Avertissement : Cette page est une traduction automatique de cette page à l'origine en anglais. Veuillez noter puisque les traductions sont générées par des machines, pas tous les traduction sera parfaite. Ce site Web et ses pages Web sont destinés à être lus en anglais. Toute traduction de ce site et de ses pages Web peut être imprécis et inexacte, en tout ou en partie. Cette traduction est fournie dans une pratique.

L'algorithme neuf a pu aider à vérifier les indices génétiques derrière l'immunité

Les scientifiques avec l'école de Jacobs d'Uc San Diego du bureau d'études et de l'institut de Qualcomm ont développé un algorithme neuf de prévision de gène, MINING-D appelé, qui pourrait aider des chercheurs à vérifier les indices génétiques derrière la variation des sympt40mes montrés dans les patients COVID-19 - ; l'information qui est principale à produire un vaccin polyvalent et efficace.

Les découvertes et l'algorithme, qui étaient publiés en bio-informatique de PLOS le 27 avril, peuvent donner à des scientifiques un avis plus complet de la façon dont les gènes qui forment la fondation de notre système immunitaire produisent un répertoire personnalisé des anticorps pour se protéger contre les agents pathogènes de envahissement. Elles peuvent également jeter la lumière sur pourquoi certains ont plus de réponse immunitaire efficace à une infection.

Cette étude sera particulièrement utile comme les douzaines de groupes commencent à examiner les vaccins COVID-19 potentiels, et voit que le vaccin travaille à certains et pas sur d'autres ; et le secret peut être dans les mutations dans le système immunitaire de chaque personne. Sans connaître le renivellement immunisé d'une personne, nous ne pourrons pas dire pourquoi cela a fonctionné ou n'a pas fonctionné. MINING-D peut aider à apporter des réponses. »

Pavel Pevzner, professeur avec le service d'Uc San Diego de l'informatique et concevoir et co-auteur sur le papier

Il y a trois groupes de gènes d'immunoglobuline de faisceau qui sont les synthons de la réaction immunitaire d'une personne : le (v) variable, la diversité (d) et (j) les gènes de jointure de lignée germinale. MINING-D analyse comment ces cases, en particulier le gène peu de-étudié de D, sont brouillées et remballées pour produire une grande variété d'anticorps. Les gènes de D jouent un rôle critique en produisant les régions des anticorps qui sont responsables d'identifier des agents pathogènes.

La « volonté de MINING-D aident vers le haut dont des chercheurs à étudier des mutations en gènes de D, jusqu'à ce que cette remarque ait été un défi, » a dit Vinnu Bhardwaj, l'auteur important du papier et un candidat de Ph.D. avec le service d'élém. élect. et l'ingénierie informatique et le Qualcomm instituent chez Uc San Diego. « Notre étude initiale a indiqué que quelques variantes des gènes de D sont employées plus souvent que d'autres en réponse aux infections variées. Nous espérons que cette information préparera le terrain à débloquer des indices au sujet du rôle que les gènes de D jouent dans la façon dont difficile ou facile il est pour qu'un patient combatte l'infection. »

Quand un agent pathogène écrit un organisme sain, il déclenche une réaction immunitaire qui comprend la recombinaison des gènes de lignée germinale et de leurs mutations faites au hasard. Le procédé, qui diffère de la personne à l'autre, a comme conséquence rugueux milliard d'anticorps diffusant dans chacun de nous à tout moment. Ce répertoire personnalisé d'anticorps change continuellement pour combattre des infections neuves.

« Notre prochaine opération est de collaborer avec les principaux experts en matière d'immunogenomics à l'Université de Louisville qui commencent à échantillonner des répertoires d'anticorps dans les patients présentant la gravité variable de COVID-19, » a dit Yana Safonova, co-auteur de papier et chercheur post-doctoral dans le service de l'informatique et de concevoir.

Safonova précise que, comme dans le cas de la grippe, des études plus tôt ont montré qu'une mutation unique dans un gène IGHV1-69 appelé a eu comme conséquence la capacité réduite d'une personne d'identifier le virus de la grippe et ainsi une défaillance de produire une réaction immunitaire contre elle.

« Les variations génétiques assimilées de compréhension parmi les patients COVID-19 peuvent être la clavette à développer les vaccins polyvalents qui déclenchent le développement des anticorps qui identifient et neutralisent le virus SARS-CoV-2, » Safonova ont dit.

Source:
Journal reference:

Bhardwaj, V., et al. (2020) Automated analysis of immunosequencing datasets reveals novel immunoglobulin D genes across diverse species. PLOS Computational Biology. doi.org/10.1371/journal.pcbi.1007837.