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L'étude montre la dispersion géographique et évolutionnaire grande des betacoronaviruses de "bat" africaines

Un organisme de recherche du Nigéria a trouvé la preuve de la boîte de vitesses et de la dispersion interurbaines entre les coronaviruses de "bat" d'isolement en Afrique et ceux l'Europe et l'Asie, comme décrit dans un papier neuf procurable sur le bioRxiv* de serveur de prétirage.

La pandémie de la maladie 2019 de coronavirus (COVID-19), provoquée par le coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de syndrôme respiratoire aigu sévère, est devenue la crise globale de définition de santé publique de notre temps. Ce virus appartient au groupe grand de coronaviruses, qui sont connus pour avoir un potentiel zoonotique de la propagation des animaux aux êtres humains.

Nouveau cette image de microscope électronique de lecture du coronavirus SARS-CoV-2 montre SARS-CoV-2 (jaune) - également connu sous le nom de 2019-nCoV, le virus qui entraîne COVID-19-isolated d
Nouveau cette image de microscope électronique de lecture du coronavirus SARS-CoV-2 montre SARS-CoV-2 (jaune) - également connu sous le nom de 2019-nCoV, le virus qui entraîne COVID-19-isolated d'un patient aux États-Unis, apparaissant de la surface des cellules (rose) cultivées dans le laboratoire. L'image a capté et colorized aux laboratoires de la montagne rocheuse de NIAID (RML) à Hamilton, Montana. Crédit : NIAID

La faune et la biodiversité riches en Afrique ont produit un point névralgique pour les maladies virales apparaissantes. L'opportunité complémentaire pour des virus est un assortiment de "bat" qui peuvent servir de réservoirs, et qui peuvent efficacement écarter l'agent pathogène (par exemple, "bat" de fruit africaines sont connus pour couvrir des milliers de milles pendant leurs cycles de transfert).

La preuve est dirigée vers "bat" africaines comme réservoir potentiel pour plusieurs betacoronaviruses qui peuvent entraîner des événements sérieux de manifestation. Quelques études ont également proposé que le SARS-CoV-2 vraisemblablement se soit renversé plus de dans la population humaine par un événement zoonotique concernant le betacoronavirus radar à ouverture synthétique Radar à ouverture synthétique.

En conséquence, un organisme de recherche du centre médical fédéral dans Abeokuta, l'université d'engagement dans Otta, et l'université d'Ibadan au Nigéria ont décidé d'évaluer la diversité phylogénétique et la dynamique évolutionnaire des betacoronaviruses africains parmi "bat", ainsi que leur dispersion possible en travers du continent.

Analyser l'arbre évolutionnaire

Trois ensembles de données ont été produits des bases de données de moyen d'agent pathogène de virus aux fins de cette étude. Plus particulièrement, les auteurs ont obtenu des séquences du gène ARN-dépendant partiel (RdRP) de polymérase ARN des coronaviruses de "bat" de sept quatre pays européens et trois asiatiques d'Africain.

L'information telle que la substance d'hôte, le pays d'origine, et les dates de ramassage a été combinée avec des caractéristiques de séquence afin de conduire la détermination phylogénétique exactement. L'analyse de boîtier a été effectuée avec le logiciel spécifique pour recenser l'homologie de séquence et pour réduire la duplication de caractéristiques.

Des arbres phylogénétiques ont été impliqués avec l'utilisation du logiciel MÉGA pour manuel et le cadrage de séquence automatique, analyse de distribution (les deux géographiquement et évolutionnaire) a été conduit à l'aide de la chaîne de Markov Monte Carlo mis en application dans la BÊTE (une plate-forme pour l'analyse de séquences moléculaire phylogénétique bayésienne) et conçu avec la plate-forme SpreaD3 interactive.

Un virus qui saute des continents

La substance de "bat" la plus répandue échantillonnée dans cette étude était "bat" de fruit epauletted par nain de Peters (pusillus de Micropteropus). En même temps, le Cameroun était le pays avec la distribution la plus élevée de la substance de "bat" échantillonnée dans cette étude. Cependant, des lacunes identifiées de caractéristiques devraient être tenues compte en évaluant des découvertes d'étude.

