Aviso: Esta página é uma tradução automática da página original em inglês. Por favor note uma vez que as traduções são geradas por máquinas, não tradução tudo será perfeita. Este site e suas páginas da Web destinam-se a ler em inglês. Qualquer tradução deste site e suas páginas da Web pode ser imprecisas e imprecisos no todo ou em parte. Esta tradução é fornecida como uma conveniência.

Variações do genoma SARS-CoV-2 na Índia

Um estudo novo publicado em linha no bioRxiv* do server da pré-impressão examina em junho de 2020 a diversidade genética das tensões SARS-CoV-2 na Índia.

A pandemia COVID-19 deixou sua marca na Índia depois que estalou acima em China ao fim de 2019 e em propagação sobre a 188 países e territórios dentro apenas de alguns meses. Quando as intervenções não-farmacológicas forem o essencial dos governos e organizações de saúde ao lidar com o vírus, na ausência das drogas ou das vacinas eficazes, o vírus não estêve domesticado ainda.

O início da pandemia na Índia

Os primeiros três casos na Índia colheram acima no estado sulista progressivo de Kerala, tudo em retornados de Wuhan. Com a quarentena imediata destes casos, nenhuma transmissão local ocorreu. Contudo, a Índia igualmente introduziu etapas para impedir uma introdução mais adicional de casos, obstruindo migra dos países afetados. Em março, diversos novos casos colheram acima em conseqüência da importação de outros países, com transmissão local associada.

Isto foi seguido por um lockdown nacional desde o 25 de março de 2020, na tentativa de verificar a propagação do vírus. Contudo, com o abrandamento parcial destas medidas na parte inicial de maio, o número de casos começou a aumentar em grandes passos enquanto os povos entrecruzaram a Índia em uma tentativa frenético de obter a HOME através das beiras de estado recentemente reabertas.

Evolução Genomic de seguimento

Presentemente, há sobre 230.000 casos confirmados na Índia, o 6 de junho de 2020. Para compreender a origem das tensões que causam esta epidemia, os pesquisadores executaram arranjar em seqüência do inteiro-genoma (WGS) de 104 tensões de SARS-CoV-2 por todo o lado na Índia. Recuperaram dados genomic do programa integrado da fiscalização da doença (IDSP) do centro nacional do controlo de enfermidades (NCDC), Deli.

Usando dados genéticos e epidemiológicos, as ajudas do estudo descobrem a largura, a evolução, a incidência, a distribuição assim como o controle de COVID-19 na Índia. Isto é esperado ajudar com o traçado do contacto, assim como a revelação dos diagnósticos e da terapêutica para a doença.

O estudo foi realizado pelo NCDC junto com o CSIR-Instituto da genómica e da biologia Integrative (CSIR-IGIB). Os pesquisadores incluíram 127 confirmaram casos dos lugar diferentes, identificaram pelo teste visado dos indivíduos sintomáticos que tiveram uma história do curso aos lugar de alto risco ou o contacto com os pacientes COVID-19.

Os cotonetes nasopharyngeal e orofaríngeos foram usados para obter o RNA viral para o WGS. A idade média era 41 anos, com o homem: relação fêmea que é 35:28 abaixo de 39 anos, e de 58:6 acima desta idade.

A maioria das amostras vieram de Nova Deli, com o alguns que vêm dos conjuntos em vários estados. Quando a maioria era indiana, 14 eram indonésios, e 2 cada de Tailândia e do Kyrgyz Republic.

Os resultados do estudo

Havia 104 amostras que passaram o teste da qualidade e foi usado para traçar o genoma completo. A árvore filogenética construída destas tensões mostrou que todas as tensões estiveram agrupadas em 2 clades principais, com alguns outros clades variados e um secundário-clade. Total, havia 163 variações, de que menos de 5% eram comuns.

