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El gen nuevamente determinado pudo haber contribuido a la evolución rápida de COVID-19

Las personas internacionales de investigadores han determinado un gen previamente desacostumbrado dentro del genoma del coronavirus 2 de la neumonía asiática (SARS-CoV-2) que puede ser importante en la comprensión de los orígenes y de la evolución de la enfermedad 2019 (COVID-19) del coronavirus.

El gen nuevamente determinado, que los investigadores han nombrado ORF3c, es un ejemplo de un gen que recubre (OLG). Según los autores, OLGs es los elementos genomic funcionales que se han pasado por alto algo en el pasado, a pesar de ellos que son indicados previamente en los orígenes de pandémicos virales.

Los investigadores dicen que su análisis que demuestra que SARS-CoV-2 contiene un OLG que todavía no se ha estudiado correctamente muestra que OLGs merece más atención, determinado pues su contribución a la aparición de virus zoonóticos puede ser más importante que se observa actualmente.

Una versión de la prueba preliminar del papel se puede alcanzar en el bioRxiv* del servidor, mientras que el artículo experimenta la revisión paritaria.

Micrográfo de electrón nuevo de la exploración de Coronavirus SARS-CoV-2 Colorized de una célula apoptotic (azul) infectada con las partículas del virus SARS-COV-2 (rojas), aisladas de una muestra paciente. La imagen capturada en el NIAID integró el centro de investigación en el fuerte Detrick, Maryland. Haber: NIAID
Micrográfo de electrón nuevo de la exploración de Coronavirus SARS-CoV-2 Colorized de una célula apoptotic (azul) infectada con las partículas del virus SARS-COV-2 (rojas), aisladas de una muestra paciente. Imagen capturada en el centro de investigación integrado de NIAID (IRF) en el fuerte Detrick, Maryland. Haber: NIAID

OLGS representan un área bajo-investigada de la novedad

COVID-19 el brote que ha barrido el globo desde su brote en Wuhan, China en diciembre de 2019, ha llevado a muchas preguntas sobre cómo el virus se ha desarrollado para saltar de animales a los seres humanos.

La comprensión de los mecanismos potenciales requiere una comprensión completa de genomas virales, pero una área bajo-investigada es la aparición de OLGs nuevo. Aunque OLGs viral sea común y se haya conectado previamente al comienzo de pandémicos, siguen pasados por alto en gran parte en estudios de patógeno emergentes.

Estos genes permiten a un alargamiento existente de los nucleótidos de la proteína-codificación codificar una nueva proteína adicional en un diverso marco de lectura. Esta “sobreimpresión” perfecciona la compresión de la información genomic y puede consultar una ventaja genética importante, pues las series frameshifted preservan ciertas propiedades de proteínas.  

Sin embargo, el análisis de la serie de OLGs es complicado por el hecho que una mutación puede dar lugar a dos proteínas que son alteradas. Las técnicas de la anotación del genoma también tienden a faltar OLGs porque favorecen un marco de lectura abierto dentro de una región dada del genoma.

“Tales inconsistencias bloquean la investigación”

En el caso de Betacoronaviruses SARS-relacionado (subgénero Sarbecovirus), los investigadores son conscientes de cierto OLGs, pero los han pasado por alto en gran parte y contrario se han denunciado. Por ejemplo, las anotaciones de ORF3b, de ORF9b, y de ORF9c faltan en conflicto o en conjunto en el genoma de la referencia de Wuhan-Hu-1 SARS-CoV-2, y no se muestra ningunos genes que recubren dentro de ORF3a en el navegador del genoma SARS-CoV-2 de Santa Cruz de la Universidad de California (UCSC).

“Tales inconsistencias bloquean la investigación, mientras que OLGs puede desempeñar un papel dominante en la aparición de nuevos virus,” escriben a Xinzhu Wei (Universidad de California, Berkeley) y colegas.

¿Qué el nuevo estudio ha encontrado?

Ahora, los investigadores denuncian que su investigación de los nuevos candidatos de OLG en SARS-CoV-2 ha determinado el nuevo gen de ORF3c.

Este gen tiene, de hecho, documentado previamente, dicen. Sin embargo, ha sido innomado, y las anotaciones han faltado o han combinado con ORF3b de otros sarbecoviruses, que tiene una diversa posición genomic y está situado en un diverso marco de lectura.

Perfilado del ribosoma mostrado que ORF3c demuestra sin obstrucción pruebas de la traslación y posee propiedades inmunológicas importantes.

Las personas entonces conducto un análisis evolutivo en las entre-especies, el entre-ordenador principal, y los niveles del dentro-ordenador principal. Encontraron que 21 genomas representativos del sarbecovirus mostraron que ORF3c también existió en ciertos coronaviruses del pangolin, pero no en coronaviruses del palo.

El análisis de casi 4.000 genomas SARS-CoV-2 mostró que ORF3c había ganado un nuevo codón de parada que ha ocurrido más con frecuencia durante el pandémico actual COVID-19. Además, la secuencia de 401 muestras SARS-CoV-2 reveló que la mutación de ORF3c estaba presente en diversos ordenadores principal.

Asombrosamente, el nuevo codón de parada que el gen había ganado “hecho autostop” temprano con un haplotipo de la proteína del pico SARS-CoV-2, que los autores dicen que “aparece impulsar la extensión europea del pandémico.”

ventana resbaladiza de las Entre-especies de los genes que recubren el análisis de N. Pairwise OLGenie del gen de N a través de sarbecoviruses, en el marco de lectura ss13. Cada genoma fue comparado con SARS-CoV-2 (lado izquierdo) y SARS-CoV (gráfico del lado derecho).

ventana resbaladiza de las Entre-especies de los genes que recubren el análisis de N. Pairwise OLGenie del gen de N a través de sarbecoviruses, en el marco de lectura ss13. Cada genoma fue comparado con SARS-CoV-2 (lado izquierdo) y SARS-CoV (gráfico del lado derecho).

¿Cuáles son las implicaciones del estudio?

Las personas dicen que sus conclusión proporcionan prueba evidente que SARS-CoV-2 tiene un tercer OLG que no se ha determinado ni se ha analizado correctamente hasta ahora.

“Nuestros resultados comparan ORF3c a otros genes accesorios virales importantes recombinados, perdido, partido, o truncado antes o durante brotes, incluyendo ORF3b y ORF8 en sarbecoviruses,” escriba a los investigadores.

“OLGs merece considerablemente más atención, mientras que su evolución rápida puede ser más importante que se aprecia actualmente en la aparición de virus zoonóticos,” ellos concluye.

Advertencia *Important

el bioRxiv publica los partes científicos preliminares que par-no se revisan y, por lo tanto, no se deben mirar como concluyentes, conduce práctica clínica/comportamiento relativo a la salud, o tratado como información establecida.

Journal reference:
Sally Robertson

Written by

Sally Robertson

Sally first developed an interest in medical communications when she took on the role of Journal Development Editor for BioMed Central (BMC), after having graduated with a degree in biomedical science from Greenwich University.

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