en fait c'est une centrale qui imite une marguerite, parce qu'elle veut un pollinisateur particulier et n'est génétiquement pas une partie d'Asteraceae. »

Mais l'ampleur et la diversité génétique du virome sont juste le début des défis se posant à des chercheurs essayant de développer une taxonomie complète--une taxonomie méga--du monde viral. Les lignées virales, par exemple, sont exceptionnellement délicates pour taquiner à l'extérieur.

À la différence de toute la durée cellulaire sur terre, les virus acquièrent leur matériau génomique de beaucoup de sources, une propriété connue sous le nom de polyphylogeny. Les phénomènes comprenant le transfert horizontal des éléments génétiques permettent à des virus d'échanger librement des éléments de leur identité, laissant des chercheurs sans ligne d'origine claire.

De plus, les taux de mutation viraux sont beaucoup plus rapides et plus prolifiques que leurs homologues cellulaires, dû aux mécanismes faibles de la correction sur épreuves génomique et de correction d'erreurs, ainsi que pressions sélectrices poussant leur diversification implacable.

Unité et diversité

Avec d'autres organismes, diversité parmi des virus est extrême. Ils peuvent différer dans leur matériel génétique (ARN ou ADN) et structure fondamentale, (double ou simple échoué), ainsi que l'orientation de leurs gènes codés.

Une autre complication concerne le fait que des génomes viraux peuvent être distribués en travers des éléments distincts, parfois emballés ensemble dans un virion, ou dans les particules indépendantes de virus, qui sont nécessaires pour infecter une cellule pour que la réplication se produise.

Tandis que tous les eucaryotes partagent un dernier ancêtre courant, distinct de ceux des bactéries et des archéobactéries, permettant à des chercheurs de suivre leurs origines et divergences évolutionnaires beaucoup de milliards d'années dans le passé, manque de virus qu'un ensemble de gènes universellement économisés a dû construire une phylogénie correcte.

15 neufs la taxonomie luxuriante élabore sur le système à gradins de Linnaean 7 du royaume, phylum, classe, commande, famille, genre, substance. Elle emprunte également les éléments physiologiques de la soi-disant taxonomie de Baltimore, (développée par Prix Nobel David Baltimore).

Le système de Baltimore également identifie 7 niveaux mais est non hiérarchique et emploie des variables comprenant des stratégies de type et de réplication-expression de génome pour guider la catégorie virale.

La taxonomie neuve est un pas important vers l'avant à la recherche pour porter l'organisme global au monde viral. De plus, en dépit de la diversité extrême des histoires évolutionnaires actuelles dans les virus polyphyletic, une unité indiquant un gisement primordial des éléments génétiques de type viral commence à apparaître.

L'histoire suivante entière de la durée sur terre peut être affichée en tant que dynamique incessant entre ces agents égoïstes et leurs hôtes cellulaires.

Source:
Journal reference:

The new scope of virus taxonomy: partitioning the virosphere into 15 hierarchical ranks. Nature Microbiology. doi.org/10.1038/s41564-020-0709-x.