Um conjunto de 26 pertenceu para aglomerar 1, no G-clade como classificado na iniciativa global em compartilhar todos os dados da gripe (GISAID). Um outro conjunto de 65 tensões pertenceu para aglomerar 2, que fosse um conjunto não classificado de acordo com GISAID. A maioria das variações importantes neste conjunto são vistas igualmente nas seqüências de Singapura, Brunei Darussalam, e as seqüências da Índia vieram dos nativos do indonésio, os tailandeses e os kirguizes a um grau significativo, além daqueles do Tamil Nadu e da Deli.

Os pesquisadores comentam, “este sugere provavelmente a introdução deste particularmente dos países asiáticos do leste na Índia.”

O conjunto 3 tem 7 tensões que segregam com as outras tensões da Índia. Havia 2 que pertencem a A1a, e 3 de B, com uma tensão do Maharashtra que não mostrasse nenhuma variação, e está provavelmente idêntico à tensão original de Wuhan.

Mutações e efeitos da proteína

Os investigador igualmente olharam as proteínas do mutante expressadas em conseqüência das substituições do ácido aminado através dos 104 genomas. Havia 53 mutações de ponto, de que 29 conduziram às mutações missense.

Quando estudados com relação às proteínas afetadas, os cientistas encontraram que a maioria de variações estavam na proteína não-estrutural (nsp) 6, em 68 genomas, com nsp 12 em 65, nsp 3 em 62, e P13L, uma proteína do nucleocapsid, em 53. Uma das mutações mundiais geralmente encontradas, D614G, na proteína do ponto, foi encontrado em somente 26 genomas.

Os pesquisadores seguiram então a freqüência da mutação no que diz respeito ao tipo de mudança no ácido aminado. Encontraram aquele em aproximadamente 45%, o ácido aminado não foi mudado, que indica que talvez a mutação causou uma mudança ligeira na forma ou na função da proteína. A mesma coisa foi observada com mutações muito freqüentemente encontradas, tais como P13L.

Em algumas outras mutações, o tipo de ácido aminado era bastante diferente, com um tipo hidrofóbica-à-polar ou cobrado de alteração. Um tal exemplo é aquele da adição de um resíduo cobrado à posição freqüentemente transformada T1198K em nsp3, ou a perda de um grupo cobrado com a mutação importante D614G da proteína do ponto. Tal comutação a um resíduo com uma carga positiva pode possivelmente conduzir a uns efeitos mais significativos na estrutura e na função da proteína envolvida.

Traço de mutações mais altas do ácido aminado da freqüência em proteínas de Nucelocapsid e de ponto. As mutações são marcadas na cor vermelha na representação de superfície de cada proteína. Na proteína do ponto, todos os domínios são destacados nas cores diferentes, incluindo NTD, RBD, HR1, região do peptide da fusão, domínios de HR2, de TM, e de CT. Além, os locais da segmentação são marcados igualmente na estrutura.
Traço de mutações mais altas do ácido aminado da freqüência em proteínas de Nucelocapsid e de ponto. As mutações são marcadas na cor vermelha na representação de superfície de cada proteína. Na proteína do ponto, todos os domínios são destacados nas cores diferentes, incluindo NTD, RBD, HR1, região do peptide da fusão, domínios de HR2, de TM, e de CT. Além, os locais da segmentação são marcados igualmente na estrutura.

Mutações e ambiente local

Os locais que submetem-se à mutação em SARS-CoV-2 foram comparados com outras seis seqüências de Coronavirus e encontraram para estar na maior parte nos lugar variáveis (19/29 das mutações). As mutações que ocorrem em uma freqüência mais alta estão em posições que mudam mais rapidamente, à exceção de dois em lugar conservados, a saber, A97L e L37F.

O efeito destes lugar no ambiente local é um aspecto importante de tal estudo. Para compreender este, os cientistas seguiram a relação entre as mutações as mais comuns e as estruturas virais da proteína. Encontraram que todas as mutações ocorrem fora dos dois domínios estruturais do c e do N-terminal no nucleocapsid, e nas regiões mais longas do linker.  

