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Effet des gènes humains sur la gravité et le pouvoir infectant de SARS-CoV-2

La pandémie COVID-19 actuelle a entraîné bien plus de 7,84 millions de cas et des 431.000 morts, mondiaux, en moins de six mois. La maladie est provoquée par un coronavirus nouveau maintenant nommé le SARS-CoV-2 (coronavirus de syndrôme respiratoire aigu sévère 2), qui a comme conséquence l'infection en grande partie asymptomatique ou bénigne. Cependant, dans environ 20% de patients, le virus peut entraîner la maladie sévère ou même critique, y compris la pneumonie, l'insuffisance respiratoire, et la mort.

Malheureusement, il n'y a ni un vaccin efficace ni aucun médicament thérapeutique ont été découverts jusqu'ici. Ainsi, les scientifiques recherchent toujours des indices au traitement efficace et à la prévention de cette infection.

Beaucoup d'agents infectieux entraînent la maladie asymptomatique dans un pourcentage élevé de personnes, et même dans les gens infectés, il y a de variabilité significative dans les sympt40mes. C'est vrai de COVID-19 aussi bien. La recherche des facteurs prédictifs de la maladie sévère avait continué, et quelques études prouvent que les médiateurs inflammatoires sont plus élevés et les comptes de lymphocytes inférieurs dans ceux avec la maladie sévère.

La question est, ce qui détermine la réaction de l'hôte au virus de infection ? Quelques chercheurs ont rapporté que les facteurs génétiques jouent un rôle important dans ce procédé, jugeant par la réaction d'hôte à d'autres virus comme le VIH, le VHB, le VHC, les Radars à ouverture synthétique-CoV, et le virus de la grippe. Les gènes de HLA, gènes interféron-stimulants (ISG), et d'autres gènes qui affectent la réplication virale toute l'exposition que le mouvement propre génétique détermine en partie, au moins, comment l'organisme manifeste l'infection.

Facteurs génétiques prévoyant COVID-19 sévère

Une étude jumelle BRITANNIQUE prouve que les caractéristiques d'héritabilité pour des sympt40mes auto-rapportés et le début prévu de la maladie comportent 30% à 50% de la variabilité dans la manifestation de et la susceptibilité à la maladie. Une étude internationale de large échelle récente a prouvé que le groupe sanguin O a été lié à un plus à faible risque de COVID-19 et au groupe sanguin A à un plus gros risque.

D'autres chercheurs ont étudié des mutations en gènes importants comme ACE2 et TMPRSS2, et les études de la taille du génome d'association (GWAS) indiquent quelques autres gènes. En attendant, les génomes SARS-CoV-2 sont ordonnancés, et les séquences ont partagé les bases de données internationales traversantes mondiales.

L'étude

Maintenant, un publié de papier neuf sur le medRxiv* de serveur de prétirage enregistre les résultats d'une analyse de l'association entre les variants génétiques dans les patients et l'étape progressive clinique de la maladie. L'étude a compris 332 patients hospitalisés avec COVID-19 à un unique-centre, avec le laboratoire considérablement variable et les configurations cliniques. Il y avait 25, 12, et 17 patients présentant la maladie asymptomatique, douce, et critique. Le plus grand numéro a eu les sympt40mes modérés (225), suivis de la maladie sévère dans 63 patients.

La maladie asymptomatique, douce, et modérée se rapporte à la présence sans ou à la pneumonie douce. La maladie sévère et critique se rapporte à la fonction pulmonaire et à l'oxygénation nuies de sang, avec le dysfonctionnement de multi-organe, le choc infectieux, et le failure.in respiratoire le dernier groupe.

Les facteurs de risque pour la maladie sévère et critique comprennent la vieillesse, la plus longue durée de la maladie, le sexe mâle, et les états de maladie sous-jacente.

Les chercheurs ont effectué l'entier-génome profond ordonnançant, qui permet les effets même de rare et la perte de variantes de fonctionnement pour être estimé. Le procédé a tenu compte du dépistage de plus de 22 millions de variantes, courantes et rares.

