Advertencia: Esta página es una traducción de esta página originalmente en inglés. Tenga en cuenta ya que las traducciones son generadas por máquinas, no que todos traducción será perfecto. Este sitio Web y sus páginas están destinadas a leerse en inglés. Cualquier traducción de este sitio Web y su páginas Web puede ser imprecisa e inexacta en su totalidad o en parte. Esta traducción se proporciona como una conveniencia.

Las nuevas ayudas genomic del método obtienen mapas de alta resolución de la DNA en el núcleo de célula

Los investigadores en Karolinska Institutet en Suecia han desarrollado un nuevo método de secuencia que permite correlacionar cómo la DNA espacial se ordena en el núcleo de célula - revelando qué regiones genomic están en un riesgo más alto de la mutación y del daño de la DNA.

La técnica se describe en un artículo publicado en la biotecnología de la naturaleza del gorrón científico.

La mayoría de las células en el cuerpo humano contienen aproximadamente dos contadores de DNA. Este alargamiento largo de la DNA se divide en 46 pedazos grandes - los cromosomas - que ocupan las regiones discretas del núcleo de célula conocido como territorios del cromosoma.

Cómo las partes individuales del genoma espacial se arreglan en las influencias del núcleo fuertemente cómo están siendo leídas por el aparato transcriptivo de la célula. Sin embargo, la ordenación espacial de genes individuales en el espacio tridimensional (3D) del núcleo tiene seguía siendo en gran parte inexplorada.

Ahora, las personas de los investigadores llevados por el Dr. Magda Bienko en la ciencia para el laboratorio de la vida (SciLifeLab) y el departamento de la bioquímica y de la biofísica médicas en Karolinska Institutet ha desarrollado un nuevo método genomic, nombrado los lugares geométricos de Genomic que colocaban ordenando o GPSeq, que se pueden utilizar para obtener mapas de alta resolución de cómo la DNA espacial se ordena en el núcleo de célula.

El método trabaja gradualmente cortando la DNA de la periferia nuclear hacia el centro, seguido leyendo la serie de la DNA alrededor de cada uno cortada. El modelado matemático se puede entonces utilizar para reconstruir la estructura del genoma 3D y para encontrar dónde los genes individuales y las regiones entre los genes están situados a lo largo del radio nuclear así como en relación a uno a.

Encontramos que la distribución espacial de diversos tipos de cromatina (integrada por complejos de la DNA, del ARN y de la proteína) difirió a menudo de lo que preveíamos encontrar.

El Dr. Magda Bienko, autor mayor, ciencia para el laboratorio de la vida, departamento de la bioquímica médica, Karolinska Institutet

“A nuestra sorpresa, encontramos que el retrato no es tan simple como teniendo toda la cromatina inactiva el sentarse en la periferia nuclear y la cromatina activa amontonadas en el centro.

En lugar, hay una serie continua, un gradiente de la actividad cada vez mayor de la periferia nuclear hacia el interior, aunque la cromatina inactiva se puede encontrar en el mismo centro del núcleo también.”

Un aspecto importante de saber dónde diversas regiones genomic están situadas en el núcleo es que es posible ahora correlacionar donde están más probable el daño y las mutaciones de la DNA de ocurrir, explica al Dr. Nicola el Crosetto, el investigador sénior en el mismo departamento en Karolinska Institutet y el otro autor mayor del papel.

“Lo descubrimos que las mutaciones de la DNA que se encuentran a menudo en diversos tipos del cáncer están enriquecidas en la cromatina inactiva situada en la periferia nuclear, que pudo tener que para hacer con el hecho de que muchos mutágenos originan desde fuera de la célula,” decimos.

“Por otra parte, la DNA se rompe y las fusiones del gen son mucho más probables ser encontradas en el centro nuclear, que pudo ser debido a los niveles de la transcripción que encontramos en el centro.”

Source:
Journal reference:

Girelli, G., et al. (2020) GPSeq reveals the radial organization of chromatin in the cell nucleus. Nature Biotechnology. doi.org/10.1038/s41587-020-0519-y.