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Los colaboradores internacionales proponen un nuevo esquema de la graduación para clasificar SARS-CoV-2

En noviembre de 2019--probablemente, incluso anterior--una entidad minúscula que medía apenas unas centenas billionths de un contador en diámetro comenzó a destrozar a la sociedad humana a escala mundial.

Dentro de algunos meses, el viajero implacable conocido como SARS-CoV-2 había hecho su manera a cada esquina poblada de la tierra, dejando científicos y autoridades sanitarias con demasiadas preguntas y pocas respuestas.

Hoy, los investigadores están revolviendo para entender donde y cómo se presentó el coronavirus nuevo, qué características explican la constelación de desconcierto de síntomas puede causar y cómo el incendio fuera de control de la transmisión se puede traer bajo mando.

Una parte importante de esta búsqueda implicará esfuerzos de clasificar correctamente este patógeno humano emeregente y de entender cómo se relaciona con otros virus que podemos conocer más alrededor.

En consenso declaración, Arvind Varsani, un virólogo molecular con el centro de Biodesign de ASU para Microbiomics fundamental y aplicado y un ordenador principal de colaboradores internacionales proponen un nuevo sistema de clasificación, capaz de situar coronaviruses como SARS-CoV-2 dentro de la membrana enorme de virus a través del planeta, conocida como el virosphere.

Para categorizar adecuadamente esta diversidad viral asombrosa, el grupo propone un esquema de clasificación espeso 15 y describe cómo tres patógeno humanos--coronavirus de la neumonía asiática (SARS CoV), virus de Ebola, y virus 1, ajuste del herpes simple en el nuevo marco.

Varsani es ensamblado por otras piezas ejecutivas elegidas del comité internacional sobre la taxonomía de los virus (ICTV), una organización compuesta totalmente por voluntarios de virólogos de cabeza de todo el mundo, dedicada a diseñar una nomenclatura realizable para definir especie viral.

Dentro del ICTV, aproximadamente 100 grupos de trabajo distintos integrados por especialistas dentro de todas las familias virales importantes trabajan para traer orden a la madeja enredada de elementos en el virosphere.

La declaración del consenso aparece en la edición en línea avanzada de la microbiología de la naturaleza del gorrón.

Un armario de virus

El nuevo esquema de la graduación, una elaboración del sistema de clasificación binomio anterior concibió por el gran taxonomist del siglo XVIII Carl Linnaeus, intenta incorporar la gama completa de la divergencia genética en el virosphere.

Como caso de prueba, la declaración del consenso muestra cómo tres patógeno humanos pueden ser incorporados cuidadosamente en el nuevo sistema. En el nivel de reino, el más inferiores y el más inclusivos de la nueva taxonomía, de dos virus del ARN, del virus de Ebola (EBOV) y del coronavirus de la neumonía asiática (SARS-CoV) se agrupan como “riboviria”, mientras que el herpes simple 1, un virus doble-trenzado de la DNA, no pertenece al riboviria del reino sino son clasificados por cinco grados tradicionales.

La concepción de una taxonomía viral inclusiva es de gran importancia práctica. Puede desempeñar un papel vital en descubrir y determinar los agentes responsables de epidemias emeregentes en seres humanos, ganado o instalaciones. El establecimiento de un estado taxonómico de los virus permite la comunicación sin obstrucción e inequívoca entre los virólogos y la comunidad científica más amplia.

Con los estudios metagenomic virales (que implican el ordenar del material genético recuperado directamente del ambiente), estamos descubriendo una gran cantidad de virus que no podemos poner realmente en ninguna orden determinada.

Nos encargaron con intentar subir con un mejor marco taxonómico. “El nuevo esquema confía en parte en la protección de las proteínas virales dominantes y otras propiedades encontraron entre los virus taxonómico-relacionados para grados más altos.”

Arvind Varsani, virólogo molecular, centro de Biodesign para Microbiomics fundamental y aplicado, ASU

El virus que causaba el brote actual de enfermedad del coronavirus, por ejemplo, recientemente se ha nombrado el “coronavirus 2" de la neumonía asiática (SARS-CoV-2), después del ICTV Coronaviridae que el grupo de estudio determinó el virus pertenece a la especie existente, coronavirus síndrome-relacionado respiratorio agudo severo,” basado en parte en las proteínas conservadas implicadas en la réplica viral SARS-CoV-2. (Clasificaciones anteriores de coronaviruses fueron basadas en gran parte en estudios de la reactividad serológica con las proteínas virales del pico, que dan a coronaviruses su característica macis-como aspecto.)

