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SARS-CoV-2 s'est-il adapté aux êtres humains longtemps avant le cas d'index ?

Une étude neuve du Canada et des États-Unis propose que le coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de syndrôme respiratoire aigu sévère ait pu pré-avoir été déjà adapté à la boîte de vitesses humaine quand il a apparu fin 2019, qui signifie là puisse être les populations prolongées de l'ancêtre SARS-CoV-2 versé pour la réapparition humaine de la maladie de boîte de vitesses et de coronavirus (COVID-19). La recherche est publiée sur le bioRxiv* de serveur de prétirage en mai 2020.

Micrographe électronique nouveau de lecture du coronavirus SARS-CoV-2 Colorized d
Micrographe électronique nouveau de lecture du coronavirus SARS-CoV-2 Colorized d'une cellule d'apoptotique (brun verdâtre) fortement infectée avec des particules du virus SARS-COV-2 (rose), d'isolement dans un échantillon patient. Image saisie et couleur-améliorée à l'installation intégrée par NIAID de recherches (IRF) dans le fort Detrick, le Maryland. Crédit : NIAID

Plusieurs états ont expliqué que SARS-CoV-2, l'agent causal de la pandémie COVID-19 actuelle, est génétiquement niche et pas sous beaucoup de pression de s'adapter. Ceci trouvant pourrait augmenter l'efficacité des vaccins qui sont actuel à l'étude.

Si nous allons de nouveau dans le passé, nous pouvons voir qu'il y avait deux manifestations originelles de radar à ouverture synthétique pendant la période à partir de 2002 à 2004 - chacun provenir des événements civette-à-humains de boîte de vitesses de paume disparate de Radars à ouverture synthétique-CoV. En raison de l'animal assidu et rail et les leçons humains d'hôte de la première épidémie, la deuxième manifestation a été vite supprimée.

Afin d'éviter des manifestations consécutives analogues de COVID-19 aujourd'hui, elle est pour cette raison pivotalement pour comprendre des leçons de l'antérieur et pour décréter des mesures précises pour la minimisation de risque des précurseurs complémentaires de SARS-CoV-2-like s'adaptant à et réapparaissant parmi des êtres humains. Ceci peut être fait en recensant la route par laquelle le coronavirus neuf s'est adapté pour la boîte de vitesses humaine.

Cependant, au moment où, la preuve est rare pour supporter n'importe quel scénario spécifique de l'adaptation SARS-CoV-2. Le virus a-t-il été transmis en travers de la substance dans des êtres humains et distribué- non découvert pendant des mois avant fin 2019, accumulant des mutations adaptatives sur le chemin ? Ou était-il déjà bien réglé pour des êtres humains tandis que dans des "bat" ou une substance intermédiaire différente ?

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"bat" en fer à cheval intermédiaire (affinis de Rhinolophus). Crédit d'image : Binturong-Tonoscarpe

La question plus importante pour la santé globale est si le gisement des virus humain-adaptés d'ancêtre subsiste toujours chez les animaux. Et même probabilité distante qu'un précurseur viral pourrait avoir adaptée à l'hôte humain tout en étant étudié dans un laboratoire devrait être tenu compte.

Ce sont quelques questions pertinentes qui M. Shing Hei Zhan de l'université de la Colombie-Britannique à Vancouver et de la Fusion Genomics Corporation dans Burnaby (Canada), avec M. Benjamin E. Deverman et M. Yujia Alina Chan d'institut grand du MIT et du Harvard (Etats-Unis) visant pour répondre en leur papier récent de bioRxiv.

Stabilité génomique de compréhension et dynamique évolutionnaire

Pour gagner une meilleure compréhension de la stabilité du génome SARS-CoV-2, les chercheurs au commencement ont effectué côte à côte une comparaison de dynamique évolutionnaire entre SARS-CoV-2 et les Radars à ouverture synthétique-CoV originels. Ceci a été fait par curating les génomes de haute qualité en travers des périodes de trois mois ; plus particulièrement, il y avait 11 génomes pour la première moitié épidémie Radars à ouverture synthétique-CoV, 32 génomes pour l'épidémie Radars à ouverture synthétique-CoV tardive, ainsi que 46 génomes pour SARS-CoV-2 à partir de début décembre 2019 en mars 2020.

Ceci a été suivi de comparer et de contraster la dynamique évolutionnaire de Radars à ouverture synthétique-CoV et de SARS-CoV-2 en termes de régimes non-synonymes et synonymes de remplacement en chaque gène, s'assurant en même temps, répartition géographique adéquate dans l'échantillonnage.