Utilisant ces variantes, les chercheurs les ont alors rapportées à l'hôte que les facteurs utilisant GWAS avec des les deux choisissent des variantes et des gènes. Ils ont également examiné la différence dans la fréquence des allèles que cela a menés à la troncature des protéines, et les allèles de HLA, dans les groupes patients. Ils également autre appelé publiquement - procurable et génomes sélectés pour faciliter leur recherche des gènes potentiels qui affectent la susceptibilité génétique à cette infection.

Le LD, la fréquence de l
Le LD, la fréquence de l'allèle et les effets pleiotropic du TMEM189-UBE2V1 signalent suggestif associé à la gravité du patient COVID-19. A) Le plot de Locuszoom montre la p-valeur des SNP centrant le fil SNP rs6020298 et le régime de recombinaison. La couleur des points indiquent le déséquilibre r2 de lien métrique. B) Fréquence de l'allèle de s6020298 parmi les 1000 populations de génomes. La fréquence de l'allèle de l'allèle de référence et d'alternative est conçue par la géographie du navigateur de variants génétiques développée par l'Université de Chicago. C) P-valeur du test de la taille du génome variable unique d'association pour les soixante-quatre évaluations de laboratoire au fil SNP rs6020298.

Aucun gène ne prévoit la manifestation de la maladie

La conclusion la plus importante de cette étude est que les changements d'un gène unique ne prévoient pas la gravité clinique de COVID-19. Les chercheurs ont trouvé presque 4.900 mutations prévues pour entraîner la perte de fonctionnement, pour une moyenne de 200 tels selon le patient. Les patients sévèrement mauvais ont type eu plus de nombre important de perte de mises en place de fonctionnement comparées au groupe doux mauvais.

Quand ils ont rétréci vers le bas leur recherche aux mutations concernant la perte de variantes de fonctionnement ou de faux sens pour ACE2 le récepteur, le gène d'amorce de la protéine TMPRSS2, et d'autres gènes qui sont prévus pour jouer un rôle dans l'interaction de l'hôte et du virus, aucune association significative n'a été trouvée. Une mutation faux-sens dans TMPRSS2 est réellement moins courante dans les patients en état critique que dans d'autres. Ceci peut se produire parce que le remplacement de la valine par la méthionine entraîne l'instabilité du TMPRSS2 et ramène le grippement viral à ACE2.

ACE2 agit en tant que porte cellulaire - un récepteur - pour le virus qui entraîne COVID-19. Crédit d
ACE2 agit en tant que porte cellulaire - un récepteur - pour le virus qui entraîne COVID-19. Crédit d'image : Kateryna Kon/Shutterstock

L'étude des gènes de HLA liés à la maladie sévère a montré ce une plus forte présence du 11h01 de la haplotype HLA-A*, 341 B*51 : 01, et 14h02 de C*. Ceci comporte trois allèles de HLA avec l'équilibre intense de lien et qui individuellement ont été sensiblement liés à la maladie sévère comparée aux manifestations douces.

Un lieu de gène lié aux cytokines dans la voie IL-1 contient un allèle de risque qui est plus courant dans les patients sévèrement mauvais et peut être potentiellement relatif à la manifestation clinique de COVID-19.

Limitations et implications

L'étude est limitée par le manque de pouvoir de recenser les variants génétiques de la taille du génome significatifs ayez dont la fréquence de l'allèle moins importante plus de 0,2, à cause de la petite taille de l'échantillon. Le pourcentage inférieur des patients asymptomatiques est un autre facteur qui exige de beaucoup plus de travail de trouver les facteurs d'hôte plus répandus dans les personnes qui ont avec succès résisté à COVID-19 symptomatique.

Les chercheurs résument : « Nos résultats mettent en valeur plusieurs facteurs génétiques impliqués dans les réactions immunitaires. La statistique sommaire encouragera des efforts de collaboration internationaux pour comprendre l'interaction d'hôte-agent pathogène et pour contenir la manifestation COVID-19. »

Avis *Important

le medRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Journal reference:
Dr. Liji Thomas

Written by

Dr. Liji Thomas

Dr. Liji Thomas is an OB-GYN, who graduated from the Government Medical College, University of Calicut, Kerala, in 2001. Liji practiced as a full-time consultant in obstetrics/gynecology in a private hospital for a few years following her graduation. She has counseled hundreds of patients facing issues from pregnancy-related problems and infertility, and has been in charge of over 2,000 deliveries, striving always to achieve a normal delivery rather than operative.

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