Visualización del virosphere

Incluso para los científicos utilizó al tratamiento en números endiablado extremos, el virosphere es casi insondable extenso. Se ha estimado que 100 virus podrían ser destinados a cada estrella en el universo entero sin el agotamiento del abastecimiento del mundo, estimado en 1 nonillion (o 1 seguido por 30 ceros).

“Una cosa importante sobre todos estos armazones para la taxonomía viral es que son dinámicos. Pues descubrimos más virus, las cosas tendrán que cambio,” Varsani dice.

“Y la misma cosa ha suceso en el reino floral, en donde la gente clasificó una vez las instalaciones basadas en los pétalos, las hojas y otras características morfológicas. Y pronto, como ha venido la información genética hacia adentro, ha contradicho la clasificación anterior que la gente tenía.

“Estas entregas son comunes a través de la clasificación de la instalación, del animal, fungicida y bacteriana y llevarán ciertamente mucho convencimiento los proponentes iniciales de esa taxonomía. Quizás un ejemplo crudo es la clasificación ilícita de una instalación como margarita en la familia del Asteraceae, pero de hecho es una instalación que está imitando una margarita, porque quiere una donadora de polen determinada y no es genético parte del Asteraceae.”

Pero el fragmento y la diversidad genética del virome son apenas el principio de los retos para los investigadores que intentan desarrollar una taxonomía completa--una taxonomía mega--del mundo viral. Los linajes virales, por ejemplo, son excepcionalmente difíciles tomar el pelo fuera.

A diferencia de toda la vida celular en la tierra, los virus detectan su material genomic de muchas fuentes, una propiedad conocida como polyphylogeny. Los fenómenos incluyendo la transferencia horizontal de elementos genéticos permiten que los virus intercambien libremente los elementos de su identidad, dejando a investigadores sin una línea de la pendiente sin obstrucción.

Además, los regímenes virales de la mutación son mucho más rápidos y más prolíficos que sus contrapartes celulares, debido a mecanismos pobres de la corrección genomic el corregir y de desvío, así como las presiones selectivas que activan su diversificación implacable.

Unidad y diversidad

Comparado con otros organismos, la diversidad entre virus es extrema. Pueden diferir en su material genético (ARN o DNA) y estructura básica, (doble o simple trenzado), así como la orientación de sus genes codificados.

Otra complicación implica el hecho de que los genomas virales se pueden distribuir a través de las unidades distintas, embaladas a veces juntas en un virion, o en las partículas separadas del virus, que son necesarias infectar una célula para que ocurra la réplica.

Mientras que todos los eucariotas comparten a un antepasado común pasado, distinto de los de bacterias y del archaea, permitiendo que los investigadores rastreen sus orígenes y divergencias evolutivos muchos mil millones de años en el pasado, falta de los virus que un equipo de genes universal conservados necesitó construir una filogenia apropiada.

La taxonomía espesa nuevos 15 elabora en el sistema con gradas de Linnaean 7 de reino, fílum, clase, orden, familia, género, especie. También pide prestados elementos fisiológicos de la supuesta taxonomía de Baltimore, (desarrollada por el premio Nobel David Baltimore).

El sistema de Baltimore también reconoce 7 niveles pero es no jerárquico y utiliza variables incluyendo estrategias del tipo y de la réplica-expresión del genoma para conducir la clasificación viral.

La nueva taxonomía es un paso importante adelante en la búsqueda para traer la organización global al mundo viral. Además, a pesar de la diversidad extrema de las historias evolutivas presentes en los virus polifiléticos, una unidad apuntando a un centro común primordial de elementos genéticos de tipo virus está comenzando a emerger.

La historia subsiguiente entera de la vida en la tierra se puede leer como dinámico incesante entre estos agentes egoístas y sus ordenadores principal celulares.

Source:
Journal reference:

The new scope of virus taxonomy: partitioning the virosphere into 15 hierarchical ranks. Nature Microbiology. doi.org/10.1038/s41564-020-0709-x.