Coronavirus nouveau SARS-CoV-2 : Cette image de microscope électronique de lecture montre SARS-CoV-2 (objectifs ronds d

Coronavirus nouveau SARS-CoV-2 : Cette image de microscope électronique de lecture montre SARS-CoV-2 (objectifs ronds d'or) apparaissant de la surface des cellules cultivées dans le laboratoire. SARS-CoV-2, également connu sous le nom de 2019-nCoV, est le virus qui entraîne COVID-19. Le virus montré a été isolé dans un patient au crédit des États-Unis : NIAID-RML

L'inconvénient majeur de cette approche est l'inflation potentielle de la diversité génétique due à l'échantillon de divers/élevé emplacement de circulation, ainsi que des résultats de travers dus aux facteurs tels que le régime de transmission du virus et la taille efficace de population. De plus, une polarisation d'échantillonnage vers des isolats avec un ancêtre courant plus récent peut, consécutivement, sous-estimer la diversité génétique.

Une recherche pour l'hôte intermédiaire évasif

Il y a eu discussion suffisante parmi les chercheurs et le public en circuit si SARS-CoV-2 a provenu du marché de vente en gros de fruits de mer de Huanan à Wuhan. Bien que la CDC chinoise ait proposé que le virus provenu des animaux qui ont été vendus là, le rail phylogénétique indique que SARS-CoV-2 a pu avoir été importé dans le marché par des êtres humains.

Un marché traditionnel en Asie où
Un marché traditionnel en Asie où "bat" sont vendues sous le nom de nourriture à côté d'autres animaux comme crabots ou serpents. Crédit d'image : Maurizio Biso/Shutterstock

Les auteurs de cette étude ont été étonnés en observant que SARS-CoV-2 ressemble à Radars à ouverture synthétique-CoV vers la fin de la phase de la manifestation 2003 après le virus a développé plusieurs adaptations avantageuses activant la transmission de homme à homme. D'ailleurs, le marché de janvier isole l'identité presque 100% de génome de part avec une tension SARS-CoV-2 humaine de décembre, qui rend une théorie d'hôte intermédiaire moins probable.

« Nos observations proposent qu'avant que SARS-CoV-2 ait été la première fois trouvé fin 2019, il pré-ait été déjà adapté à la boîte de vitesses humaine jusqu'à un degré assimilé à l'épidémie tardive Radars à ouverture synthétique-CoV », des auteurs d'étude de point culminant. « Cependant, aucun précurseur ou succursale d'évolution provenant d'un virus moins humain-adapté de SARS-CoV-2-like n'a été trouvé », ils ajoute.

En bref, les génomes SARS-CoV-2 dans le marché échantillonne les êtres humains très probablement provenus infectés avec SARS-CoV-2 qui étaient des visiteurs ou des constructeurs du marché. Si les hôtes animaux intermédiaires étaient également au marché, aucune preuve n'a été trouvée dans les échantillons génétiques procurable.

Messages cryptés et stratégies

Un tel manque de preuve définitive vérifiant ou éliminant l'adaptation dans une substance d'hôte intermédiaire, les êtres humains ou les laboratoires, précautions de moyens contre plusieurs scénarios doivent être commande rentrée pour éviter la réapparition de la maladie.

« Nous voudrions préconiser pour mesuré et les approches efficaces pour recenser n'importe quelles populations prolongées de virus de l'ancêtre SARS-CoV-2, en particulier si ce sont assimilé versées à la boîte de vitesses humaine », indiquent des auteurs d'étude en leur papier.

Plusieurs stratégies que prouvé être principal pendant la première manifestation Radars à ouverture synthétique-CoV en trouvant l'adaptation virale aux êtres humains et la boîte de vitesses hétérospécifique pourrait être réappliqué dans la pandémie d'aujourd'hui pour éliminer ancêtre met en commun rapidement.

Ces stratégies sont : l'échantillonnage animal (des marchés, des fermes et des populations sauvages), les spécimens humains de évaluation a encaissé des mois avant fin 2019 pour des virus de SARS-CoV-2-like ou des anticorps réactifs, ainsi qu'a évalué le sous- ou la surreprésentation de la nourriture/des dérouleurs animaux parmi les cas d'index pour déterminer si les précurseurs SARS-CoV-2 ont pu avoir diffusé parmi le milieu commerçant animal.

Le « ordonnancement de plus SARS-CoV-2 d'isolats de Wuhan, en particulier isolats tôt s'ils existent toujours, pourrait recenser des succursales provenant d'un ancêtre moins humain-adapté comme a été vu dans la manifestation 2003 Radars à ouverture synthétique-CoV », expliquez les auteurs d'étude.

En tous cas, pendant ces complémenux d'enquête, il serait recommandé de limiter considérable l'activité humaine qui peut aboutir contact prolongé ou accru avec les animaux sauvages et leurs habitats. La prévention de la réapparition devrait être une haute priorité en préservant la santé globale.

Avis *Important

le bioRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Journal reference:
Dr. Tomislav Meštrović

Written by

Dr. Tomislav Meštrović

Dr. Tomislav Meštrović is a medical doctor (MD) with a Ph.D. in biomedical and health sciences, specialist in the field of clinical microbiology, and an Assistant Professor at Croatia's youngest university - University North. In addition to his interest in clinical, research and lecturing activities, his immense passion for medical writing and scientific communication goes back to his student days. He enjoys contributing back to the community. In his spare time, Tomislav is a movie buff and an avid traveler.

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