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Os dados novos podem ajudar a compreender a evolução das tensões SARS-CoV-2 austríacas

216 seqüências do genoma SARS-CoV-2 têm sido terminadas agora e liberado no âmbito “da dinâmica Mutational de SARS-CoV-2 em Áustria” projecte de CeMM, o centro de pesquisa para a medicina molecular da academia de ciências austríaca, na colaboração próxima com a universidade médica de Viena, a universidade médica de Innsbruck e a agência austríaca para a saúde e a segurança alimentar (IDADES).

Estes dados representam um outro marco miliário no projecto e ajudá-lo-ão a compreender a paisagem e a evolução mutational das tensões do austríaco SARS-CoV-2.

Junto com esta liberação, os pesquisadores de CeMM publicaram um Web site dedicado que oferecesse a informações gerais assim como o acesso interactivo aos dados para cientistas e laypeople igualmente.

Os genomas do vírus podem ser explorados interativamente e intuitiva através das ferramentas avançadas do visualização fornecidas por CeMM e pelo projecto Nextstrain do open source.

A propagação do vírus da pandemia SARS-CoV-2 na população humana é encontrada com esforços científicos colaboradores inauditos em todo o mundo para desembaraçar seu virological, imunológico e doença-causando propriedades.

As seqüências do genoma dos vírus SARS-CoV-2 que circulam no mundo inteiro estão sendo publicadas e feitas abertamente disponíveis à comunidade científica internacional.

Uma compreensão melhor da evolução viral será instrumental compreender a dinâmica mutational subjacente e apoiar a revelação do tratamento antiviroso eficaz e de estratégias vacinais para parar a pandemia COVID-19.

Em Áustria, os pesquisadores de CeMM com os sócios da colaboração da universidade médica de Viena eram pioneiros em arranjar em seqüência os primeiros genomas obtidos das amostras paciente-derivadas austríaco. No âmbito “da dinâmica Mutational de SARS-CoV-2 em Áustria” projecte, as primeiras amostras foram feitas disponíveis à comunidade de pesquisa pública e internacional já ao princípio de abril de 2020.

Esta iniciativa altamente colaboradora, conduzida por investigador principais Andreas Bergthaler de CeMM e por cerveja preta forte de Christoph, visa explicar 1.000 genomas SARS-CoV-2 nos pacientes austríacos que usam a próxima geração pioneiro que arranja em seqüência técnicas e análises computacionais sofisticadas.

O projecto inclui uma rede nacional larga da colaboração com os sócios da universidade médica de Viena (Judith Aberle, Stephan Aberle, Elisabeth Puchhammer-Stöckl), a universidade médica de Innsbruck (Wegene Borena, Dorothee von Laer; Manfred Nairz, Günter Weiss) e a agência austríaca para a saúde e a segurança alimentar (Daniela Schmid, Peter Hufnagl) assim como diversos hospitais e laboratórios diagnósticos.

A construção em suas primeiras 21 seqüências do genoma publicadas o 3 de abril de 2020, esta segunda liberação com 216 genomas SARS-CoV-2 novos através de Áustria fornece uma imagem mais detalhada sobre os vírus de circulação e a fase adiantada da pandemia COVID-19.

As diferenças genéticas dos genomas indicam que a associação de vírus de circulação na fase adiantada da pandemia era já altamente diversa, com alguns vírus que conduzem a uma transmissão mais grande aglomeram-se do que outro. Importante, Áustria tirou proveito do contacto cuidadoso que segue pela agência austríaca para a saúde e a segurança alimentar, que definiram mais de 250 conjuntos dos casos COVID-19.

Nossa análise integrative da informação nova do genoma SARS-CoV-2 com dados epidemiológicos fornece introspecções novas valiosas em como o vírus tem espalhado através do país. Os dados da seqüência do vírus fornecem o apoio independente para muitos dos resultados epidemiológicos resultando do seguimento do contacto.”

Co-coordenador de Andreas Bergthaler, de projecto e investigador principal, CEMM

“Ao mesmo tempo, nós observamos a heterogeneidade dentro dos conjuntos e obtivemos a evidência para os vírus múltiplos que circulam ao mesmo tempo,” diz Andreas Bergthaler, co-coordenador do projecto e o investigador principal de CeMM (veja a ilustração 1).

A análise molecular da seqüência revelada em mutações da média 6,9 pelo genoma viral, de que mais de 4 conduziram aos ácidos aminados mudados. Um particular destaque de restos mundiais do interesse em mutações na proteína viral de S ou de ponto, que decora a superfície do virion e empresta o coronavirus seu epónimo coroa-como a aparência.

Esta proteína viral de S é essencial para a ligação ao receptor celular ACE2 assim como o alvo preliminar presumido para anticorpos de neutralização.

Como tal, as mutações nesta região serão importantes para a revelação de testes serological e da protecção anticorpo-negociada por vacinas. Dentro de todos os genomas do austríaco SARS-CoV-2, nós identificamos um número total de 12 resíduos transformados 1.273 na proteína longa do ácido aminado S.

Uma mutação particular na proteína de S, D614G, representa um ponto de ramificação adiantado que seja dominante nos conjuntos da infecção e nas partes europeus de America do Norte (veja as ilustrações 2 e 3).

Esta mutação é encontrada igualmente em muitas das amostras austríacas. As conseqüências funcionais potenciais da mutação de D614G estão sendo investigadas actualmente por diversos laboratórios internacionais.

As análises virais detalhadas em curso da mutação de CeMM com uma equipe interdisciplinar dos campos da genómica, da modelagem biomathematical, da biologia da evolução e da virologia renderão introspecções novas em como a proteína de S e outras proteínas virais evoluem assim como em como estas mutações são transmitidas entre indivíduos.

A liberação de hoje marca contudo um outro marco miliário crucial como CeMM intensifica seus esforços para comunicar a ciência e para alcançá-la para fora ao público geral.

Baseado nas ferramentas do projecto Nextstrain.org do open source, os pesquisadores de CeMM liberaram uma versão de Nextstrain Áustria que permitisse que os usuários comparem e visualizem todos os genomas austríacos arranjados em seqüência do vírus com mais de 8.000 genomas do vírus do mundo inteiro.

O blogue de Nextstrain Áustria fornecerá histórias atualizadas e dados-conduzidas concisas às introspecções interessantes da parte sobre o que os genomas do vírus nos dizem sobre a pandemia SARS-CoV-2. Estas narrativas explorarão os dados reais do genoma gerados por CeMM e por seus sócios, e permitem que os usuários explorem o índice interativamente com um projecto intuitivo.

Os usuários são guiados através dos painéis diferentes onde encontram gráficos interactivos com um texto explicativo curto nos assuntos diferentes relativos ao vírus SARS-CoV-2.

A ferramenta do visualização é disponível no inglês e alemão e pode ser alcançada em https://cemm.at/sars-cov-2/. O blogue será continuamente actualizado e dará introspecções da primeiro-mão em pesquisa intensa em curso sobre o vírus SARS-CoV-2.

A equipe de projecto continuará seus esforços aos genomas SARS-CoV-2 virais da seqüência 1.000, que fornecerão uma imagem detalhada de mutações e de transmissões virais emergentes do vírus.

Isto oferecerá umas introspecções científicas valiosas mais adicionais aos epidemiologistas, aos profissionais dos cuidados médicos e aos peritos da saúde pública avaliar rotas de transmissão do vírus assim como de seu potencial subverter respostas imunes vacina-induzidas e adquirir a resistência contra drogas antivirosas.