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"bat" de fruit d'Epauletted du nain de Peter (pusillus de Micropteropus). Crédit d'image : Dave Montreuil/Shutterstock

« Ce résultat ne représente pas forcément l'illustration vraie de la diversité de substance de "bat" en Afrique, pendant que quelques pays manquent de l'information de séquence par manque dû de "bat" de contrôle, » des auteurs d'étude d'attention.

En fait, jusqu'ici, seulement une poignée d'études ont été entreprises en Afrique sur des coronaviruses parmi "bat", qui quitte une crevasse considérable dans les Informations épidémiologiques concernant de bêtas coronaviruses de "bat" en Afrique.

Cette étude ajoute la connaissance complémentaire sur la phylogénie des bêtas séquences de coronavirus, qui ont indiqué qu'une majorité des tensions africaines font partie de la lignée D - se composer des tensions du Cameroun, de république démocratique du Congo, du Kenya, du Madagascar, et du Nigéria. Elle corrobore les états précédents qui ont recensé un clade unique diffusant dans tout le continent africain.

D'ailleurs, les chercheurs ont laissé entendre vers la boîte de vitesses d'inter-substances parmi les betacoronaviruses de la lignée D, tenant compte de la recombinaison potentielle et de l'évolution rapide de cette lignée. En outre, la circulation de deux lignées distinctes B et C parmi la substance africaine de "bat" ont été expliqués.

En conclusion, la dispersion phylogeographic des coronaviruses de "bat" a indiqué une pléthore d'événements intercontinentaux et intracontinentaux d'écart. L'ancien montre la dispersion virale de Chine et le Hong Kong au central et à l'Afrique méridionale, alors que ce dernier explique l'écart entre le Cameroun, la république démocratique du Congo, et l'Afrique du Sud, ainsi que directement du Cameroun en le Madagascar.

Points faibles et conclusions d'étude

Bien que ces analyses soient pivotalement pour davantage de rail des coronaviruses, une limitation principale d'étude était l'incapacité d'analyser des caractéristiques de séquence protéique de pointe de ces virus. Une telle approche aurait fourni des caractéristiques plus pertinentes sur leur évolution au sujet de boîte de vitesses et de pouvoir infectant.

De plus, la population que la démographie rapportée dans cette étude ne pourrait pas normalement dépeindre la population virale depuis la taille de l'ensemble de données utilisé est limitée et ne pourrait pas représenter la véritable population démographique des coronaviruses de "bat" en Afrique.

« Nous avons, cependant, montré l'importance du contrôle moléculaire des virus avec le potentiel zoonotique tel que des coronaviruses, » dites les auteurs d'étude. « Nous préconisons pour des études transcontinentales plus grandes concernant de pleines séquences de génome des betacoronaviruses pour comprendre davantage les gestionnaires pour leur émergence et les débordements zoonotiques dans la population humaine », elles concluent.

En tous cas, nous devons nous rendre compte que les coronaviruses radar à ouverture synthétique Radar à ouverture synthétique de "bat" continueront à se renverser plus d'à la population humaine. Les possibilités d'une autre pandémie mortelle sont en effet rares ; cependant, ces occasions augmentent avec la fréquence de tels débordements. Ainsi la communauté scientifique doit rester vigilante.

Avis *Important

le bioRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Journal reference:
Dr. Tomislav Meštrović

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Dr. Tomislav Meštrović

Dr. Tomislav Meštrović is a medical doctor (MD) with a Ph.D. in biomedical and health sciences, specialist in the field of clinical microbiology, and an Assistant Professor at Croatia's youngest university - University North. In addition to his interest in clinical, research and lecturing activities, his immense passion for medical writing and scientific communication goes back to his student days. He enjoys contributing back to the community. In his spare time, Tomislav is a movie buff and an avid traveler.

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