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Les chercheurs analysent des caractéristiques sur la structure d'ARN du virus d'encéphalite à tiques

Les chercheurs de l'université de Sechenov avec des collègues de plusieurs instituts russes ont analysé des caractéristiques sur la structure d'ARN du virus d'encéphalite à tiques.

Beaucoup plus grand que dans des études précédentes, le volume de caractéristiques de l'étude neuve leur a permis d'estimer l'âge des sous-types de virus et de suivre son étendre en Eurasie. Les résultats de l'enquête étaient publiés dans les virus de tourillon.

L'encéphalite à tiques est courante en Europe centrale et l'Europe de l'Est et une bande large en Sibérie du sud et en Extrême Orient.

Cette maladie est due dangereux à la capacité du virus de pénétrer le cerveau et la moelle épinière, entraînant des troubles moteurs, des handicaps cognitifs et, dans des cas sévères, la paralysie et la mort. Chaque année en Russie, 1,500-2,000 personnes sont infectées, avec des complications environ de 30% et mourir neurologiques se développants des personnes 20-100.

L'agent pathogène appartient au genre Flavivirus (il comprend également le virus de Zika et le virus qui entraîne la fièvre dengue) et est transmis principalement par des morsures de tique. Il y a trois sous-types du virus : D'Extrême-Orient, Sibérien et Européen.

Chacun d'eux est prédominant dans la région après quoi il est nommé, bien que cette division soit tout à fait grossière - par exemple, des cas de l'infection avec le sous-type sibérien ont été observés dans les pays Baltes et le Sakhaline, et avec l'européen - en Corée du Sud et les montagnes d'Altai.

Ces dernières années, l'écart du virus a augmenté aux endroits du nord (péninsule de Kola, région d'Arkhangelsk) et aux régions montagneuses (en Europe centrale et en Italie). En 2019, les premiers cas de l'infection ont été enregistrés au R-U et aux Pays-Bas.

Pour répondre promptement à l'émergence du virus dans les territoires neufs, il est nécessaire de comprendre quels affects son écart et évolution. Les études existantes fournissent différents, parfois contradictoires résultats, mais les caractéristiques neuves rassemblées ces dernières années peuvent expliquer la situation.

Les auteurs de l'article ont employé le GenBank - une base de données qui enregistre plus de 200 millions de séquences de nucléotides d'ARN et ADN des espèces variées.

Les caractéristiques sont fournies par des scientifiques à partir de différents pays, et leur volume se développe continuellement, en commun avec le nombre de séquences décrivant l'ARN du virus d'encéphalite à tiques - pendant dix années le numéro a augmenté de cinq fois.

Utilisant des algorithmes d'ordinateur, les chercheurs comparés l'ARN des virus ont trouvé dans différentes années sur le territoire de plusieurs pays.

Connaissant la « distance » (la proportion de nucléotides divergents) entre les échantillons et la date de leur reçu, on peut estimer la période de la divergence de la substance ou de la division d'une substance dans des sous-types.

Cette méthode est fondée sur l'hypothèse que la séquence des nucléotides dans une substance unique change environ à un débit constant, et est appelée l'horloge moléculaire. Suivre cette méthode, les scientifiques ont estimé l'âge de l'ancêtre courant le plus récent pour chacun des sous-types.

Le résultat (environ 700 et 900 ans pour les sous-types sibériens et d'Extrême-Orient, respectivement) est compatible avec des études plus tôt, alors que l'âge du sous-type européen (environ 1.600 ans) était estimé pour la première fois après que le virus ait été repéré aux Pays-Bas.

Les chercheurs ont également essayé de découvrir comment les virus génétiquement assimilés du même sous-type ont fini dans différents pays à une distance des milliers de kilomètres entre eux. Il y a plusieurs explications possibles.

D'abord, les virus (ou les tirets infectés avec eux) peuvent se déplacer des longues distances avec des animaux, tels que les oiseaux migrateurs ou les "bat". En second lieu, l'activité humaine peut contribuer à l'écart du virus : transport de bétail ou d'introduction des animaux adaptés pour chasser dans les territoires neufs.

Le résultat le plus important du travail était que la plupart des événements de propagation de virus se sont produites pendant les trois derniers ou quatre siècles, et nous avons observé dans de nombreux cas le transfert du virus pour des milliers de kilomètres pendant les 50-100 dernières années, et les virus en Europe se sont complet mélangés au cours des 100-200 dernières années. '

Alexandre Lukashev, co-auteur d'étude et directeur de l'institut de la parasitologie médicale et du médicament tropical, université de Sechenov

« Ceci nous permet de considérer l'encéphalite à tiques comme maladie hautement dynamique, même pendant qu'une maladie apparaissante dans beaucoup de régions, et pour penser à un facteur anthropogène (l'écart des tirets infectés en raison du transport des animaux domestiques et sauvages) en tant qu'un des mécanismes principaux derrière l'extension du virus. »

De plus, les scientifiques ont proposé un algorithme qui simule la compilation des échantillons comme utilisée dans des études plus tôt. Avec son aide, les auteurs de l'article ont prouvé que les différences dans les résultats des études précédemment publiées sont bien expliquées par le choix des séquences comprises dans l'étude.

Source:
Journal reference:

Deviatkin, A. A., et al. (2020) Tick-Borne Encephalitis Virus: An Emerging Ancient Zoonosis? Viruses. doi.org/10.3390/v12020247.