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Les caractéristiques neuves peuvent aider à comprendre l'évolution des tensions SARS-CoV-2 autrichiennes

216 séquences du génome SARS-CoV-2 ont été maintenant complétées et relâchées dans le cadre « dynamique mutationnelle de SARS-CoV-2 du projet en Autriche » de CeMM, le centre de recherche pour le médicament moléculaire de l'Académie des sciences autrichienne, en collaboration étroite avec l'université médicale de Vienne, l'université médicale d'Innsbruck et l'agence autrichienne pour la santé et la sécurité alimentaire (ÂGES).

Cette caractéristique représente une autre étape dans le projet et aidera à comprendre l'horizontal et l'évolution mutationnels des tensions SARS-CoV-2 autrichiennes.

En même temps que ce desserrage, les chercheurs de CeMM ont publié un site Web spécifique qui offre l'information générale ainsi que l'accès interactif aux caractéristiques pour des scientifiques et des laypeople de même.

Les génomes viraux peuvent être explorés en mode interactif et intuitivement par l'intermédiaire des outils de visualisation avancés fournis par CeMM et le projet open source Nextstrain.

L'écart du virus SARS-CoV-2 universel dans la population humaine est rencontré des efforts scientifiques de collaboration sans précédent autour du monde pour se démêler ses propriétés virologiques, immunologiques et de pathogène.

Les séquences de génome de la diffusion des virus SARS-CoV-2 mondiale sont publiées et rendues ouvertement procurable de la communauté scientifique internationale.

Une meilleure compréhension de l'évolution virale sera instrumentale pour comprendre la dynamique mutationnelle fondamentale et pour supporter le développement du traitement antiviral efficace et des stratégies vacciniques pour arrêter la pandémie COVID-19.

En Autriche, les chercheurs de CeMM avec des associés de collaboration de l'université médicale de Vienne étaient des pionniers en ordonnançant les premiers génomes obtenus à partir des échantillons patient-dérivés par Autrichien. À portée « la dynamique mutationnelle de SARS-CoV-2 du projet en Autriche », les premiers échantillons ont été rendues procurable à la communauté de la recherche publique et internationale déjà début avril 2020.

Cette initiative hautement de collaboration, aboutie par les investigateurs principaux Andreas Bergthaler de CeMM et la bière brune de Christoph, vise à élucider 1.000 génomes SARS-CoV-2 dans les patients autrichiens employant des techniques de ordonnancement de la deuxième génération tranchantes et des analyses de calcul sophistiquées.

Le projet comprend un réseau national large de collaboration avec des associés de l'université médicale de Vienne (Judith Aberle, Stephan Aberle, Elisabeth Puchhammer-Stöckl), l'université médicale d'Innsbruck (Wegene Borena, Dorothee von Laer ; Manfred Nairz, Günter Weiss) et l'agence autrichienne pour la santé et la sécurité alimentaire (Daniela Schmid, Peter Hufnagl) ainsi que plusieurs hôpitaux et laboratoires diagnostiques.

La construction sur leurs 21 premières séquences de génome publiées le 3 avril 2020, ce deuxième desserrage avec 216 génomes SARS-CoV-2 neufs de l'autre côté de l'Autriche fournit une illustration plus détaillée au sujet des virus de diffusion et la phase précoce de la pandémie COVID-19.

Les différences génétiques des génomes indiquent que le gisement des virus de diffusion pendant la phase précoce de la pandémie était déjà hautement divers, avec quelques virus menant à une plus grande boîte de vitesses groupe que d'autres. D'une manière primordiale, l'Autriche a tiré bénéfice du contact soigneux traçant par l'agence autrichienne pour la santé et la sécurité alimentaire, qui ont défini plus de 250 boîtiers des cas COVID-19.