As mutações em nsp12, que é conservado altamente, estão na região de relação, que tem um local zinco-obrigatório essencial. Por outro lado, a mutação de P323L está nas junções da interacção da proteína, onde os inibidores ligam a uma fenda hidrofóbica e a sua substituição do proline com resultados da leucina na perda da torção neste local. Os efeitos mutational similares nos produtos da proteína são considerados em nsp3 e na proteína do ponto.

Três ondas da invasão

Os pesquisadores descrevem as três ondas da entrada viral na Índia, primeiramente dos viajantes europeus e americanos, do segundos do Médio Oriente, e do terço de 3Sudeste Asiático. Encontraram que o conjunto A4, embora não classificado até agora, é o mais predominante entre genótipo indianos.

Igualmente identificaram algumas mutações novas, mas uma avaliação mais completa é necessária para validar estes resultados.

O estudo igualmente revela a falha do lockdown devido à SHIFT dos casos na maior parte dos lugar urbanos às áreas rurais negociadas pelo êxodo vasto de trabalhadores emigrantes dos estados múltiplos na Índia a seus estados de origem. A transmissão prevista da comunidade em conseqüência deste movimento exigirá medidas preventivas energéticas.

O lockdown em grande escala pode ter conduzido à evolução preferencial de determinadas tensões que se adaptaram facilmente às circunstâncias indianas, e esta pode ter conduzido à emergência de uma linhagem distinta. Isto ainda espera a adição às bases de dados genomic virais internacionais como Nexstrain.

Sentidos futuros e implicações

Um estudo mais rigoroso determinará se estas tensões devem ser incluídas em projetar testes de diagnóstico. Em caso afirmativo, pode permitir uns painéis mais eficazes na redução de custos de seguir a propagação das tensões linhagem-específicas diferentes que cruzam limites geográficos com maiores velocidade e eficácia.

A revelação vacinal deve igualmente considerar as variações predominantes na Índia. Além disso, relacionar a predominância com a história clínica permitirá a identificação daquelas tensões que são as mais patogénicos e virulentos em termos de causar a doença severa.

Os pesquisadores concluem, “ele são imperativos que os dados genomic robustos baseados no grande tamanho da amostra que inclui populações rurais com distribuição uniforme podem trazer para fora a encenação real correlacionada uma vez com os dados epidemiológicos que ajudam eventualmente no esboço de umas direcções mais adicionais.”

Observação *Important

o bioRxiv publica os relatórios científicos preliminares que par-não são revistos e, não devem conseqüentemente ser considerados como conclusivos, guia a prática clínica/comportamento saúde-relacionado, ou tratado como a informação estabelecida.

Journal reference:
Dr. Liji Thomas

Written by

Dr. Liji Thomas

Dr. Liji Thomas is an OB-GYN, who graduated from the Government Medical College, University of Calicut, Kerala, in 2001. Liji practiced as a full-time consultant in obstetrics/gynecology in a private hospital for a few years following her graduation. She has counseled hundreds of patients facing issues from pregnancy-related problems and infertility, and has been in charge of over 2,000 deliveries, striving always to achieve a normal delivery rather than operative.

Citations

Please use one of the following formats to cite this article in your essay, paper or report:

  • APA

    Thomas, Liji. (2020, June 07). Variações do genoma SARS-CoV-2 na Índia. News-Medical. Retrieved on February 25, 2021 from https://www.news-medical.net/news/20200607/SARS-CoV-2-genome-variants-in-India.aspx.

  • MLA

    Thomas, Liji. "Variações do genoma SARS-CoV-2 na Índia". News-Medical. 25 February 2021. <https://www.news-medical.net/news/20200607/SARS-CoV-2-genome-variants-in-India.aspx>.

  • Chicago

    Thomas, Liji. "Variações do genoma SARS-CoV-2 na Índia". News-Medical. https://www.news-medical.net/news/20200607/SARS-CoV-2-genome-variants-in-India.aspx. (accessed February 25, 2021).

  • Harvard

    Thomas, Liji. 2020. Variações do genoma SARS-CoV-2 na Índia. News-Medical, viewed 25 February 2021, https://www.news-medical.net/news/20200607/SARS-CoV-2-genome-variants-in-India.aspx.