Notre analyse intégratrice d'information neuve du génome SARS-CoV-2 avec des caractéristiques épidémiologiques fournit des analyses neuves précieuses dans la façon dont le virus avait écarté par le pays. La caractéristique de séquence de virus fournit le support indépendant pour plusieurs des découvertes épidémiologiques résultant de la découverte de contact. »

Co-Coordinateur d'Andreas Bergthaler, de projet et investigateur principal, CEMM

« En même temps, nous avons observé l'hétérogénéité dans des boîtiers et avons obtenu la preuve pour les virus multiples diffusant en même temps, » dit Andreas Bergthaler, Co-Coordinateur de projet et investigateur principal de CeMM (voir l'illustration 1).

L'analyse de séquences moléculaire a indiqué en moyenne 6,9 mutations selon le génome viral, dont plus de 4 ont eu comme conséquence les acides aminés changés. Un centre d'intérêt particulier des restes mondiaux sur des mutations dans la protéine virale de S ou de pointe, qui décore la surface du virion et prête le coronavirus son apparence tête tête éponyme.

Cette protéine virale de S est essentielle pour gripper au récepteur cellulaire ACE2 ainsi que l'objectif primaire présumé pour les anticorps de neutralisation.

En soi, les mutations dans cette région seront importantes pour le développement des sérodiagnostics et de la protection anticorps-assistée par des vaccins. Dans tous les génomes SARS-CoV-2 autrichiens, nous avons recensé un numéro total de 12 résidus mutés dans protéine acide aminée de 1.273 la longue S.

Une mutation particulière dans la protéine de S, D614G, représente un point de branchement tôt qui est dominant dans les boîtiers d'infection et les régions européens de l'Amérique du Nord (voir les illustrations 2 et 3).

Cette mutation est également trouvée dans plusieurs des échantillons autrichiens. Les effets fonctionnels potentiels de la mutation de D614G actuel sont vérifiés par plusieurs laboratoires internationaux.

Les analyses virales en profondeur actuelles de la mutation de CeMM avec une équipe interdisciplinaire des inducteurs de la génomique, de la modélisation biomathematical, de la biologie d'évolution et de la virologie fourniront des analyses neuves dans la façon dont la protéine de S et d'autres protéines virales évoluent ainsi que la façon dont ces mutations sont transmises entre les personnes.

Le desserrage d'aujourd'hui marque encore une autre étape essentielle pendant que CeMM intensifie ses efforts pour communiquer la science et pour atteindre à l'extérieur au grand public.

Basé sur les outils du projet open source Nextstrain.org, les chercheurs de CeMM ont relâché une version de Nextstrain Autriche qui permet à des usagers de comparer et concevoir tous les génomes viraux autrichiens ordonnancés à plus de 8.000 génomes viraux de partout dans le monde.

Le blog de Nextstrain Autriche fournira des histoires à jour et caractéristique caractéristique concises aux analyses intéressantes de part au sujet de ce que les génomes viraux nous indiquent au sujet de la pandémie SARS-CoV-2. Ces récits exploreront les caractéristiques réelles de génome produites par CeMM et ses associés, et permettent à des usagers d'explorer le teneur en mode interactif avec un modèle intuitif.

Des usagers sont guidés par différents tableaux de bord où ils rencontrent les infographies interactives avec un texte explicatif court sur différents sujets liés au virus SARS-CoV-2.

L'outil de visualisation est procurable dans l'anglais et allemand et peut être consulté chez https://cemm.at/sars-cov-2/. Le blog sera sans interruption actualisé et donnera des analyses de première main dans la recherche forte actuelle au sujet du virus SARS-CoV-2.

L'équipe projet continuera leurs efforts aux génomes viraux SARS-CoV-2 de la séquence 1.000, qui fourniront une illustration détaillée des mutations et des boîtes de vitesses virales apparaissantes de virus.

Ceci offrira encore d'autres analyses scientifiques précieuses aux épidémiologistes, aux professionnels de la santé et aux experts santé publics pour évaluer des routes de boîte de vitesses du virus ainsi que de son potentiel de renverser des réactions immunitaires vaccin-induites et d'acquérir la résistance contre des antiviraux.